1、分布不同：
（1）云杉产于陕西西南部（凤县）、甘肃东部（两当）及白龙江流域等地，稍耐荫。
（2）水杉分布于湖北、重庆、湖南三省交界的利川、石柱、龙山三县的局部地区，垂直分布一般为海拔750~1500米。
2、形态特征不同：
（1）云杉子叶6-7枚，条状锥形，长1.4-2厘米，初生叶四棱状条形，长0.5-1.2厘米，先端尖，四面有气孔线，全缘或隆起的中脉上部有齿毛。
（2）水杉叶条形，长0.8-3.5（常1.3-2）厘米，宽1-2.5（常1.5-2）毫米，上面淡绿色，下面色较淡，沿中脉有两条较边带稍宽的淡黄色气孔带，每带有4-8条气孔线，叶在侧生小枝上列成二列，羽状。
3、生长环境不同：
（1）云杉耐阴、耐寒、喜欢凉爽湿润的气候和肥沃深厚、排水良好的微酸性沙质土壤，生长缓慢，属浅根性树种。海拔2400-3600米地带，常与紫果云杉、岷江冷杉、紫果冷杉混生，或成纯林。
（2）水杉多生于山谷或山麓附近地势平缓、土层深厚、湿润或稍有积水的地方，耐寒性强，耐水湿能力强，在轻盐碱地可以生长为喜光性树种，根系发达，生长的快慢常受土壤水分的支配，在长期积水排水不良的地方生长缓慢，树干基部通常膨大和有纵棱。
4、用途不同：
（1）云杉树干高大通直，节少，材质略轻柔，纹理直、均匀，结构细致，易加工，具有良好的共鸣性能。可供建筑、飞机、乐器（钢琴、提琴）、舟车、家具、器具、箱盒、刨制胶合板与薄木以及木纤维工业原料等用材。
（2）水杉材质轻软，可供建筑、板料、造纸等用；树姿优美，为庭园观赏树。
一、植物科目不同
1、云杉：云杉亚科
2、水杉：杉科
二、外观不同
1、云杉：小枝有疏生或密生的短柔毛，或无毛，一年生时淡褐黄色、褐黄色、淡黄褐色或淡红褐色，叶枕有白粉，或白粉不明显，二、三年生时灰褐色，褐色或淡褐灰色；冬芽圆锥形，有树脂，基部膨大，上部芽鳞的先端微反曲或不反曲，小枝基部宿存芽鳞的先端多少向外反卷。
主枝之叶辐射伸展，侧枝上面之叶向上伸展，下面及两侧之叶向上方弯伸，四棱状条形，长1-2厘米，宽1-1.5毫米，微弯曲，先端微尖或急尖，横切面四棱形，四面有气孔线，上面每边4-8条，下面每边4-6条。
2、水杉：水杉是乔木，高达35米，胸径达2.5米；树干基部常膨大；树皮灰色、灰褐色或暗灰色，幼树裂成薄片脱落，大树裂成长条状脱落，内皮淡紫褐色；枝斜展，小枝下垂，幼树树冠尖塔形，老树树冠广圆形，枝叶稀疏。
一年生枝光滑无毛，幼时绿色，后渐变成淡褐色，二、三年生枝淡褐灰色或褐灰色；侧生小枝排成羽状，长4-15厘米，冬季凋落；主枝上的冬芽卵圆形或椭圆形，顶端钝，长约4毫米，径3毫米，芽鳞宽卵形，先端圆或钝，长宽几相等，约2-2.5毫米，边缘薄而色浅，背面有纵脊。
三、分布地区不同
1、云杉：云杉为中国特有树种，以华北山地分布为广，东北的小兴安岭等地也有分布。产于陕西西南部（凤县）、甘肃东部（两当）及白龙江流域、洮河流域、四川岷江流域上游及大小金川流域。
2、水杉：分布于湖北、重庆、湖南三省交界的利川、石柱、龙山三县的局部地区，垂直分布一般为海拔750~1500米。
参考资料来源：百度百科-云杉
参考资料来源：百度百科-水杉
区别如下：
云杉：
