引物设计原则是什么?
引物设计有 3 条基本原则：
首先引物与模板的序列要紧密互补，其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构，再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应(即错配)。
具体实现这 3 条基本原则需要考虑到诸多因素，如引物长度（primer length），产物长度（product length），序列 Tm 值 (melting temperature)，引物与模板形成双链的内部稳定性(internal stability, 用 ∆G 值反映)。
形成引物二聚体(primer dimer)及发夹结构（duplexformation and hairpin）的能值，在错配位点（false priming site）的引发效率，引物及产物的GC 含量（composition），等等。必要时还需对引物进行修饰，如增加限制性内切酶位点，引进突变等。
一、引物与模板的序列要紧密互补。
二、引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构。
三、再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应(即错配)。
研载生物科技（上海）有限公司_
2023-04-12 广告
引物设计有原则：
1、长度：15—30bp，其有效长度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38，否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度(74度)，从而降低产物的特异性。
2、G十C含量：应在40%一60%之间，PCR扩增中的复性温度一般较Tm值低等于引物的Tm值减去5—10度。引物长度小于20时，其Tm恒等于4×(G十C)十2×(A十T)。
3、碱基分布的随机性：应避免连续出现4个以上的单一碱基。尤其是不应在其3’端出现超过3个的连续G或C，否则会使引物在G十C富集序列区错误引发。
4、引物自身：不能含有自身互补序列，否则会形成发夹样二级结构。
5、引物之间：两个引物之间不应有多于4个的互补或同源碱基，不然会形成引物二聚体，尤应避免3’端的互补重叠。
6、上下游引物的互补性：一个引物的3‘末端序列不允许结合到另一个引物的任何位点上。
7、3’末端：如果可能的话，每个引物的3‘末端碱基应为G或C。
8、引物应当超出限制性内切酶识别位点至少3个核苷酸。
引物长度和GC 含量要适中。引物长度大概为18~28 bp，但不应大于38 bp，引物过短会影响到扩增的特异性，太长的话其延伸温度将会大于74 ℃，不利Taq 酶的催化反应。若扩增产物为4~5 kb，引物最好不要少于24bp；如果目的产物≤500 bp，引物长度只要16~18 bp 即可。上下游引物间的Tm 值的差值最好在10 ℃以内，GC 含量最好是40%~60%。
3′端不应该存在相似性高的序列，否则容易导致错配。3′端不能有多于3 个连续的G 或C，要不然引物错配会在GC 富集区。
引物3′端不能修饰，5′端可以修饰，还尽量要避开密码子第3 位。同时要注意选择3′端△G 值相对较低，5′端和中间△G 值较高的引物。
