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详细攻略：
这是个人类同口袋妖怪一同生活的世界，有无数的人梦想成为杰出的口袋妖怪训练员，我们的主角也是其中之一。而且，他有着不输给任何人的信念…………
这里是マサラ小镇，虽然宁静，但却非常的小，故事就从这个小镇开始。我们的主角是拥有雄心壮志的小孩，怎么可能甘愿呆在自己的小屋里打FC？男子汉就应该到外面去闯闯嘛。不过出门之前，先从电脑里把小恢复的药（キズぐすり）拿出来。
“喂，小孩，小心草丛！”主角刚想离开村子进入草丛，便听到背后有人喊叫。原来是这个镇上的名人——オーキド博士，他可是口袋妖怪的专家。
“草丛里生活着口袋妖怪，你打扰了它们的生活。自己身边没有口袋妖怪保护是很危险的。跟我来吧。”于是，博士便把一无所知的主角带到了他的研究所。
研究所里，博士的孙子，也是主角的劲敌在等待着博士给他口袋妖怪。再博士交代几句之后，便让主角先从三个小妖怪中挑选一个。待主角拿定注意之后，博士的孙子也会挑选一个，当然是克制主角属性的那一只（真赖皮~）。
好了，终于有了自己的小妖怪的，呵呵。主角等不及想要开始自己的冒险，然而还没有走出研究所，劲敌就已经下了战书。“我们先来战斗一次看看吧”
盛情难却啊，打就打吧。博士的孙子可是很厉害的，要不怎么配当劲敌呢。（不过说归说，再厉害也不顶用，主角毕竟是主角，呵呵）。虽然他的小妖怪是克自己属性的，不够好在一开始没有相应属性的攻击技能，火拼应该拼的过他，再说我们还有药呢。
终于还是主角还是赢了，告别了博士和母亲之后，主角离开了小镇踏入草丛之中。果然和博士说的一样，在草丛中隐匿了和多小妖怪，时不时的出来袭击主角。好在它们的等级都很低，应该没问题。
很快的就来到了トキワ村，虽然也是小村落，但是比故乡可是要大很多。二话不说，先到口袋妖怪中心（PC）中去恢复一下，然后就开始办正事吧。来到SHOP，看来店长已经在等主角了，他给了主角おとどけもの要主角带回去给博士（不知道我刚出来的吗？又要回去~难道把我当跑腿的？）。赶紧回去给博士，博士也不给主角吃亏，给了主角口袋图鉴，以后就可以用图鉴查找看到过的小妖怪了。同时5个妖怪球到手，这就意味着可以抓野生的小妖怪了。谢别博士后主角继续自己的冒险旅程。在回トキワ村前先去自己家隔壁，也就是劲敌的家里，女主人会给主角地图，方便了许多。
终于又回到了トキワ村，不过这里也太小了，不够看，唯一的一个会馆还进不去，先去下一个城市看看吧。不过主角刚要出村，却不一个老头叫住了。原来他是要教主角抓小妖怪（对各位玩家来说没有必要的吧，但是还是看一下，不要辜负人家的好心^_^）。 而且他还给了主角一个手提电视（新要素！！好象是教你怎么战斗，具体功能慢慢研究）。
一直向北走，来到了トキワ村的森林，森林里有很多口袋妖怪训练员，这里的昆虫系妖怪比较多，如果之前抓到波波的话就没有难度了。草丛中隐藏着道具，对于一开始贫瘠的主角来说可千万不要漏掉啊。另外最重要的是，这个地方可以抓到皮卡丘，千万不要错过啊（玩口袋没皮卡丘可不行~~）。
终于从阴森的トキワ村的森林走出来了，明媚的阳光下，主角来到了ニビ镇。血气方刚的主角在PC少许休息后便冲向了会馆。什么？不认识路？那没关系，小镇右侧出口的人心青年会把你带到会馆门口，也就是说，不打败会馆是不能出镇的。这个会馆的管主是专攻岩石系的小刚（就是动画里看到年轻女性就七荤八素的那个）。如果当初选妙娃种子或杰尼龟的话，可以说这个会馆毫无难度。
终于，有纪念意义的第一枚徽章到手！同时得到了39号技能。这时你会发现背包中多出了わざマシンケース（也是新道具），至于用处么，似乎是让小妖怪学技能用的（现在学技能要用道具，道理是讲通了，但是总觉得多此一举）。不管怎样，向着下一个目标出发……
刚走出小镇就看到有一位大叔（难道又要叫我停下？干脆这次我先叫他算了）。果然，这位大叔给了主角跑鞋（哈哈，任天堂终于开窍了，不加入跑鞋一定会被骂死）。
哇，路上好多训练员等着主角呢，难道出名了吗^_^？尽管我们的主角再强劲，经过连续战斗后还是会觉得有点吃力，实在不行就往ニビ镇的PC多跑几次吧，不会吃亏的。
终于，来到了オツキミ山脚下，这里也有PC，真是体贴~~。PC中有一秃头，和他说话他会卖给你鲤鱼王，500块，要不要自己决定…………
进入山洞内，同样有很多训练员和野生妖怪在等待着主角，真是到哪里都不得安宁。在阴暗的山洞中不断摸索，来到地下二层，却遇到了一个身穿黑色衣服的古怪青年，衣服上还写着R字，看来对主角非常的不客气，那就较量一下吧。他们便是故事中的反派人物——火箭队（既然你诚心诚意的问了…………），今后还要遇到多次恶战。一顿摸爬滚打后终于找到了出口。出口处，一个穿白大褂的男子等在那里，看来是他们的老大。打到他之后，主角可以从两块化石中挑选一块妥善保管，以后可以孵化化石系的妖怪。另一块则被他拿走。（战斗明明是我赢了，应该都归我才对…………）。这个山洞中除了化石外，月光石（つきのいし）和奇怪糖果（ふしぎなアメ）也是比较重要的东西，务必要拿到手。
终于走出山洞了，又一次见到明媚的阳光感觉真不错。突然发现有两个穿格斗服的男子站在高地上，上去询问后，可以选其中一人教妖怪格斗系的技能。（右边那个比较厉害）。谢过二位壮士，主角赶紧来到了不远的ハナダ市。虽然挑战会馆是重要，但是也要先休息休息，先在城市里兜兜风再说。
有自行车行？！太好了！跑了那么多路脚都痛了。先弄辆车骑骑再说。
“欢迎光临，这里是自行车行”老板好热情啊。
“一辆车一百万。”
“什么？！一百万？！”
这下怎么办？算了，看来上天注定不该是我的东西（即使用改到一百万也别想买），先挑战会馆再说。
ハナダ市会馆的管主是专攻水系，打败她之后可以得到徽章和3号技能。继续向下一个城镇出发。
