Question

引物设计原则是什么?

Answer 1

引物设计的原则是：

1、引物最好在模板cDNA的保守区内设计。

2、引物长度一般在15-30碱基之间。

3、引物GC含量在40%-60%之间，Tm值最好接近72℃。

4、引物3′端要避开密码子的第3位。

5、引物3′端不能选择A，最好选择T。

6、碱基要随机分布。

7、引物自身及引物之间不应存在互补序列。

8、引物5′端和中间△G值应该相对较高，而3′端△G值较低。

9、引物的5′端可以修饰，而3′端不可修饰。

10、扩增产物的单链不能形成二级结构。

11、引物应具有特异性。

常用引物设计软件

1、Oligo 6

Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能：已知一个PCR引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列；按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物；对环型DNA片段，设计反向PCR引物；设计多重PCR引物。

2、Primer Premier 5.0

Primer Premier 5.0是一种用来帮助研究人员设计最适合引物的应用软件利用它的高级引物搜索引物数据库巢式引物设计引物编辑和分析等功能可以设计出有高效扩增能力的理想引物也可以设计出用于扩增长达50kb以上的PCR产物的引物序列。