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黑暗组织的秘密 （大结局）
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的
庞大而拜托国际刑警插手。在小日本警方及柯南的协助下几次阻止了
其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工
藤新一独自前往营救的凳尽?
在黑暗组织的总部，gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。gin果然在得到解
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团……
柯南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是小日本内阁大臣。大犬道
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然gin被枪击倒。真正的gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
cris（女教师）道出柯南是新一的秘密，交给柯南一份血书，要求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。柯南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对小日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场……
兰赶到现场，正碰到gin要柯南留遗言。柯南对兰道出真相并表白
后gin开枪，兰替柯南挡下子弹。哀对此震惊不已……
柯南终于在紧要关头用麻醉枪射中gin，而哀与胖子在搏斗中一同
从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的gin居然转醒，射杀大犬后欲杀柯南。而对
coolguy十分欣赏的cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家gino的私生子的秘密后自杀。cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议柯南变回新一来唤醒兰，柯南
只好如此。而柯南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
柯南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和柯南的照片垂泪……
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的
庞大而拜托国际刑警插手。在小日本警方及柯南的协助下几次阻止了
其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工
藤新一独自前往营救的凳尽?
在黑暗组织的总部，gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。gin果然在得到解
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团……
柯南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是小日本内阁大臣。大犬道
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然gin被枪击倒。真正的gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
cris（女教师）道出柯南是新一的秘密，交给柯南一份血书，要求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。柯南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对小日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场……
兰赶到现场，正碰到gin要柯南留遗言。柯南对兰道出真相并表白
后gin开枪，兰替柯南挡下子弹。哀对此震惊不已……
柯南终于在紧要关头用麻醉枪射中gin，而哀与胖子在搏斗中一同
从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的gin居然转醒，射杀大犬后欲杀柯南。而对
coolguy十分欣赏的cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家gino的私生子的秘密后自杀。cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议柯南变回新一来唤醒兰，柯南
只好如此。而柯南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
柯南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和柯南的照片垂泪……
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目前还没出呢...73大叔还要赚钱...据说要等青山娶第二个老婆时（已离婚）才出结局...
网络上的参考结局：
一.关于73大叔的假结局戳穿【由于大部分都是剧情，只有四段可供分析，多多谅解下!或者大家可以去多找点假结局，有能力的话我也会试试的!】
原文：
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
分析：首先，在第一集中GIN喂新一吃AP之前，说了一句：这种药物在人体分解后人死了也不会留下任何痕迹，这句话说明了AP的**率很高，而既然阿笠本来的目的是要把柯南当**质，那么这样反倒很有可能会把柯南杀死，所以如果阿笠是组织的boss，那么他大可等到AP开发完成后再让新一服下，反正柯南父母都不在家住的，而且他也不可能将柯南给了毛利家，留在自己家反而更好，【建立在假设阿笠是组织boss的基础上】，如果优作和有希子真的和阿笠谈判过，那么肯定是两个人一起去的【因为其中一个人不知情就会坏了事情】如果真的是这样，那么有希子就不会在满月的二元事件提起自己和阿笠联合起来帮柯南打组织了【因为有希子如果知道阿笠是组织boss，那么阿里怎么可能会帮助她】还有，在103集中，既然柯南的父母已经回来了，还和柯南一起呆了那么长时间，他们大可以在这期间告诉柯南真相是什么，让他想出对策，既然没有提起过，那么就可以推断：阿笠绝不是组织的一员，更不可能是boss。
原文： 其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有**的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南(103-104集)秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的**下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
分析：从我上面的一段分析说过，AP**率很高，所以，阿笠如果要让灰原当柯南身边的卧底，那么就不会冒险让她吃药来赌这微乎其微的身体变小，而且如果阿笠是boss，那么他肯定也很清楚柯南是组织的银色子弹，得消灭他，而且杀了他只要留下灰原也可以观察其副作用，而且灰原说自己是被组织关起来后才吃的AP，再逃出去的，组织当然是预测不到灰原会吃这种药物，GIN也就不会在PISCO案件中问Sherry是怎么逃出去的了，而且灰原是被阿笠捡回来的，阿笠自然不可能知道灰原会倒在哪里，假设组织在她身上装了信号发射器，那也不现实，因为有可能Sherry吃完了之后就死在里面了，boss的计划就不会得逞，所以，这点也不对。关于AP的第一个实验者，下面会说的。
原文：
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势!而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
分析：柯南会告诉小兰真相这一点我认同，毛利小五郎觉醒我也认同，只是茱蒂是组织的人我不认同，如果是的话，那么她的目标想必也是秀一，那么大可在银行枪案中将他带回组织，也不会在百货店那一集中看到秀一那么激动，也不会不去将他抓住，更不会还特别提醒秀一组织的人在外面，不要出去，不然会被杀，如果她是组织的人，应该会把他抓起来或者放出去让GIN一行抓住他或者杀了他，而不会特别提醒他，所以，茱蒂不是组织的人。而且GIN威胁秀一加入组织这点也不认同，因为如果一开始就打算这么干，那么倒不如让基尔去假装带着赤井兜风，趁机抓住他反而更好，既然想两次杀了他，可见一开始就没这个企图。
原文
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父!
