Question

第一个图是原理图，为什么生成的pcb图有的元件的线没有连接上

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Answer 1

应该是因为原理图元件的管脚名称和PCB库中对应的封装里面的管脚名称不同。比如二极管，原理图中有可能管教的名称时A和K，而PCB封装中通常都是1,2。
可以修改原理图库中元件的管脚名称。