本站共有7面10线月台(JR 3面6线、京成 3面2线、东京都交通局 1面2线)。本站月台除京成下行线月台及日暮里、舍人线月台是高架月台外,均是地面月台。其中JR与京成的月台号码是连续的,并以东边的京成站区起算。
本站是往成田机场的主要换乘站,其中JR站区和京成站区的付费区是相连的,可使用专用换乘闸机直接换乘。
京成线的终点站为邻接的京成上野站,但京成上野站的位置远离JR、东京地下铁上野站,加上京成本线所有列车均会停站,因此大多经本站换乘。日暮里站与上野站、京成上野站的关系跟高田马场站与新宿站、西武新宿站的关系相似。