通往下个城市的路好象要经过一间房子，但是门口有警察进不去，唉。那就先往上边走吧。刚走不久，一张熟悉的面孔出现了，原来是主角的劲敌啊，好久不见，他的实力提高了很多，看来也修炼过了。不过作为主角是一定不会输的（输了重来~~）。战斗结束后他给了主角一个手机，以后就可以和认识的人打电话了。
一番过关斩将后终于来到海角的小屋。奇怪，进去后竟然没有人，只有一只皮皮，没办法，只能和皮皮说话，交谈中得知这个家伙是人，他要主角帮他控制一下电脑，我们人心的主角当然爽快的答应了，举手之劳嘛。说完后皮皮跑进机器中，主角去操纵电脑。而后从机器的另一边从先了原先变成皮皮的マサキ。为了表示感谢，他给了主角一张船票（ふねのチケツト），管他有用没用，先放着再说。
抄近道回到ハナダ市，发现警卫已经让路了，那就走吧~~。
哎呀，屋子里乱七八糟的，墙上还破了一个洞。询问主人后得知有一人来捣乱，后来破墙而逃。
“有这等事？！”主角听罢立刻追了出去。果不其然，屋外有一个行踪可疑的男子，没错就是他了！（谁叫你穿黑衣服等着我抓的~^_^）。又是火箭队！真是无恶不作（而且还没什么实力）。轻松解决后从他身上搜出了28号技能。
继续我们的旅程。在路上有传统的妖怪寄养所，走一步一格经验在初期应该算是比较划算的。可惜只能寄养一只，那也就是说不能生蛋了，残念~~
“什么？！ヤマブキ市不能去？”幸好边上有地道，可以先到クチバ市。
一路打发挑战者，终于来到了クチバ市。原来是港口城市啊，有船诶，看来船票有用了。先不忙，休息要紧。来到PC后别忘了PC左边的房子，里面有一位好心的钓鱼爱好者会送主角一根鱼竿，暂时只能钓钓鲤鱼王什么的，有耐心的话快练到20级吧。不过暂时没有地方可以迅速提高等级，最好还是放在妖怪寄养所里。
在会馆上面有一所尖屋顶的房子，听完里面的老头说的很多很多的话后，可以得到一张兑换券（ひきかえけん）。可以回去换自行车了（终于等到了~~）。
“会馆！会馆！会馆边上怎么长了一棵树？真讨厌。算了，先乘船吧，说不定下船之后树就死掉了，呵呵。”
进入船后到处逛逛看看，船内高手还真不少呢，趁现在多讨教讨教，要是船开走了就找不到人了。逛着逛着就快到船长室了，但是在通往船长室的楼梯下面遇到了劲敌，又长进了……
战斗结束后就去船长室找船长，耐心听完他一番话后，他很高兴的把他珍藏已久的01号秘传机器（ひでんマシン）给主角。现在终于可以砍掉可恶的植物了，而且以前有很多不能去的地方现在可以去。下船上岸之后，船起航了。
虽然可以去很多新的地方，但是主角还是决定先挑战クチバ市的会馆。这个会馆是电气系的会馆嘛，管主的房间门口有电进不去，经过主角自己勘察后，发现房里的柱子上有机关，一番摸索之后终于打开了门。管主最后一个是胖雷丘，还是有点实力的，不管怎样，现在已经有3枚徽章入手了，离我们主角的梦想又近了一步。
现在有了间切能力，去哪里好呢。我们的主角探索欲望太强了，所以决定先去城市右边的山洞。山洞里有好多地鼠，幸好没有训练员干扰，而且地势比较明朗，所以很快就穿过了山洞。山洞出口原来在トキワ村的森林附近，那暂时从这里来回算是比较方便的。山洞出口往下走有一间小屋，里面的人会给主角05号密传机，妖怪学习后可以是用闪光，这样就不怕漆黑的山洞了。不过前提条件是主角必须已经抓到10种小妖怪，不然人家可不会给你，要是没有的话快去抓吧。
再次回到ハナダ市，右边出口用间切后就可以畅通，不过前方有好多训练员等着挑战主角，平均等级20级左右，没什么好怕的（主角的妖怪应该已经第3形态了吧）。一路来到了岩间隧道（イワヤマトンネル），里面一片漆黑什么都看不见，幸好刚才得到了闪光，使用后就会变的光亮许多了。一路上看到很多假扮怪物的训练员，真是恶趣味，汗一个~~。幸好道路不是很复杂，没有太多的岔路，不过路是长了一点，如果单靠一个妖怪的话，可能会出现技能不够用的情况。稍费工夫就出来了。（记得以前玩GB红的时候没有用闪光就这么过来了，真佩服自己）。
出了山洞后不远的地方就是シルワスコープ村，这里最著名的建筑是一座口袋妖怪塔（ポケモンタワー），这座塔是为了悼念亡灵而建立的，里面有很多的幽灵系口袋妖怪。以最优秀的训练员为目标的主角，又怎么能不去参观一下呢？而且从村民的口中得知フジ先生失踪多日。看来看去，还是这座塔的嫌疑最大。所以无论如何都要进去探个究竟。
刚刚来到塔的第2层，一个熟悉的身影又出现了。没错，又是主角的劲敌，既然碰了面就免不了要切磋一番。当然，结果一定还是主角胜他一筹。塔内有好多退灵师，直接攻击他们的妖怪是没有作用的，但是超能系的技能对他们有特效。一路上遇到很多迷雾一般的妖怪骚扰主角，除了逃跑外别无他法，在第6层往上的楼梯口处更是阻挡主角前进。这时主角突然想起，在第2层的某人说过需要得到シルワスコーブ的力量才能是幽灵现出原形。但是这个东西在哪里呢？唉，看来这件事只能先搁一下，先往下一个目标进发吧。
从西面出村，可以到达ヤマブキ村，不过同样道路也已经被堵，但是越过地下通道就可以到达タマムシ市。从タマムシ市往左走，有一只卡比熊挡在路中间死活都不动。在熊的上方的屋子里，主人会给主角02号秘传机，鸟类学习的话可以随时飞到去过的城市，真是超级方便的技能。タマムシ市真不愧是大城市，市里有一家百货商店，可谓是品种齐全，楼顶有自动售货机，给边上的小姑娘3个饮料就可以得到3个技能，（因为去ヤマブキ村不是用饮料贿赂警卫，所以不用多买了）。在百货店边上的高层大楼的楼顶（从大楼背后进入）有一间小屋，里面桌子上的妖怪球里有伊布，这可是唯一得到的机会，千万不要错过。另外市内还有一家游戏机房，虽然主角重多任务在身，但是毕竟是小孩子，怎能挡的住游戏机的诱惑（可以用硬币换妖怪和技能）。不过没硬币盒不让买硬币（还以为小孩子不能玩老虎机呢）。不过在餐厅中有一为好心的大叔给了主角一个硬币盒（コインケース）。这下可以过过瘾了~。玩了几把后，发现一个黑衣男子站在墙边看壁画，非常的可疑！于是主角便上去打话，没想到竟然是火箭队的人。二话不说马上开架，没几下子他就败下阵来。见形式不妙连忙鞋底抹油，立刻逃出了主角的视线。“唉，又让火箭队的人逃掉了。不过刚才他在看什么呢？”于是主角连忙走到那幅画旁边调查了一下，没想到打开了一个暗道。
