1、位置：
一条单链DNA上可能有多个识别位点，但一个识别位点只有一个酶切位点。
2、对称性：
限制酶的识别位点大多数为回文对称结构，切割位点在 DNA 两条链一定是相对称的位置。
3、识别碱基个数：
限制酶识别位点的长度一般为 4-8 个碱基，切割位点只是识别两个碱基
扩展资料：
1、限制性核酸内切酶三种类型:
（1）第一型限制酶：
同时具有修饰及识别切割的作用；另有识别DNA上特定碱基序列的能力，通常其切割位距离识别位可达数千个碱基之远。例如：EcoB、EcoK。
（2）第二型限制酶：
只具有识别切割的作用，修饰作用由其他酶进行。所识别的位置多为短的回文序列；所剪切的碱基序列通常即为所识别的序列。是遗传工程上，实用性较高的限制酶种类。例如：EcoRI、HindⅢ。
（3）第三型限制酶：
与第一型限制酶类似，同时具有修饰及识别切割的作用。可识别短的不对称序列，切割位与识别序列约距24-26个碱基对。例如：HinfⅢ。
2、限制性核酸内切酶生理意义：
（1）实际就是限制酶降解外源DNA，维护宿主遗传稳定的保护机制。
（2）甲基化是常见的修饰作用，可使腺嘌呤A和胞嘧啶C甲基化而受到保护。通过甲基化作用达到识别自身遗传物质和外来遗传物质的目的。
（3）能产生防御病毒侵染的限制酶的细菌，其自身的基因组中可能有该酶识别的序列，只是该识别序列或酶切位点被甲基化了。
（4）不是说一旦甲基化了，所有限制酶都不能切割。大多数限制酶对DNA甲基化敏感，因此当限制酶目标序列与甲基化位点重叠时，对酶切的影响有3种可能，即不影响、部分影响、完全阻止。
（5）对甲基化DNA的切割能力是限制酶内在和不可预测的特性，因此，为有效的切割DNA，必须同时考虑DNA甲基化和限制酶对该类型甲基化的敏感性。
（6）另外，大部分商业限制酶如今专门用于切割甲基化DNA。
参考资料来源：百度百科-限制性内切酶
参考资料来源：百度百科-酶切位点
研载生物科技（上海）有限公司_
2023-04-12 广告
其他的区别请允许我粘贴百度百科上的~O(∩_∩)O~
限制酶识别序列的长度一般为 4-8 个碱基，最常见的为 6 个碱基（表2-3）。当识别序列为 4 个和 6 个碱基时，它们可识别的序列在完全随机的情况下，平均每 256 个和 4096 个碱基中会出现一个识别位点（4^4=256，4^6=4096）。以下是几个有代表性的种类，箭头指切割位置。
4 个碱基识别位点：Sau3AⅠ ↓GATC
5 个碱基识别位点：EcoRⅡ ↓CCWGG
6 个碱基识别位点：EcoRⅠ G↓AATTC
7 个碱基识别位点：BbvCⅠ CC↓TCAGC
8 个碱基识别位点：NotⅠ GC↓GGCCGC
限制酶识别的序列大多数为回文对称结构，切割位点在 DNA 两条链相对称的位置。
有一些限制酶的识别序列不是对称的，如 AccBSⅠ[CCGCTC（-3/-3）] 和 BssSⅠ[CTCGTG（-5/-1）]。
有一些限制酶可识别多种序列，如 AccⅠ 识别的序列是 GT↓MKAC ，也就是说可识别 4 种序列，其中两种是对称的，另两种是非对称的。 HindⅡ 识别的序列是 GTY↓RAC 。
有一些限制酶识别的序列呈间断对称，对称序列之间含有若干个任意碱基。
限制酶对 DNA 的切割位置大多数在内部，但也有在外部的。在外部的，又有两端、两侧和单侧之别。切点在两端的有 Sau3AⅠ（↓GATC）、NlaⅢ（CATG↓）和 EcoRⅡ（↓CCWGG） 等；在两侧的有 BcgⅠ[（10/12）CGA（N）6TGC（12/10）]和 TspRⅠ（CASTGNN↓）， BcgⅠ 酶的切割特性与其它酶不同，它们在识别位点的两端各切开一个断点，而不是只产生一个断点。切点在识别位点外侧的还有 BbvⅠ[GCAGC（8/12）] 和 BspMⅠ[ACCTGC（4/8）] 等。
而切割位点是指在哪两个碱基间切割，如有些酶就在G和A之间切割。