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生!
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间!而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德!
分析：如果盗一是目暮的话，那么就太不可能，因为在“目暮尘封的秘密”中，松本曾说过：目暮是15年前当上警察的，而黑羽盗一却说自己是研究组织10年，所以，时间就对不上号，而且，要扮一个人那么久，还要时常换成他渐渐变老的脸相，这点太不可能了，而且，我推断组织的BOSS是黑羽盗一，基德是为了引出一个组织才当小偷的，所以，我认为，组织真正想要的宝石是盗一利用自己的儿子来帮自己找的，而且，如果目暮是盗一，他就不会扮成一个和基德完全搭不上边的人，反而更有可能拌成中森.次郎吉之类的人物，这样反而更有可能与自己的儿子接触到。
好了，以上就是这次的四段分析了
附加两个：
其一：关于贝尔莫得：
根据贝尔莫得说的：我们既是神也是魔鬼，我们要让时光倒流，这句话可以看出：贝尔莫得是AP的研究人员之一，而从哀口中的：人是无法违背时间的流逝的，可以看出，两句成反比，可见哀已经脱离了组织，而贝尔莫得在杀死茱蒂父亲时看着只有30岁左右，而茱蒂长大了，她还是只有三十左右，所以，可以解释的就只有：她是AP的第一个实验品，实现了永葆青春，可药性还不稳，才叫来了Sherry帮忙研究，boss也因为她是自己的易容学生加上身手和是AP的成功例子而十分宠爱她，所以，在二元事件之后，才会叫他快回来，因为她是组织的重要人物，而且，要留着她观察副作用有没有，如果被银色子弹毁了就不好了，所以要她快回来，而她之所以要杀死Sherry，也只是应了boss的要求，因为怕她把组织的事泄露出去，所以要杀了她。
其二：琴酒的头发从金色变到银白
答案：因为他老了
附加一段：
“近来小学馆方面在接受杂志采访时曾表示，打算预定在今年内结束名侦探柯南”。
“根据小学馆传来的证词，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段，再拖延下去只会降低故事的观赏性，因此虽然有些遗憾，也只能保证剧情为优先
“而对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：‘还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以’。秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！
阿笠博士的真面目：黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一
也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。
线索2：
《柯南》第987集 黑暗组织的秘密 （大结局）
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了
其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工
藤新一独自前往营救的暗示。
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到解
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。
柯南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出科南是新一的秘密，交给柯南一份血书，要求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。科南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要科南留遗言。柯南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同
从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀柯南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议科南变回新一来唤醒兰，柯南
只好如此。而柯南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
柯南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和柯南的照片垂泪....
但是，据说漫画版要比TV版后完结，估计在等一两年吧~
网络上的参考结局：
一.关于73大叔的假结局戳穿【由于大部分都是剧情，只有四段可供分析，多多谅解下!或者大家可以去多找点假结局，有能力的话我也会试试的!】
原文：
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
分析：首先，在第一集中GIN喂新一吃AP之前，说了一句：这种药物在人体分解后人死了也不会留下任何痕迹，这句话说明了AP的**率很高，而既然阿笠本来的目的是要把柯南当**质，那么这样反倒很有可能会把柯南杀死，所以如果阿笠是组织的boss，那么他大可等到AP开发完成后再让新一服下，反正柯南父母都不在家住的，而且他也不可能将柯南给了毛利家，留在自己家反而更好，【建立在假设阿笠是组织boss的基础上】，如果优作和有希子真的和阿笠谈判过，那么肯定是两个人一起去的【因为其中一个人不知情就会坏了事情】如果真的是这样，那么有希子就不会在满月的二元事件提起自己和阿笠联合起来帮柯南打组织了【因为有希子如果知道阿笠是组织boss，那么阿里怎么可能会帮助她】还有，在103集中，既然柯南的父母已经回来了，还和柯南一起呆了那么长时间，他们大可以在这期间告诉柯南真相是什么，让他想出对策，既然没有提起过，那么就可以推断：阿笠绝不是组织的一员，更不可能是boss。
原文： 其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有**的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南(103-104集)秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的**下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
分析：从我上面的一段分析说过，AP**率很高，所以，阿笠如果要让灰原当柯南身边的卧底，那么就不会冒险让她吃药来赌这微乎其微的身体变小，而且如果阿笠是boss，那么他肯定也很清楚柯南是组织的银色子弹，得消灭他，而且杀了他只要留下灰原也可以观察其副作用，而且灰原说自己是被组织关起来后才吃的AP，再逃出去的，组织当然是预测不到灰原会吃这种药物，GIN也就不会在PISCO案件中问Sherry是怎么逃出去的了，而且灰原是被阿笠捡回来的，阿笠自然不可能知道灰原会倒在哪里，假设组织在她身上装了信号发射器，那也不现实，因为有可能Sherry吃完了之后就死在里面了，boss的计划就不会得逞，所以，这点也不对。关于AP的第一个实验者，下面会说的。