原来这个是火箭队的秘密基地，一定隐藏着什么阴谋。地下一层有一扇门打不开，先下二层再说。从第二层开始会有很多单向通行的标记，踏上之后就会不停的向前滑行。虽然头晕目旋，不过也难不倒主角。终于来到了第下第5层，打倒最里面的火箭队员后，逼他交出了电梯钥匙，从第2层转啊转可以到达电梯。来到电梯内直接选第4层，终于见到了火箭队的老大！不过实力也只是一般。打败他以后他留下了主角一直在找的シルワスコーブ！赶快回去妖怪塔看看。
果然，戴上シルワスコーブ之后原先骚扰主角的小妖怪以及挡在第6层楼梯口的妖怪都现出了原形。终于来到第7层，フジ先生果然被抓到这里来了。救出フジ先生后来到他的家中，作为谢礼他给了主角妖怪之笛（ポケモンのふえ），先放着吧。
“タマムシ市的会馆还没有挑战呢，先去会会。”于是，主角又来到了タマムシ市。这里的会馆里的妖怪全是植物系，带火系的或虫系的会好些。挑战前药先买些，因为对方使用毒粉或催眠粉比较多。馆主的王牌是霸王花，算是植物系中的佼佼者了。
从タマムシ市往左走，原先的卡比熊还躺着…………。试试吹妖怪之笛把它吹醒吧。
吹了一阵子后果然有反映，不过好象因为主角打扰它睡觉使它抓狂了，竟然攻击主角。卡比熊可是非常强的，不但防御高，而且HP也多，睡觉还可以恢复HP，打呼也能攻击。不过最后还是被主角制服了。（劝大家抓住它，因为游戏中一共只有两次抓卡比熊的机会，而且实力的确是强，不过抓的时候满困难的，要记住坚持就是胜利！）
现在有很多道路可以去，不过主角还是决定回ヤマブキ村的出入口去看看，毕竟这里最近嘛。
在拿伊布的大楼里从正门进第一层的老婆婆会给主角茶（おちや）。通往ヤマブキ村的路上，警卫正好要茶，给他就可以过去了（行贿的方法和以前不一样^_^）。来到ヤマブキ村里，到处都四火箭队的人，而且会馆也不能去。先去中间的大楼（シルフカンパニー）看看吧。这里竟然有11层！难道是火箭队的总部？不管了，不如虎穴焉得虎子，干脆捣了他们的老窝。（虽然里面有补给点，但仍要做好长时间战斗的准备，毕竟是11层~~）。
楼内每一层都有传送点，但是最好不要乱踩，因为传到后来自己都不知道怎么来的，很容易迷路，也很容易漏掉重要道具。只要一层一层往上走就没问题。在第5层可以拿到钥匙，这样原先很多不能开的门都可以开了。
在第3层中间屋子的传送点来到第7层。劲敌又再次出现，打败他后和边上的人说话，会意外的得到乘龙。往下面的传送点走很快就可以到达BOSS处。（如果不想拿大量道具的话只要第5层拿钥匙，第3层传送到第7层就可以了）。
火箭队的老大也比以前强了不少，不过终究还是敌不过主角。这样，这所大楼中的战斗总算结束了。和坐在沙发上的老大爷交谈可以得到大师球。
整个城市都恢复了正常，会馆也可以去挑战了。这个城市有两个会馆，分别是格斗系会馆和超能系会馆，挑战格斗系会馆是没有徽章的，不过打败馆主后可以挑选一个格斗系的小妖怪。超能系会馆内分为一间间小房间，其中由传送点相连，要找到馆主算是一间麻烦的事情，不过多走几次应该可以找到。馆主的王牌是胡地，非常厉害的说。
终于有5枚徽章了，向下一个目的地セキチク市进发！从シルワスコープ村往下，过了九曲桥后又有一只卡比熊挡路。老规矩吹笛子（如果另一个没有抓住，这个就不要再漏掉了）。一路往下，路上经过一个钓鱼爱好者的家，他会给你厉害的钓鱼竿（すごいつりざお），可以钓一些高级的水系妖怪。从タマムシ市往左来到自行车道一路往下，同样可以来到セキチク市。
在城市的上方有个狩猎场，这里可以花500元买30个特殊的妖怪球，里面有很多外面捉不到的妖怪，特别是迷你龙，两次进化后成为快龙，有多厉害大家也知道。一路走到狩猎场的深处，这里有间小屋，同屋内的人交谈可以得到03号秘传机，水系的妖怪学习后就可以在水上移动了。
出了狩猎场来到市内一家人家（就是PC右边的房子），主人说他的假牙掉了要主角帮他找一下。主角在狩猎场内的确是拣到了一副假牙（就在拿03秘传机不远的地方）。于是马上还给了主人，主人热心的把04号秘传机给了主角，妖怪学习后可以推动大石头。对着屋内的大石头先练习一下吧。隔壁的钓鱼爱好者同样会给主角一根好的鱼竿，用来掉厉害的水系妖怪。
来到セキチク市后忙了好一阵子，现在终于有空挑战这里的会馆了。这个会馆以毒系和超能系为主，馆中有个无形的墙，要来到馆主那里必须从外围饶进去。馆主的王牌是双弹瓦斯（记得以前好象不是，变弱了？）不是很难对付。这样一来就有6枚徽章入手。紧接着往下一个目标前进。
看看地图，前往グレンじま镇必须经过19号水路，原先不能去，但是现在有了03号秘传机就可以马上出发了。从19，20号水路来到双子岛，到这里就没路了，先到山洞里去看看吧。
到达了洞底后发现这里有湍急的水流，根本无法在水上移动。
“不知道把洞里的大石头推到这里来，能不能堵住水流。”无奈之下只有这个办法。于是马上把所有的石头推到边上的洞里（记得有一个洞就要推一块石头）。工夫不负有心人，继续前进………
出山洞后再走不远就到了グレンじま镇，镇上有个研究所，把化石给他们，就可以得到化石妖怪。会馆进不去………，先去找ボケモンやしも找钥匙吧。ボケモンやしも的门需要按石像上的机关才会开，不过有些看了，有些则关闭。在第3层必须从右下角左边的断层跳到第2层，不然是找不到路的。在地下室找到了会馆的钥匙，这下可以挑战会馆了。
