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25%，下图是我回答类似题目所用的图，你可以看一下，在第三代的时候，aa的个体数占1/4×1/4＋1/8=3/16，而第三代中Aa占1/4×1/2=1/8，所以a基因的频率=3/16+1/2×1/8=1/4=25%
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无论他自交多少代 AA和aa的比例相同.
所以A:a=1:1 所以各占50%
所以A:a=1:1 所以各占50%
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