Question

物理中金属棒很难被压缩说明 分子 间有斥力，但化学中金属是由原子组成的

Answer 1

首先，楼主很仔细，区分了分子和原子，点个赞。——虽然这个问题的重点不在此。
事实上，构成物质的微粒之间的斥力更多体现在凝聚态（凝聚态即固态和液态）物质不易被压缩这种状态、以及这种状态和气体容易被压缩的状态之间的对比之上。从这个角度来说，这里并不严格区分物质到底由分子构成还是由原子构成，毕竟酒精、氧气等是分子构成，金属、稀有气体则由原子直接构成，但其中的液体和固体都不易压缩而气体相对易于被压缩。——换句话说，前半句中的分子可以被理解为构成物质的最小粒子，可惜举的例子不太合适。
至于化学中金属由原子构成，这确实没错，至少金属分子较为少见。但这里的金属原子和稀有气体原子也不太一样，这和金属自身的特点（其原子的最外层电子易被电离）有关，所以宏观金属中也不像是直接完整的金属原子。这里不再展开。

Answer 2

物质由分子构成的，但这个分子可以是单原子分子，也可以是多原子分子。
在金属中，基本上都是单原子分子，单原子分子，分子就是原子，原子也是分子。因此，化学中的金属原子和物理学中的金属分子，在表达方法上是等效的。