会馆里全是火系的妖怪，用水系再好不过。馆主的王牌是风速狗，实力算是比较强的，不过用水系轻松应付。刚出会馆门口就被快艇接到了新地图。
从第一座小岛往上走来到温泉山洞，里面的老爷爷会给主角06号秘传机作用是击碎岩石。渡过海往上走可以来到ともしびやま山。山上石头好多啊，推的砸的都有。进入山洞后一条路往前走，出洞后往上走不久就可以遇见传说中的火焰鸟，就此一个抓吧！（另外电光鸟和急冻鸟分别是发电站和双子岛，具体在专题中会有怪物图鉴，这里不详细解说了，就一个字，抓！）。接着往第2个岛出发吧（要乘快艇去）。
在第2个岛上的一所房子里和某个大叔交谈时突然有人闯入（看不懂日文不知道发生了什么事T-T，触发一下剧情就可以了）。岛的最上房的房子里，主人会教主角的妖怪技能，非常厉害！一定要学啊。
来到第3个岛上，这里的暴走族似乎很多，还在PC边上闹事，稍稍教训他们一下就都溜掉了。继续前进，来到きのみのもり森林，在森林的最深处遇见一个小女孩和她交谈后突然兽到素力普的攻击（这个是野生的）。战斗胜利后自动回到第2个岛的那位大叔家，为了答谢主角某某功勋，把袋子（きのみぶくろ）给主角。这个袋子似乎是用来装种子之类的东西。然后回到第1座岛的PC就可以了。新岛的任务就次完结。
目前还省下トキワ村的会馆没有挑战，现在应该已经有资格了吧。没想到这个会馆的馆主竟然是火箭队的老大！他的妖怪比较杂，有尼多王和尼多后，以及三地鼠和铁甲暴龙，实力很强。打败他之后终于集齐了8枚徽章。
从トキワ村往左走。在路上又遇到了劲敌，不过主角现在的实力应该很强了吧，解决他应该不成问题。然后在23号道路上向警卫一一出示自己的徽章，通过之后便来到チャンピオンロード山洞。山洞内有些白色的机关，要用大石头压在上面打开道路。
出了山洞后，终于来到了セキエイこうげん，主角冒险的最终目标——四天王就在这里，作好一切准备后就去挑战吧！第一位天王是水系加冰系，第二位是岩石系加格斗系，第三位是幽灵系，最后一位是龙系。每一个都很难对付，不过只要准备好属性相克的妖怪就没问题了（50级以上是必须的）。将他们都打败后竟然要和自己的劲敌交手…………，这场冠军争夺战看来是无法避免了。他的实力非常强！妖怪的平均等级60级。不过我们的主角已经胜了他多次，又怎么会在这种关键时候败下阵来（实在打不过就继续修炼吧）。打败他之后博士宣告主角成为新的冠军，到次就算是游戏通关了，不过冒险并没有结束…………
按照惯例，通关后仍可以继续玩下去，而且只要捉到60种妖怪就可以到博士那里换386版的图鉴。然后来到四天王的地方想赚点外快（大家都有这个习惯吧），没想到不让进，说是一某个天王失踪了，没办法。
来到クチバ市，从这里的港口坐快艇可以到达新岛，在第一座岛上的PC屋内和博士谈话后，来到抓火焰鸟的岛上，在如口处回发现两个火箭队员，打败他们后进入山洞。在山洞有很多大石头挡道，必须将其推开（感觉在玩搬运工），在山洞的深出矗立着几块石板，上面写有奇怪的文字（不用去管他）。在下面一层发现了红宝石，拿到后回PC屋的博士那里，把红宝石交给博士后。但是据博士说，想让机器发动还需要蓝宝石，于是到港口坐快艇来到第4座小岛。
刚一踏上小岛，劲低又出现了，不过这次并没有和主角交手（识时务）。在岛上也有妖怪寄养所，而且可以养两只，放两只不同性别的妖怪后不久就可以生蛋。从小池塘上游过进入冰天雪地的山洞，不断的踏冰溜冰后终于得到了07号秘传机，这样就可以从瀑布逆流而上了。在山洞深处撞见冰天王被火箭队围攻，二话不说立刻冲上去解围。救出冰天王后来到码头座快艇去第5个小岛。
在第5个岛上干掉几个火箭队的杂碎，可以他们的基地进不去（门上那么大个R字，应该是吧）。到处逛逛发现没有特殊事件，还是坐快艇去第6座小岛吧。来到底6座小岛后往南走，在岛的最南边有一善大门，使用01号秘传机技能能将门砍碎（必须自己手动使用）。来到洞内后要选择正确方向的洞跳入，不然就只能回到第一层（上，左，右，下）。来到洞底发现蓝宝石，此时火箭队的研究人员突然出现抢走了蓝宝石。根据推测，他一定是逃回了第5座小岛的基地中，不过此时门还没有开。还上先去第7座小岛吧。
岛的北面有座塔，主角可以一层层的挑战，里面的训练员都非常强（同红蓝宝石中通关后的地方，不过自由度高了不少）。岛的东南边有一个遗迹，这里可以抓字母妖怪安农，为了完成图鉴慢慢抓吧。
现在回到第5座小岛上，发现火箭队的基地的门已经开了。基地里面到处都是转啊转的机关，头晕啊。不过多转转就能转到研究员那里，问他要回蓝宝石后回到第一座岛的博士那里，机器就可以正常运作了。这台机器可以和NGC通讯。
然后来到ハナダ市，顺着河流来到ハナダのどうくつ山洞，山洞深出终于找到了传说中的妖怪超梦，实力非常强，一定要抓住啊。
这是个人类同口袋妖怪一同生活的世界，有无数的人梦想成为杰出的口袋妖怪训练员，我们的主角也是其中之一。而且，他有着不输给任何人的信念…………
这里是マサラ小镇，虽然宁静，但却非常的小，故事就从这个小镇开始。我们的主角是拥有雄心壮志的小孩，怎么可能甘愿呆在自己的小屋里打FC？男子汉就应该到外面去闯闯嘛。不过出门之前，先从电脑里把小恢复的药（キズぐすり）拿出来。
“喂，小孩，小心草丛！”主角刚想离开村子进入草丛，便听到背后有人喊叫。原来是这个镇上的名人——オーキド博士，他可是口袋妖怪的专家。
“草丛里生活着口袋妖怪，你打扰了它们的生活。自己身边没有口袋妖怪保护是很危险的。跟我来吧。”于是，博士便把一无所知的主角带到了他的研究所。
研究所里，博士的孙子，也是主角的劲敌在等待着博士给他口袋妖怪。再博士交代几句之后，便让主角先从三个小妖怪中挑选一个。待主角拿定注意之后，博士的孙子也会挑选一个，当然是克制主角属性的那一只（真赖皮~）。
