进化树怎么分析
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问题一:做了一个系统进化树,请问怎么分析 首先你需要一个能够对序列进行编辑的软件(比如Mac系统的MacGDE、WIndows的BioEdit、Mega、Genuis、ClusterX等)对整个数据库排序(Alignment),就是把相似的位点放到一起去.
同时你要决定构建树用的方法,一般来说用Maximum Likelihood(Paup)、Bayesian(Mr Bayes),不过在此之前先用Neibour-Joining(快速,不准确)看一看大概情况也是必要的
然后就是把数据库里有Gap的部分切掉,然后放到构建树的程序(Paup、MrBayes等)去做树
具体方法见那些软件的说明书……
问题二:生物进化树分析中的数字代表了什么含义 分支上的数字:表示这一分支的可靠程度,就是说越大,说明越靠谱,总之越大越好.一般就是几十到100,有个地方可以设置显示的最小值. 长度就是进化距离,如果两个序列/物种 间的头部几乎在一个竖线上,就是同源性越高,如果很长,就说明很远.
问题三:如何读懂进化树 进化树在生物学中,用来表示物种之间的进化关系。生物分类学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远近,把各类生物安置在有分枝的树状的图表上,简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。在进化树上每个叶子结点代表一个物种,如果每一条边都被赋予一个适当的权值,那么两个叶子结点之间的最短距离就可以表示相应的两个物种之间的差异程度。从进化树中还可看出:生物进化有一个规律,都是从水生到陆生,从低等到高等,从简单到复杂。
希望对你有帮助。
问题四:做了一个系统进化树,请问怎么分析 做了一个系统进化树,请问怎么分析
生物进化是指一切生命形态发生、发展的演变过程。“进化”一词来源于拉丁文evolution,原义为“展开”,一般用以指事物的逐渐变化、发展,由一种状态过渡到另一种状态。1762年,瑞士学者邦尼特最先将此词应用于生物学中。
简介
生物进化是指一切生命形态发生、发展演变的过程。
生物进化树
“进化”一词来源于拉丁文evolution,原义为“展开”,一般用以指事物的逐渐变化、发展,由一种状态过渡到另一种状态。
最先将此词应用于生物学中的是邦尼特。生物进化的基本单位是种群而非个体。
问题五:如何读懂进化树 很简单啊,树根部是一切物种的起源,距根部越远产生时间就据现在越近,与距根部近的的生命亲缘关系就越远。同理如果是有多杈进化的进化树上面道理一样,且同理同一根树杈上的是沿一个方向进化的亲缘关系就比另根杈的远。
请采纳
问题六:MEGA做出来的进化树要怎么分析 这个问题还是很easy的
MEGA 4
1.打开MEGA4软件
2.在界面中选择Alignment->Alignment Explorer/CLUSTAL
3.在弹出的窗口中选择create a new alignment
4.弹出的窗口中点击no用于蛋白质的分析
输入序列什么的就不说了
5.采用菜单栏Alignment中的Align by ClastalW
6.利用默认参数进行多序列比对
7.点击Data菜单栏中的Exit AlnExplorer
8.点击Yes保存current align session (.mas)及MEGA file(.meg)
9.我暂且认为你是要构建phylogeny,NJ(neighbor joining)和MP(Maximum parsimony)方法都可以,当然还有其他很多方法,依据不同标准,需求选择
10.调好参数,计算就可以了
问题七:生物的进化历程(进化树)该如何看? 我晕类~~
你用的是人教版的吗?
进化时间要看那个树枝的根部
不是图片相平就进化时间相同
比如说腔肠动物树枝的根部 就比单细胞动物树枝的根部要靠上,因此腔肠动物就比单细胞动物晚进化出来.
