交通运输部直属的高等院校只有大连海事大学。交通部共建的8所高校有：武汉理工大学、长安大学、上海海事大学、长沙理工大学、重庆交通大学、山东交通学院、集美大学、南通大学。
1、上海海事大学
学校前身为创建于1909年7月的晚清邮传部上海高等实业学院船政科，为中国高等航海教育发轫地，历经邮传部高等商船学堂、交通部吴淞商船专科学校、重庆商船专科学校，
学校原为交通运输部直属高校，2000年，划归上海市管理。
2、重庆交通大学
重庆交通大学创办于1951年，是一所具有“学士—硕士—博士”多层次人才培养体系，交通运输部与重庆市部市共建，交通特色与优势明显，以工为主，工、管、理、经、文、艺、法等学科协调发展的教学研究型大学。
3、武汉理工大学
武汉理工大学是中华人民共和国教育部直属的理工类全国重点大学，国家首批“211工程”、“特色985工程”重点建设高校，是“111计划”、“卓越工程师教育培养计划”、“海外高层次人才引进计划”、“国家建设高水平大学公派研究生项目”等重点建设的中国高水平研究型大学，由国家教育部、交通运输部、国家海洋局共建。
4、长沙理工大学
长沙理工大学是湖南省人民政府和交通运输部共建的省属重点高校，教育部“卓越工程师教育培训计划”高校和中西部高校基础能力建设工程高校，“绿色交通联”六所高校之一，电力企业、电力行业“特高压奖学金”院校之一，教育部本科教学工作水平评估优秀高校，教育部毕业生就业典型经验高校。学校具有博士后科研流动站、博士学位授予权和硕士生推免权。
5、长安大学
长安大学是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，由教育部和交通运输部、国土资源部、住房和城乡建设部、陕西省人民政府“四部一省”共建，是国家首批“211工程”、“985工程优势学科创新平台”、“111计划”、国家建设高水平大学公派研究生项目”和“卓越工程师教育培养计划”重点建设高校。
武汉理工大学
武汉理工大学是中华人民共和国教育部直属的理工类全国重点大学，国家首批“211工程”、“特色985工程”重点建设高校，是“111计划”、“卓越工程师教育培养计划”、“海外高层次人才引进计划”、“国家建设高水平大学公派研究生项目”等重点建设的中国高水平研究型大学，由国家教育部、交通运输部、国家海洋局共建。
长安大学
长安大学是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，由教育部和交通运输部、国土资源部、住房和城乡建设部、陕西省人民政府“四部一省”共建，是国家首批“211工程”、“985工程优势学科创新平台”、“111计划”、国家建设高水平大学公派研究生项目”和“卓越工程师教育培养计划”重点建设高校。是高水平行业特色大学优势资源共享联盟成员高校，是最早招收留学生和首批招收港、澳、台学生的高校之一，拥有全国高校唯一的汽车综合试验场。
上海海事大学
学校前身为创建于1909年7月的晚清邮传部上海高等实业学院船政科，为中国高等航海教育发轫地，历经邮传部高等商船学堂、交通部吴淞商船专科学校、重庆商船专科学校、上海航务学院时期，伴随历史变迁，曾一度停办，最终于抗战胜利后在沪第三次复校。1958年交通部决定在上海恢复上海航务学院建制，1959年9月正式开学，并命名为上海海运学院。学校原为交通运输部直属高校，2000年，划归上海市管理。2004年经教育部批准更名为上海海事大学。2008年，上海市人民政府与交通运输部签订协议，共建上海海事大学。学校是“卓越工程师教育培训计划”入选院校。
长沙理工大学
长沙理工大学是湖南省人民政府和交通运输部共建的省属重点高校，教育部“卓越工程师教育培训计划”高校和中西部高校基础能力建设工程高校，“绿色交通联”六所高校之一，电力企业、电力行业“特高压奖学金”院校之一，教育部本科教学工作水平评估优秀高校，教育部毕业生就业典型经验高校。学校具有博士后科研流动站、博士学位授予权和硕士生推免权。学校由原国家交通部所属的长沙交通学院和原国家电力公司（原国家电力工业部）所属的长沙电力学院于2003年4月合并组建而成。
重庆交通大学
重庆交通大学创办于1951年，是一所具有“学士—硕士—博士”多层次人才培养体系，交通运输部与重庆市部市共建，交通特色与优势明显，以工为主，工、管、理、经、文、艺、法等学科协调发展的教学研究型大学。1951年11月，邓小平领导的西南军政委员会为建设大西南，创建了重庆交通大学的前身——西南交通专科学校；时任西南军政委员会交通部部长、川藏公路筑路指挥部政委的穰明德任首任校长。2006年，学校新增为博士学位授予单位，并更名为重庆交通大学。
山东交通学院
山东交通学院在美丽的泉城——济南和"最适合人类居住的城市之一"的美丽海滨小城——威海两地三址办学山东交通学院始建于1956年，2000年由交通部划转山东省，实行中央与地方共建，以地方管理为主的管理体制。2002年经教育部批准升为普通本科高校。2007年成为交通运输部与山东省政府共建高校。学校现已成为山东省唯一一所以培养路、海、空、轨综合交通专业人才为主的普通高等学校。在艾瑞深中国校友会网2015年山东省大学最佳专业排行中位列第八名。
集美大学
集美大学位于风光旖旎的福建省厦门市集美区，是福建省重点建设高校，是交通运输部与福建省、国家海洋局与福建省、福建省与厦门市共建高校，拥有博士学位授予权，面向全国招生。该校有4个国家级特色专业建设点，1个国家级教学团队，1个国家级实验教学示范中心，1个国家级本科专业综合改革试点项目。建有水产科学与技术实验教学示范中心、生命科学基础教学示范中心、电工电子实验中心、机械基础实验中心等省级实验教学示范中心和福建省水产学研究生教育创新基地等省级研究生教育创新基地。
南通大学
南通大学，是江苏省人民政府和国家交通运输部共建的综合性大学，江苏省十五所重点建设大学成员，教育部“卓越医生教育培训计划”、“卓越教师培养计划”试点高校。学校的办学历史最早可追溯到近代著名实业家、教育家张謇先生于1912年创办的私立南通医学专门学校和南通纺织专门学校。学校是国家首批具有硕士学位授予权的单位，是精神文明建设典型“莫文隋”精神的发源地。