好了，终于有了自己的小妖怪的，呵呵。主角等不及想要开始自己的冒险，然而还没有走出研究所，劲敌就已经下了战书。“我们先来战斗一次看看吧”
盛情难却啊，打就打吧。博士的孙子可是很厉害的，要不怎么配当劲敌呢。（不过说归说，再厉害也不顶用，主角毕竟是主角，呵呵）。虽然他的小妖怪是克自己属性的，不够好在一开始没有相应属性的攻击技能，火拼应该拼的过他，再说我们还有药呢。
终于还是主角还是赢了，告别了博士和母亲之后，主角离开了小镇踏入草丛之中。果然和博士说的一样，在草丛中隐匿了和多小妖怪，时不时的出来袭击主角。好在它们的等级都很低，应该没问题。
很快的就来到了トキワ村，虽然也是小村落，但是比故乡可是要大很多。二话不说，先到口袋妖怪中心（PC）中去恢复一下，然后就开始办正事吧。来到SHOP，看来店长已经在等主角了，他给了主角おとどけもの要主角带回去给博士（不知道我刚出来的吗？又要回去~难道把我当跑腿的？）。赶紧回去给博士，博士也不给主角吃亏，给了主角口袋图鉴，以后就可以用图鉴查找看到过的小妖怪了。同时5个妖怪球到手，这就意味着可以抓野生的小妖怪了。谢别博士后主角继续自己的冒险旅程。在回トキワ村前先去自己家隔壁，也就是劲敌的家里，女主人会给主角地图，方便了许多。
终于又回到了トキワ村，不过这里也太小了，不够看，唯一的一个会馆还进不去，先去下一个城市看看吧。不过主角刚要出村，却不一个老头叫住了。原来他是要教主角抓小妖怪（对各位玩家来说没有必要的吧，但是还是看一下，不要辜负人家的好心^_^）。 而且他还给了主角一个手提电视（新要素！！好象是教你怎么战斗，具体功能慢慢研究）。
一直向北走，来到了トキワ村的森林，森林里有很多口袋妖怪训练员，这里的昆虫系妖怪比较多，如果之前抓到波波的话就没有难度了。草丛中隐藏着道具，对于一开始贫瘠的主角来说可千万不要漏掉啊。另外最重要的是，这个地方可以抓到皮卡丘，千万不要错过啊（玩口袋没皮卡丘可不行~~）。
终于从阴森的トキワ村的森林走出来了，明媚的阳光下，主角来到了ニビ镇。血气方刚的主角在PC少许休息后便冲向了会馆。什么？不认识路？那没关系，小镇右侧出口的人心青年会把你带到会馆门口，也就是说，不打败会馆是不能出镇的。这个会馆的管主是专攻岩石系的小刚（就是动画里看到年轻女性就七荤八素的那个）。如果当初选妙娃种子或杰尼龟的话，可以说这个会馆毫无难度。
终于，有纪念意义的第一枚徽章到手！同时得到了39号技能。这时你会发现背包中多出了わざマシンケース（也是新道具），至于用处么，似乎是让小妖怪学技能用的（现在学技能要用道具，道理是讲通了，但是总觉得多此一举）。不管怎样，向着下一个目标出发……
刚走出小镇就看到有一位大叔（难道又要叫我停下？干脆这次我先叫他算了）。果然，这位大叔给了主角跑鞋（哈哈，任天堂终于开窍了，不加入跑鞋一定会被骂死）。
哇，路上好多训练员等着主角呢，难道出名了吗^_^？尽管我们的主角再强劲，经过连续战斗后还是会觉得有点吃力，实在不行就往ニビ镇的PC多跑几次吧，不会吃亏的。
终于，来到了オツキミ山脚下，这里也有PC，真是体贴~~。PC中有一秃头，和他说话他会卖给你鲤鱼王，500块，要不要自己决定…………
进入山洞内，同样有很多训练员和野生妖怪在等待着主角，真是到哪里都不得安宁。在阴暗的山洞中不断摸索，来到地下二层，却遇到了一个身穿黑色衣服的古怪青年，衣服上还写着R字，看来对主角非常的不客气，那就较量一下吧。他们便是故事中的反派人物——火箭队（既然你诚心诚意的问了…………），今后还要遇到多次恶战。一顿摸爬滚打后终于找到了出口。出口处，一个穿白大褂的男子等在那里，看来是他们的老大。打到他之后，主角可以从两块化石中挑选一块妥善保管，以后可以孵化化石系的妖怪。另一块则被他拿走。（战斗明明是我赢了，应该都归我才对…………）。这个山洞中除了化石外，月光石（つきのいし）和奇怪糖果（ふしぎなアメ）也是比较重要的东西，务必要拿到手。
终于走出山洞了，又一次见到明媚的阳光感觉真不错。突然发现有两个穿格斗服的男子站在高地上，上去询问后，可以选其中一人教妖怪格斗系的技能。（右边那个比较厉害）。谢过二位壮士，主角赶紧来到了不远的ハナダ市。虽然挑战会馆是重要，但是也要先休息休息，先在城市里兜兜风再说。
有自行车行？！太好了！跑了那么多路脚都痛了。先弄辆车骑骑再说。
“欢迎光临，这里是自行车行”老板好热情啊。
“一辆车一百万。”
“什么？！一百万？！”
这下怎么办？算了，看来上天注定不该是我的东西（即使用改到一百万也别想买），先挑战会馆再说。
ハナダ市会馆的管主是专攻水系，打败她之后可以得到徽章和3号技能。继续向下一个城镇出发。
通往下个城市的路好象要经过一间房子，但是门口有警察进不去，唉。那就先往上边走吧。刚走不久，一张熟悉的面孔出现了，原来是主角的劲敌啊，好久不见，他的实力提高了很多，看来也修炼过了。不过作为主角是一定不会输的（输了重来~~）。战斗结束后他给了主角一个手机，以后就可以和认识的人打电话了。
一番过关斩将后终于来到海角的小屋。奇怪，进去后竟然没有人，只有一只皮皮，没办法，只能和皮皮说话，交谈中得知这个家伙是人，他要主角帮他控制一下电脑，我们人心的主角当然爽快的答应了，举手之劳嘛。说完后皮皮跑进机器中，主角去操纵电脑。而后从机器的另一边从先了原先变成皮皮的マサキ。为了表示感谢，他给了主角一张船票（ふねのチケツト），管他有用没用，先放着再说。
抄近道回到ハナダ市，发现警卫已经让路了，那就走吧~~。
哎呀，屋子里乱七八糟的，墙上还破了一个洞。询问主人后得知有一人来捣乱，后来破墙而逃。
“有这等事？！”主角听罢立刻追了出去。果不其然，屋外有一个行踪可疑的男子，没错就是他了！（谁叫你穿黑衣服等着我抓的~^_^）。又是火箭队！真是无恶不作（而且还没什么实力）。轻松解决后从他身上搜出了28号技能。
