Question

请用Perl语言写一个脚本实现按行分片（某些行具有统一的标识符）并实现一定目的

我有一个.fasta文件类似这样一行带“>”标记名字的标题行和下面不定长度的DNA序列行，DNA序列行按照每行n个碱基分成了m行，然后又是一行标题行，再序列m行，要实现将标题行下面的m行DNA序列变成一行，该怎么写Perl脚本？求大神解答，fasta文件类似这样，但不是每行只有这么多个

>scaffold1
ACGTAGCTAGCTAGCT
CGTCGATCTAGCTAGC
>scaffold2
TCGATGCTAGCTAGTC
TCGATCGATGCTAGCT
TCGATCGATCTCGATC
GGATGCT
>scaffold3
TGATAGTCGATCGTAG
TCGATCGATGCTATGC
TCGATCGATG
希望转换格式后成：
>scaffold1
ACGTAGCTAGCTAGCTCGTCGATCTAGCTAGC
>scaffold2
TCGATGCTAGCTAGTCTCGATCGATGCTAGCTTCGATCGATCTCGATCGGATGCT
>scaffold3
TGATAGTCGATCGTAGTCGATCGATGCTATGCTCGATCGATG

Answer 1

#!/usr/bin/perl
use strict;

open FILE,"<input.fasta";
foreach my $line (<FILE>) {
    chop($line) while ($line =~ /[\r\n]/);  #去除末尾换行符
    if ($line =~ /^>/) {  # 如果是标题行
        print "\n$line\n";
    }
    else {
        print $line;
    }
}
print "\n";
close FILE;

追问

有一个小小的问题啊，他会在第一个标题行前面加一个空白行，可以去掉吧？

追答

加一个flag吧，最开始为0，在循环里面，如果是标题行的判断里，判断flag==0则置flag=1，并打印"$line\n"，否则打印"\n$line\n"。