问题八:怎么对mega构建的系统进化树分析 我是只能看出来亲缘关系的远近
问题九:进化树和聚类分析有什么区别 目前,由多国科学家参与的“人类基因组计划”,正力图在21世纪初绘制出完整的人类染色体排列图。众所周知,染色体是DNA的载体,基因是DNA上有遗传效应的片段,构成DNA的基本单位是四种碱基。由于每个人拥有30亿对碱基,破译所有DNA的碱基排列顺序无疑是一项巨型工程。与传统基因序列测定技术相比,基因芯片破译人类基因组和检测基因突变的速度要快数千倍。
基因芯片的检测速度之所以这么快,主要是因为基因芯片上有成千上万个微凝胶,可进行并行检测;同时,由于微凝胶是三维立体的,它相当于提供了一个三维检测平台,能固定住蛋白质和DNA并进行分析。
美国正在对基因芯片进行研究,已开发出能快速解读基因密码的“基因芯片”,使解读人类基因的速度比目前高1000倍。
同时你要决定构建树用的方法,一般来说用Maximum Likelihood(Paup)、Bayesian(Mr Bayes),不过在此之前先用Neibour-Joining(快速,不准确)看一看大概情况也是必要的
然后就是把数据库里有Gap的部分切掉,然后放到构建树的程序(Paup、MrBayes等)去做树
具体方法见那些软件的说明书……
问题二:生物进化树分析中的数字代表了什么含义 分支上的数字:表示这一分支的可靠程度,就是说越大,说明越靠谱,总之越大越好.一般就是几十到100,有个地方可以设置显示的最小值. 长度就是进化距离,如果两个序列/物种 间的头部几乎在一个竖线上,就是同源性越高,如果很长,就说明很远.
问题三:如何读懂进化树 进化树在生物学中,用来表示物种之间的进化关系。生物分类学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远近,把各类生物安置在有分枝的树状的图表上,简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。在进化树上每个叶子结点代表一个物种,如果每一条边都被赋予一个适当的权值,那么两个叶子结点之间的最短距离就可以表示相应的两个物种之间的差异程度。从进化树中还可看出:生物进化有一个规律,都是从水生到陆生,从低等到高等,从简单到复杂。
希望对你有帮助。
问题四:做了一个系统进化树,请问怎么分析 做了一个系统进化树,请问怎么分析
生物进化是指一切生命形态发生、发展的演变过程。“进化”一词来源于拉丁文evolution,原义为“展开”,一般用以指事物的逐渐变化、发展,由一种状态过渡到另一种状态。1762年,瑞士学者邦尼特最先将此词应用于生物学中。
简介
生物进化是指一切生命形态发生、发展演变的过程。
生物进化树
“进化”一词来源于拉丁文evolution,原义为“展开”,一般用以指事物的逐渐变化、发展,由一种状态过渡到另一种状态。
最先将此词应用于生物学中的是邦尼特。生物进化的基本单位是种群而非个体。
问题五:如何读懂进化树 很简单啊,树根部是一切物种的起源,距根部越远产生时间就据现在越近,与距根部近的的生命亲缘关系就越远。同理如果是有多杈进化的进化树上面道理一样,且同理同一根树杈上的是沿一个方向进化的亲缘关系就比另根杈的远。
请采纳
问题六:MEGA做出来的进化树要怎么分析 这个问题还是很easy的
MEGA 4
1.打开MEGA4软件
2.在界面中选择Alignment->Alignment Explorer/CLUSTAL
3.在弹出的窗口中选择create a new alignment
4.弹出的窗口中点击no用于蛋白质的分析
输入序列什么的就不说了
5.采用菜单栏Alignment中的Align by ClastalW
6.利用默认参数进行多序列比对
7.点击Data菜单栏中的Exit AlnExplorer
8.点击Yes保存current align session (.mas)及MEGA file(.meg)
9.我暂且认为你是要构建phylogeny,NJ(neighbor joining)和MP(Maximum parsimony)方法都可以,当然还有其他很多方法,依据不同标准,需求选择
10.调好参数,计算就可以了
问题七:生物的进化历程(进化树)该如何看? 我晕类~~
你用的是人教版的吗?
进化时间要看那个树枝的根部
不是图片相平就进化时间相同
比如说腔肠动物树枝的根部 就比单细胞动物树枝的根部要靠上,因此腔肠动物就比单细胞动物晚进化出来.
问题八:怎么对mega构建的系统进化树分析 我是只能看出来亲缘关系的远近
问题九:进化树和聚类分析有什么区别 目前,由多国科学家参与的“人类基因组计划”,正力图在21世纪初绘制出完整的人类染色体排列图。众所周知,染色体是DNA的载体,基因是DNA上有遗传效应的片段,构成DNA的基本单位是四种碱基。由于每个人拥有30亿对碱基,破译所有DNA的碱基排列顺序无疑是一项巨型工程。与传统基因序列测定技术相比,基因芯片破译人类基因组和检测基因突变的速度要快数千倍。
基因芯片的检测速度之所以这么快,主要是因为基因芯片上有成千上万个微凝胶,可进行并行检测;同时,由于微凝胶是三维立体的,它相当于提供了一个三维检测平台,能固定住蛋白质和DNA并进行分析。
美国正在对基因芯片进行研究,已开发出能快速解读基因密码的“基因芯片”,使解读人类基因的速度比目前高1000倍。
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