继续我们的旅程。在路上有传统的妖怪寄养所，走一步一格经验在初期应该算是比较划算的。可惜只能寄养一只，那也就是说不能生蛋了，残念~~
“什么？！ヤマブキ市不能去？”幸好边上有地道，可以先到クチバ市。
一路打发挑战者，终于来到了クチバ市。原来是港口城市啊，有船诶，看来船票有用了。先不忙，休息要紧。来到PC后别忘了PC左边的房子，里面有一位好心的钓鱼爱好者会送主角一根鱼竿，暂时只能钓钓鲤鱼王什么的，有耐心的话快练到20级吧。不过暂时没有地方可以迅速提高等级，最好还是放在妖怪寄养所里。
在会馆上面有一所尖屋顶的房子，听完里面的老头说的很多很多的话后，可以得到一张兑换券（ひきかえけん）。可以回去换自行车了（终于等到了~~）。
“会馆！会馆！会馆边上怎么长了一棵树？真讨厌。算了，先乘船吧，说不定下船之后树就死掉了，呵呵。”
进入船后到处逛逛看看，船内高手还真不少呢，趁现在多讨教讨教，要是船开走了就找不到人了。逛着逛着就快到船长室了，但是在通往船长室的楼梯下面遇到了劲敌，又长进了……
战斗结束后就去船长室找船长，耐心听完他一番话后，他很高兴的把他珍藏已久的01号秘传机器（ひでんマシン）给主角。现在终于可以砍掉可恶的植物了，而且以前有很多不能去的地方现在可以去。下船上岸之后，船起航了。
虽然可以去很多新的地方，但是主角还是决定先挑战クチバ市的会馆。这个会馆是电气系的会馆嘛，管主的房间门口有电进不去，经过主角自己勘察后，发现房里的柱子上有机关，一番摸索之后终于打开了门。管主最后一个是胖雷丘，还是有点实力的，不管怎样，现在已经有3枚徽章入手了，离我们主角的梦想又近了一步。
现在有了间切能力，去哪里好呢。我们的主角探索欲望太强了，所以决定先去城市右边的山洞。山洞里有好多地鼠，幸好没有训练员干扰，而且地势比较明朗，所以很快就穿过了山洞。山洞出口原来在トキワ村的森林附近，那暂时从这里来回算是比较方便的。山洞出口往下走有一间小屋，里面的人会给主角05号密传机，妖怪学习后可以是用闪光，这样就不怕漆黑的山洞了。不过前提条件是主角必须已经抓到10种小妖怪，不然人家可不会给你，要是没有的话快去抓吧。
再次回到ハナダ市，右边出口用间切后就可以畅通，不过前方有好多训练员等着挑战主角，平均等级20级左右，没什么好怕的（主角的妖怪应该已经第3形态了吧）。一路来到了岩间隧道（イワヤマトンネル），里面一片漆黑什么都看不见，幸好刚才得到了闪光，使用后就会变的光亮许多了。一路上看到很多假扮怪物的训练员，真是恶趣味，汗一个~~。幸好道路不是很复杂，没有太多的岔路，不过路是长了一点，如果单靠一个妖怪的话，可能会出现技能不够用的情况。稍费工夫就出来了。（记得以前玩GB红的时候没有用闪光就这么过来了，真佩服自己）。
出了山洞后不远的地方就是シルワスコープ村，这里最著名的建筑是一座口袋妖怪塔（ポケモンタワー），这座塔是为了悼念亡灵而建立的，里面有很多的幽灵系口袋妖怪。以最优秀的训练员为目标的主角，又怎么能不去参观一下呢？而且从村民的口中得知フジ先生失踪多日。看来看去，还是这座塔的嫌疑最大。所以无论如何都要进去探个究竟。
刚刚来到塔的第2层，一个熟悉的身影又出现了。没错，又是主角的劲敌，既然碰了面就免不了要切磋一番。当然，结果一定还是主角胜他一筹。塔内有好多退灵师，直接攻击他们的妖怪是没有作用的，但是超能系的技能对他们有特效。一路上遇到很多迷雾一般的妖怪骚扰主角，除了逃跑外别无他法，在第6层往上的楼梯口处更是阻挡主角前进。这时主角突然想起，在第2层的某人说过需要得到シルワスコーブ的力量才能是幽灵现出原形。但是这个东西在哪里呢？唉，看来这件事只能先搁一下，先往下一个目标进发吧。
从西面出村，可以到达ヤマブキ村，不过同样道路也已经被堵，但是越过地下通道就可以到达タマムシ市。从タマムシ市往左走，有一只卡比熊挡在路中间死活都不动。在熊的上方的屋子里，主人会给主角02号秘传机，鸟类学习的话可以随时飞到去过的城市，真是超级方便的技能。タマムシ市真不愧是大城市，市里有一家百货商店，可谓是品种齐全，楼顶有自动售货机，给边上的小姑娘3个饮料就可以得到3个技能，（因为去ヤマブキ村不是用饮料贿赂警卫，所以不用多买了）。在百货店边上的高层大楼的楼顶（从大楼背后进入）有一间小屋，里面桌子上的妖怪球里有伊布，这可是唯一得到的机会，千万不要错过。另外市内还有一家游戏机房，虽然主角重多任务在身，但是毕竟是小孩子，怎能挡的住游戏机的诱惑（可以用硬币换妖怪和技能）。不过没硬币盒不让买硬币（还以为小孩子不能玩老虎机呢）。不过在餐厅中有一为好心的大叔给了主角一个硬币盒（コインケース）。这下可以过过瘾了~。玩了几把后，发现一个黑衣男子站在墙边看壁画，非常的可疑！于是主角便上去打话，没想到竟然是火箭队的人。二话不说马上开架，没几下子他就败下阵来。见形式不妙连忙鞋底抹油，立刻逃出了主角的视线。“唉，又让火箭队的人逃掉了。不过刚才他在看什么呢？”于是主角连忙走到那幅画旁边调查了一下，没想到打开了一个暗道。
原来这个是火箭队的秘密基地，一定隐藏着什么阴谋。地下一层有一扇门打不开，先下二层再说。从第二层开始会有很多单向通行的标记，踏上之后就会不停的向前滑行。虽然头晕目旋，不过也难不倒主角。终于来到了第下第5层，打倒最里面的火箭队员后，逼他交出了电梯钥匙，从第2层转啊转可以到达电梯。来到电梯内直接选第4层，终于见到了火箭队的老大！不过实力也只是一般。打败他以后他留下了主角一直在找的シルワスコーブ！赶快回去妖怪塔看看。
果然，戴上シルワスコーブ之后原先骚扰主角的小妖怪以及挡在第6层楼梯口的妖怪都现出了原形。终于来到第7层，フジ先生果然被抓到这里来了。救出フジ先生后来到他的家中，作为谢礼他给了主角妖怪之笛（ポケモンのふえ），先放着吧。
