华佗不过一个民间的医生，无兵无权，能有造反的能力？不管华佗有没有造反能力，曹操却是很担心华佗有这个能力的。不光是曹操有这种疑虑，同时代的孙策、刘备都有这种疑虑，并且孙策曾杀于吉，刘备曾杀张裕，都干了和曹操杀华佗类似的事情。所以结合起来看，曹操杀华佗就不是偶然的脑抽风，而是一种政治上的必然了。
东汉末年，中原地区瘟疫流行。汉桓帝时期大规模的瘟疫发生过三次，汉灵帝时期大规模的瘟疫发生过五次，“医圣”张仲景家族原来有二百多口人，结果十年之内，三分之二的家人都因瘟疫死亡。连续几十年的瘟疫流行，导致民间巫风大行，而当时还是典型的巫医不分的。先是张道陵在鹤鸣山创立了“天师道”，张道陵就是后来的张天师，尤其是善于治瘟疫，因为很快就有大批的弟子追随。张衡的儿子张鲁后来建立了一个类似政教合一的割据政权，行政风格颇有原始共产主义的色彩。
曹操杀华佗，可以说是中国医患史上最严重的“医闹纠纷”了。小说《三国演义》里说是因为华佗要给曹操做开颅手术治头痛，惹得曹操疑心大起，一怒之下把华佗下狱之后杀了。但是这只是小说家言，不可当真。史书中对曹操杀华佗的原因也是语焉不详，只是说曹操患头风病久治不愈, 华佗以针刺法治疗，立见成效，因此曹操想留下他，但华佗否决了，找了个借口回家去了，后被曹操杀害。
《魏书?华佗传》中说：曹操想把华佗留在自己当手下，但是华佗不愿意，借口收到家书想回家，结果华佗回去之后又借口妻子有病，再也不回来了。曹操对此气急败坏，派人去一探究竟，还吩咐说，如果华佗妻子是真的生病，就送给华佗四十斗小豆，并延长华佗的假期；如果是装病，就把华佗抓进牢里面去。最后的结果当然能猜到了，他老婆没有生病，于是就把华佗抓了起来。即使荀彧特地来求情，曹操也不允许，说是华佗想“养病自重”，故意不好好帮他治病，用来威胁曹操，抬升自己的地位。最终华佗被拷打致死。结果华佗死后，曹操的儿子曹冲生了一场大病，曹操没有找到更好的医生，果然后悔了。
因为像华佗这样的人，不是曹操想收服就能收服得了的，他倒是也想让华佗跟在自己身边来着，但是华佗不答应呀！至于曹操杀华佗的原因，到现在都没有一个肯定的结论，都是以下这两种猜测：第一，华佗不好好给曹操治病，导致曹操要杀他。第二，华佗的治疗方式引起曹操的极度不舒适，随后杀之。
华佗的功绩就不用一一道来，大家也都知道这样一个人物，他是多么的伟大。但是正是因为他的本领和脾气成正比，这样的一个人物怎么会喜欢被束缚在一个地方呢？他喜欢到处游历，发现新问题，然后挑战自己，再解决新问题。被绑在曹操身边的话，就意味着他失去了亲自体验生活的机会，华佗哪里会答应！
关于给曹操治病也一直这样两种说法：第一种是说，当时华佗给曹操诊脉以后，跟曹操说这个病，得长时间慢慢来，不是短时间一次性能搞定的事情。然后华佗就留下来了，但是后来华佗想家呀，于是就回去了。结果回去就不想回来了，然后就骗曹操说家里有事儿，曹操派人去看了看，发现华佗欺骗自己，于是把华佗抓回来严刑拷打，然后华佗卒。
第二种是，华佗给曹操诊脉以后，对曹操说此病要想根治，得开颅。夭寿呀！曹操是谁，曹操是个心眼儿跟月球表面小坑一样多的人，于是就怀疑华佗是别人派来的奸细，然后很生气，所以就对华佗出手，华佗卒。
