两江新区党工委、管委会为中国共产党重庆市委员会、重庆市人民政府的派出机构,主要负责两江新区经济发展和开发建设的统一规划、统筹协调和组织实施。两江新区党工委、管委会受市委、市政府委托,代管北部新区党工委、北部新区管委会和两路寸滩保税港区管委会,管理直管区内新批准成立的开发管理机构。两江新区内各区人民政府、功能经济区管理机构根据各自职责,负责各自辖区的行政管理和社会事务工作,接受两江新区党工委、管委会对经济建设和开发开放工作的指导、协调。两江新区开发投资集团有限公司属两江新区管委会直接领导,负责两江工业园区的开发建设工作。