“タマムシ市的会馆还没有挑战呢，先去会会。”于是，主角又来到了タマムシ市。这里的会馆里的妖怪全是植物系，带火系的或虫系的会好些。挑战前药先买些，因为对方使用毒粉或催眠粉比较多。馆主的王牌是霸王花，算是植物系中的佼佼者了。
从タマムシ市往左走，原先的卡比熊还躺着…………。试试吹妖怪之笛把它吹醒吧。
吹了一阵子后果然有反映，不过好象因为主角打扰它睡觉使它抓狂了，竟然攻击主角。卡比熊可是非常强的，不但防御高，而且HP也多，睡觉还可以恢复HP，打呼也能攻击。不过最后还是被主角制服了。（劝大家抓住它，因为游戏中一共只有两次抓卡比熊的机会，而且实力的确是强，不过抓的时候满困难的，要记住坚持就是胜利！）
现在有很多道路可以去，不过主角还是决定回ヤマブキ村的出入口去看看，毕竟这里最近嘛。
在拿伊布的大楼里从正门进第一层的老婆婆会给主角茶（おちや）。通往ヤマブキ村的路上，警卫正好要茶，给他就可以过去了（行贿的方法和以前不一样^_^）。来到ヤマブキ村里，到处都四火箭队的人，而且会馆也不能去。先去中间的大楼（シルフカンパニー）看看吧。这里竟然有11层！难道是火箭队的总部？不管了，不如虎穴焉得虎子，干脆捣了他们的老窝。（虽然里面有补给点，但仍要做好长时间战斗的准备，毕竟是11层~~）。
楼内每一层都有传送点，但是最好不要乱踩，因为传到后来自己都不知道怎么来的，很容易迷路，也很容易漏掉重要道具。只要一层一层往上走就没问题。在第5层可以拿到钥匙，这样原先很多不能开的门都可以开了。
在第3层中间屋子的传送点来到第7层。劲敌又再次出现，打败他后和边上的人说话，会意外的得到乘龙。往下面的传送点走很快就可以到达BOSS处。（如果不想拿大量道具的话只要第5层拿钥匙，第3层传送到第7层就可以了）。
火箭队的老大也比以前强了不少，不过终究还是敌不过主角。这样，这所大楼中的战斗总算结束了。和坐在沙发上的老大爷交谈可以得到大师球。
整个城市都恢复了正常，会馆也可以去挑战了。这个城市有两个会馆，分别是格斗系会馆和超能系会馆，挑战格斗系会馆是没有徽章的，不过打败馆主后可以挑选一个格斗系的小妖怪。超能系会馆内分为一间间小房间，其中由传送点相连，要找到馆主算是一间麻烦的事情，不过多走几次应该可以找到。馆主的王牌是胡地，非常厉害的说。
终于有5枚徽章了，向下一个目的地セキチク市进发！从シルワスコープ村往下，过了九曲桥后又有一只卡比熊挡路。老规矩吹笛子（如果另一个没有抓住，这个就不要再漏掉了）。一路往下，路上经过一个钓鱼爱好者的家，他会给你厉害的钓鱼竿（すごいつりざお），可以钓一些高级的水系妖怪。从タマムシ市往左来到自行车道一路往下，同样可以来到セキチク市。
在城市的上方有个狩猎场，这里可以花500元买30个特殊的妖怪球，里面有很多外面捉不到的妖怪，特别是迷你龙，两次进化后成为快龙，有多厉害大家也知道。一路走到狩猎场的深处，这里有间小屋，同屋内的人交谈可以得到03号秘传机，水系的妖怪学习后就可以在水上移动了。
出了狩猎场来到市内一家人家（就是PC右边的房子），主人说他的假牙掉了要主角帮他找一下。主角在狩猎场内的确是拣到了一副假牙（就在拿03秘传机不远的地方）。于是马上还给了主人，主人热心的把04号秘传机给了主角，妖怪学习后可以推动大石头。对着屋内的大石头先练习一下吧。隔壁的钓鱼爱好者同样会给主角一根好的鱼竿，用来掉厉害的水系妖怪。
来到セキチク市后忙了好一阵子，现在终于有空挑战这里的会馆了。这个会馆以毒系和超能系为主，馆中有个无形的墙，要来到馆主那里必须从外围饶进去。馆主的王牌是双弹瓦斯（记得以前好象不是，变弱了？）不是很难对付。这样一来就有6枚徽章入手。紧接着往下一个目标前进。
看看地图，前往グレンじま镇必须经过19号水路，原先不能去，但是现在有了03号秘传机就可以马上出发了。从19，20号水路来到双子岛，到这里就没路了，先到山洞里去看看吧。
到达了洞底后发现这里有湍急的水流，根本无法在水上移动。
“不知道把洞里的大石头推到这里来，能不能堵住水流。”无奈之下只有这个办法。于是马上把所有的石头推到边上的洞里（记得有一个洞就要推一块石头）。工夫不负有心人，继续前进………
出山洞后再走不远就到了グレンじま镇，镇上有个研究所，把化石给他们，就可以得到化石妖怪。会馆进不去………，先去找ボケモンやしも找钥匙吧。ボケモンやしも的门需要按石像上的机关才会开，不过有些看了，有些则关闭。在第3层必须从右下角左边的断层跳到第2层，不然是找不到路的。在地下室找到了会馆的钥匙，这下可以挑战会馆了。
会馆里全是火系的妖怪，用水系再好不过。馆主的王牌是风速狗，实力算是比较强的，不过用水系轻松应付。刚出会馆门口就被快艇接到了新地图。
从第一座小岛往上走来到温泉山洞，里面的老爷爷会给主角06号秘传机作用是击碎岩石。渡过海往上走可以来到ともしびやま山。山上石头好多啊，推的砸的都有。进入山洞后一条路往前走，出洞后往上走不久就可以遇见传说中的火焰鸟，就此一个抓吧！（另外电光鸟和急冻鸟分别是发电站和双子岛，具体在专题中会有怪物图鉴，这里不详细解说了，就一个字，抓！）。接着往第2个岛出发吧（要乘快艇去）。
在第2个岛上的一所房子里和某个大叔交谈时突然有人闯入（看不懂日文不知道发生了什么事T-T，触发一下剧情就可以了）。岛的最上房的房子里，主人会教主角的妖怪技能，非常厉害！一定要学啊。
来到第3个岛上，这里的暴走族似乎很多，还在PC边上闹事，稍稍教训他们一下就都溜掉了。继续前进，来到きのみのもり森林，在森林的最深处遇见一个小女孩和她交谈后突然兽到素力普的攻击（这个是野生的）。战斗胜利后自动回到第2个岛的那位大叔家，为了答谢主角某某功勋，把袋子（きのみぶくろ）给主角。这个袋子似乎是用来装种子之类的东西。然后回到第1座岛的PC就可以了。新岛的任务就次完结。
