南京市交通运输局的内设机构
根据上述职责，市交通运输局设9个内设机构。
（一）办公室
承担局机关日常工作协调；承担系统党的路线方针政策的宣传学习、理论研讨和思想政治工作；承担机关文电、会务、机要、档案、接待及督办工作；承担综合性文稿的起草、安全保密、信访、维稳和人大建议、政协提案的办理工作；承担系统新闻宣传、舆情信息工作；承担系统文明创建工作；承担系统干部职工的学习培训和职业道德教育工作；承担系统职业技能和职业资格的管理工作；承担交通政工教育研究会工作；承担联系局属学校有关工作。负责系统对外交流合作等外事工作。
（二）组织人事处
承担系统党的组织建设和党员管理工作；承担机关干部队伍和直属单位局管干部队伍建设工作；指导并监督直属单位的干部人事工作；承担机关和直属单位的机构编制、人事管理工作；承担系统各类专业技术职称评审和专业技术职务聘任工作；承担机关和直属单位人才队伍建设工作；承担系统统战、对台、侨务工作；承担机关和直属单位人员出国（境）的政审和报批工作；负责局团委工作。
（三）政策法规处
承担交通运输行业地方性法规、规章的规划和起草工作；承担交通运输行业重要文书审核、政策研究与备案工作；承担交通运输行业行政执法、行政复议、执法监督和执法检查工作；承担交通运输各类行政执法的协调管理工作；承担法制宣传教育工作；承担局行政诉讼案件、行政赔偿事务等涉法工作；承担联系行业协会、社团工作。
（四）综合规划处
承担全市综合运输体系规划编制的组织协调工作；承担全市交通运输行业发展战略和有关计划的组织编制工作；承担交通建设综合工作，维护交通建设市场平等竞争秩序；承担组织协调和实施国家、省、市重点和大中型交通工程建设项目；承担重大交通基础设施建设项目的前期工作、设计审查和后期评价、竣工验收工作；承担全市岸线资源开发利用的总体规划工作；承担研究城市交通影响评估工作；承担交通运输行业统计、预测、信息引导工作；承担交通运输行业环境保护、扶贫开发等工作。
（五）财务处
承担交通运输行业有关财务会计规章制度的指导和组织实施工作；承担交通建设有关资金的融通、统筹、调度等组织协调和推进落实工作；承担有关交通资金的拨付和使用监督工作；承担交通经费、预决算、外汇、信贷以及利用外资等有关财务的管理工作；负责交通运输行业规费征收管理工作；承担机关和直属单位财务及资产管理工作。
（六）安全科技处（交通应急办公室）
承担组织拟定并监督实施公路、水路安全生产政策和应急预案；负责公路、水路运输安全生产综合监督；指导监督系统应急处置和安全监管工作；承担组织或参与有关事故调查处理工作；承担组织拟订全市交通运输行业科技发展规划和计划工作；承担组织实施重大科技项目攻关、技术引进、创新开发和重大科技成果的鉴定、推广、应用和管理工作；承担研究推进智能交通建设和管理工作；承担指导并监督交通运输行业质量、技术、节能、减排、通信信息和抗震防灾工作；承担组织协调交通运输基础设施险情抢修和紧急客货运输工作。
（七）货运发展处（铁路航空产业办公室）
承担拟订全市货物运输和交通运输领域物流业发展的规划和政策；承担交通运输领域物流市场培育、监督管理和服务工作；承担优化调整交通运输物流经济结构和经济布局工作；承担交通运输行业外向型经济、地区横向经济协作和对外交流合作等工作；参与全市现代物流业发展的组织协调工作；承担全市地方铁路运输、地方航空运输的产业协调发展和有关监督管理工作。
（八）港航发展处
承担全市水运发展的业务指导工作；承担组织编制全市水运业和南京港口发展战略、规划、计划工作；承担全市岸线资源的开发、利用和保护等有关管理协调工作；承担拟定港航运输发展相关政策和有关管理规定并监督实施；负责港口水运建设市场综合管理及港口公用基础设施的建设，负责港口建设与经营行政许可审批工作；承担港航信息的汇总、统计和管理工作。
（九）公共交通处
承担组织编制全市客运交通发展规划、研究全市客运交通发展战略工作；承担指导监督全市客运交通事业年度经营计划的制订和实施工作；承担全市客运交通行业生产、安全供应、经营服务单位的资质审查、发证和业务指导工作；承担全市客运交通的行业管理工作；承担全市轨道交通的运营管理工作；承担各种交通运输方式有效衔接的协调管理工作。
市国防动员委员会交通战备办公室负责国防交通战备动员工作。
机关党委负责机关党群工作；负责交通运输行业作风建设工作。
离退休干部处负责机关离退休干部工作，指导系统离退休干部工作。
交通运输工会依照工会法开展工作。
另按有关规定设置纪检监察机构（审计处与其合署）。