原文：
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势!而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
分析：柯南会告诉小兰真相这一点我认同，毛利小五郎觉醒我也认同，只是茱蒂是组织的人我不认同，如果是的话，那么她的目标想必也是秀一，那么大可在银行枪案中将他带回组织，也不会在百货店那一集中看到秀一那么激动，也不会不去将他抓住，更不会还特别提醒秀一组织的人在外面，不要出去，不然会被杀，如果她是组织的人，应该会把他抓起来或者放出去让GIN一行抓住他或者杀了他，而不会特别提醒他，所以，茱蒂不是组织的人。而且GIN威胁秀一加入组织这点也不认同，因为如果一开始就打算这么干，那么倒不如让基尔去假装带着赤井兜风，趁机抓住他反而更好，既然想两次杀了他，可见一开始就没这个企图。
原文
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父!
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生!
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间!而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德!
分析：如果盗一是目暮的话，那么就太不可能，因为在“目暮尘封的秘密”中，松本曾说过：目暮是15年前当上警察的，而黑羽盗一却说自己是研究组织10年，所以，时间就对不上号，而且，要扮一个人那么久，还要时常换成他渐渐变老的脸相，这点太不可能了，而且，我推断组织的BOSS是黑羽盗一，基德是为了引出一个组织才当小偷的，所以，我认为，组织真正想要的宝石是盗一利用自己的儿子来帮自己找的，而且，如果目暮是盗一，他就不会扮成一个和基德完全搭不上边的人，反而更有可能拌成中森.次郎吉之类的人物，这样反而更有可能与自己的儿子接触到。
好了，以上就是这次的四段分析了
附加两个：
其一：关于贝尔莫得：
根据贝尔莫得说的：我们既是神也是魔鬼，我们要让时光倒流，这句话可以看出：贝尔莫得是AP的研究人员之一，而从哀口中的：人是无法违背时间的流逝的，可以看出，两句成反比，可见哀已经脱离了组织，而贝尔莫得在杀死茱蒂父亲时看着只有30岁左右，而茱蒂长大了，她还是只有三十左右，所以，可以解释的就只有：她是AP的第一个实验品，实现了永葆青春，可药性还不稳，才叫来了Sherry帮忙研究，boss也因为她是自己的易容学生加上身手和是AP的成功例子而十分宠爱她，所以，在二元事件之后，才会叫他快回来，因为她是组织的重要人物，而且，要留着她观察副作用有没有，如果被银色子弹毁了就不好了，所以要她快回来，而她之所以要杀死Sherry，也只是应了boss的要求，因为怕她把组织的事泄露出去，所以要杀了她。
其二：琴酒的头发从金色变到银白
答案：因为他老了
附加一段：
“近来小学馆方面在接受杂志采访时曾表示，打算预定在今年内结束名侦探柯南”。
“根据小学馆传来的证词，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段，再拖延下去只会降低故事的观赏性，因此虽然有些遗憾，也只能保证剧情为优先
“而对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：‘还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以’。秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！
阿笠博士的真面目：黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一
也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。
线索2：
《柯南》第987集 黑暗组织的秘密 （大结局）
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了
其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工
藤新一独自前往营救的暗示。
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到解
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。
柯南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出科南是新一的秘密，交给柯南一份血书，要求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。科南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要科南留遗言。柯南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同
从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀柯南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议科南变回新一来唤醒兰，柯南
只好如此。而柯南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
柯南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和柯南的照片垂泪....
但是，据说漫画版要比TV版后完结，估计在等一两年吧~
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结局是有几个，但是都是小道消息，估计你不会喜欢的，最起码我不喜欢，你在百度知道搜一下就可以看到好几个结局
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我认为结局不会出的、作者是要赚钱de！ 赚钱才是王道，是最终目的！
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还没有出来呢，其实官方一直没有透露，我们看到的都是同人
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在你有生之年恐怕是无法看到了，同人推荐潘多拉的微笑
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