马铃薯基因测序过程中存在的难题不包括
第一代测序技术以“Sanger法”为代表。
实现了测序技术从无到有的飞跃,人们借助其完成了“人类基因组草图”,以及动植物、微生物等模式生物的基因组测序。一代测序经发展实现了自动化,但总体而言通量低、流程长、成本高,难以商业化。新测序技术以不可抵挡的势头发展起来。
新一代测序技术(next-generation sequencing, NGS)的起点是2005年以来Roche 454、Illumina GA/HiSeq、Life SOLiD/Ion Torrent、PacBio RS技术的发明,新技术使测序通量快速增加,测序成本极大降低。本文主要介绍Illumina测序森扒技术、
Pacific BioSciences SMRT RS测序技术、Oxford纳米孔测序技术及华大平台的DNBSEQ TM 测序技术。
该技术是目前应用最广泛的新一代基因组测序平台,它使用边合成边测序技术实现大规模平行测序。它最早是由Solexa公司开发,所以也称为Solexa测序技术。Illumina测序平台有多种仪器选择,如超大通量、适合测序中心和测序公司的 HiSeq 系列测序仪,
也有适合中小型实验室测序和医院医疗诊断测序使用的 MiSeq 和 NextSeq500 测序仪,芦贺也有专门用于医疗诊断测序用的 MiniSeq 等。测序模式分为 高通量模式 与陪春派 快速模式 。其中,高通量模式可兼容更多的样本量及应用种类;而快速模式测序速度更快、单次运行成本更低。