进化树上的N种数值
大晚上的不知道干些啥好，想起了之前积累的一个小小的问题。
这里搜一下资料，快速的整理出一小篇文章好了~
内容大概就是 N种phylogenetic tree上不同的数字
系统发育树大概是最最常见的一个结果图了，大家都知道树长什么样，但是却不一定知道上面的数字意义是什么。又或者只知道其中的几种。
以上的树结构，算是比较常见的一种，一般也会有 图例 表示，多长的长度代表多远的距离，所以甚至会 不标记 任何的数字，因为支长(branch length)本身就携带了大量的信息。
那么如何阅读一棵树的信息呢，上图也写的比较清楚。物种A与物种B的距离就是AA+BB，至于这个支长是什么，下文再去说有哪些测度(metrics)可以用以表征这个 相似度 ，但是总的而言，如果需要比较两个物种的距离，即支长的不断相加。
如果要我解释的话。
每个叶子节点就是距离矩阵的横轴或者纵轴，由于树上每两个叶子节点间都可以 两两到达 ，结合上述的物种的距离，最后就会得到一个距离矩阵，而一个距离矩阵却可以得到 多个 树的结果。（取决于 有/无根 树的画法等）
上述的定义，其实也可以看这篇文献的原始的legend。首先斜杠 不代表 除法，仅仅代表 或 的意思。左侧贝叶斯后验概率的百分比，右侧是通过bootstrap进行计算的百分比，简单点说，两个都是代表了这个node以下的树结构的可靠程度。
关于bootstrap的计算，可以参考 Bootstrapping phylogenetic Trees: theory and methods
虽然建树的标准有很多，但是概括来说，phylogenetic tree的方法有三种
将需要比较的东西进行 binary(二元)化，例如有无毛发，有无皮肤等基于特征的方法。
基于距离矩阵，有距离矩阵就有树。。。如上
通过最大似然的估算，一个很长的贝叶斯概率计算，通过最大化结果，从而得到树
。。。这是篇很简单以及很水的文章（毕竟只花了1h不到。。），希望大家也可以1分钟看完。。
Phylogenetics
PCB_Lect11_Phylogen_Trees.pdf
youtube Maximum likelihood for phylogenetic tree reconstruction