云杉属于乔木，叶片呈现辐射状向四周延伸，而叶片呈条形，长度在1厘米~2厘米之间，果实是圆柱形，初为绿色，成熟则转为褐色，9月~10月即成熟，云杉的高度可以达到45米，胸径甚至也能达到1米左右。云杉可以作为盆栽进行种植，观赏性很强，也是圣诞树必选树种。
水杉：
水杉属于落叶乔木，高可达50米，树冠广阔，树干挺拔，树皮灰色，枝条下垂，叶片对生而呈线行状，表面绿色而背面略浅，2月花期，11月球形果实成熟且呈褐色。水杉是有名的观叶树种，可做风景园林，也可以做行道树，在各地运用广泛。
云杉（拉丁学名：Picea asperata Mast.）别名茂县云杉、茂县杉等。为乔木。高达45米，胸径达1米；树皮淡灰褐色或淡褐灰色，裂成不规则鳞片或稍厚的块片脱落。
小枝有疏生或密生的短柔毛，或无毛，一年生时淡褐黄色、褐黄色、淡黄褐色或淡红褐色，叶枕有白粉，或白粉不明显，二、三年生时灰褐色，褐色或淡褐灰色；冬芽圆锥形，有树脂，基部膨大，上部芽鳞的先端微反曲或不反曲，小枝基部宿存芽鳞的先端多少向外反卷。
水杉：
水杉（学名：Metasequoia glyptostroboides Hu & W. C. Cheng）：裸子植物杉科。落叶乔木，小枝对生，下垂。叶线形，交互对生，假二列成羽状复叶状，长1-1.7厘米，下面两侧有4-8条气孔线。雌雄同株。球果下垂，近球形，微具4棱，长1.8-2.5厘米，有长柄；种鳞木质，盾形，每种鳞具5～9种子，种子扁平，周围具窄翅。
水杉是乔木，高达35米，胸径达2.5米；树干基部常膨大；树皮灰色、灰褐色或暗灰色，幼树裂成薄片脱落，大树裂成长条状脱落，内皮淡紫褐色；枝斜展，小枝下垂，幼树树冠尖塔形，老树树冠广圆形，枝叶稀疏；一年生枝光滑无毛，幼时绿色，后渐变成淡褐色，二、三年生枝淡褐灰色或褐灰色；侧生小枝排成羽状，长4-15厘米，冬季凋落；主枝上的冬芽卵圆形或椭圆形，顶端钝，长约4毫米，径3毫米，芽鳞宽卵形，先端圆或钝，长宽几相等，约2-2.5毫米，边缘薄而色浅，背面有纵脊。叶条形，长0.8-3.5（常1.3-2）厘米，宽1-2.5（常1.5-2）毫米，上面淡绿色，下面色较淡，沿中脉有两条较边带稍宽的淡黄色气孔带，每带有4-8条气孔线，叶在侧生小枝上列成二列，羽状，冬季与枝一同脱落。
补充：
云杉耐阴、耐寒、喜欢凉爽湿润的气候和肥沃深厚、排水良好的微酸性沙质土壤，生长缓慢，属浅根性树种。海拔2400-3600米地带，常与紫果云杉、岷江冷杉、紫果冷杉混生，或成纯林。云杉系浅根性树种，稍耐荫，能耐干燥及寒冷的环境条件，在气候凉润，土层深厚，排水良好的微酸性棕色森林土地带生长迅速，发育良好。在全光下，天然更新的森林生长旺盛
水杉喜气候温暖湿润，夏季凉爽，冬季有雪而不严寒，并且产地年平均温度在13℃，极端最低温-8℃，极端最高温24℃左右，无霜期230天；年降水量1500毫米，年平均相对湿度82%。土壤为酸性山地黄壤、紫色土或冲积土，pH值4.5~5.5。多生于山谷或山麓附近地势平缓、土层深厚、湿润或稍有积水的地方，耐寒性强，耐水湿能力强，在轻盐碱地可以生长为喜光性树种，根系发达，生长的快慢常受土壤水分的支配，在长期积水排水不良的地方生长缓慢，树干基部通常膨大和有纵棱。喜光，不耐贫瘠和干旱，净化空气，生长缓慢，移栽容易成活。适应温度为零下8度~24度
云杉是这个样子的
水杉是下面这个样子的