目前还省下トキワ村的会馆没有挑战，现在应该已经有资格了吧。没想到这个会馆的馆主竟然是火箭队的老大！他的妖怪比较杂，有尼多王和尼多后，以及三地鼠和铁甲暴龙，实力很强。打败他之后终于集齐了8枚徽章。
从トキワ村往左走。在路上又遇到了劲敌，不过主角现在的实力应该很强了吧，解决他应该不成问题。然后在23号道路上向警卫一一出示自己的徽章，通过之后便来到チャンピオンロード山洞。山洞内有些白色的机关，要用大石头压在上面打开道路。
出了山洞后，终于来到了セキエイこうげん，主角冒险的最终目标——四天王就在这里，作好一切准备后就去挑战吧！第一位天王是水系加冰系，第二位是岩石系加格斗系，第三位是幽灵系，最后一位是龙系。每一个都很难对付，不过只要准备好属性相克的妖怪就没问题了（50级以上是必须的）。将他们都打败后竟然要和自己的劲敌交手…………，这场冠军争夺战看来是无法避免了。他的实力非常强！妖怪的平均等级60级。不过我们的主角已经胜了他多次，又怎么会在这种关键时候败下阵来（实在打不过就继续修炼吧）。打败他之后博士宣告主角成为新的冠军，到次就算是游戏通关了，不过冒险并没有结束…………
按照惯例，通关后仍可以继续玩下去，而且只要捉到60种妖怪就可以到博士那里换386版的图鉴。然后来到四天王的地方想赚点外快（大家都有这个习惯吧），没想到不让进，说是一某个天王失踪了，没办法。
来到クチバ市，从这里的港口坐快艇可以到达新岛，在第一座岛上的PC屋内和博士谈话后，来到抓火焰鸟的岛上，在如口处回发现两个火箭队员，打败他们后进入山洞。在山洞有很多大石头挡道，必须将其推开（感觉在玩搬运工），在山洞的深出矗立着几块石板，上面写有奇怪的文字（不用去管他）。在下面一层发现了红宝石，拿到后回PC屋的博士那里，把红宝石交给博士后。但是据博士说，想让机器发动还需要蓝宝石，于是到港口坐快艇来到第4座小岛。
刚一踏上小岛，劲低又出现了，不过这次并没有和主角交手（识时务）。在岛上也有妖怪寄养所，而且可以养两只，放两只不同性别的妖怪后不久就可以生蛋。从小池塘上游过进入冰天雪地的山洞，不断的踏冰溜冰后终于得到了07号秘传机，这样就可以从瀑布逆流而上了。在山洞深处撞见冰天王被火箭队围攻，二话不说立刻冲上去解围。救出冰天王后来到码头座快艇去第5个小岛。
在第5个岛上干掉几个火箭队的杂碎，可以他们的基地进不去（门上那么大个R字，应该是吧）。到处逛逛发现没有特殊事件，还是坐快艇去第6座小岛吧。来到底6座小岛后往南走，在岛的最南边有一善大门，使用01号秘传机技能能将门砍碎（必须自己手动使用）。来到洞内后要选择正确方向的洞跳入，不然就只能回到第一层（上，左，右，下）。来到洞底发现蓝宝石，此时火箭队的研究人员突然出现抢走了蓝宝石。根据推测，他一定是逃回了第5座小岛的基地中，不过此时门还没有开。还上先去第7座小岛吧。
岛的北面有座塔，主角可以一层层的挑战，里面的训练员都非常强（同红蓝宝石中通关后的地方，不过自由度高了不少）。岛的东南边有一个遗迹，这里可以抓字母妖怪安农，为了完成图鉴慢慢抓吧。
现在回到第5座小岛上，发现火箭队的基地的门已经开了。基地里面到处都是转啊转的机关，头晕啊。不过多转转就能转到研究员那里，问他要回蓝宝石后回到第一座岛的博士那里，机器就可以正常运作了。这台机器可以和NGC通讯。
然后来到ハナダ市，顺着河流来到ハナダのどうくつ山洞，山洞深出终于找到了传说中的妖怪超梦，实力非常强，一定要抓住啊。
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详细攻略
主线剧情：
“喂，小孩，小心草丛！”这个声音的主人是大木博士。
正当少年R要独自出村，博士把他叫住了，并告知草丛里栖息着着野生的精灵，除非上边带着自己的精灵，不然会很危险……然后将少年带到了他的研究所。
故事就这么拉开了序幕，玩家所扮演的角色就是名叫R的少年(当然你也可以自己取名字),住在真新镇（マサラ）。随着博士到达研究所，同时遇上了博士的孙子，名字叫小茂的少年(当然也可以自己取名字，就起你的仇人的名字吧)。博士让你在他所拥有的三只精灵中任选一只相赠（三只精灵分别为：小火龙、杰尼龟、和妙蛙种子，均能有两次进化），选个你喜欢的吧。挑好后，小茂也选了一只（在属性上克你的），并向我提出挑战。作为开盘战，不是很难，就当先试试战斗系统吧。而后他离开，但这只是开场白，以后他有的烦你了。
辞别了博士，可以离镇了。果然如博士所言，草丛里确实藏有不少精灵，好好练一下级吧。很快便来到了常磐市（トキヮ），在商店里，从店主手里得到邮件。连忙赶回研究所将它交给博士，博士就会给你图鉴，于是菜单中多出一项图鉴，这意味着可以开始着手收集精灵的工作了。顺便再去一趟邻居小茂的家，拿到小镇地图（注意：此时不拿的话，以后就再不能拿了），可以正式出发了。
一路向北行进，一间大屋挡住了去路，只有通过常青森林才能找到出路。在森林里会首次遇上精灵训练师这种身份的人，而与之交战是可以得到经验值和金钱，而且精灵通过获取经验值才能升级和进化，所以千万不要错过。另外，这个森林有皮卡丘，喜欢的朋友就更不能错过哦^_^
走出了森林，发现已来到了日比市（ニビ）。这里建有一座博物馆，只要花50元就可以进去大开眼界一番。另外还有一间屋子标有GYM的记号，这就是道馆（道馆地图如图）。这里是训练家小刚，进去打败他，得到徽章的同时还得到34号技能机以示鼓励。之后和这个人（如图）说话，会给你跑鞋（按B可快跑）。此时市右的道路可以通行了，来到观月山下。洞门口有一间PC内会遇上一个卖鲤鱼王的，虽然以后可以通过其他方法得到，但人养的要比野生的长得快，但要多花500元，这是传说中的鲤鱼王，当前素质极差，攻击力不过10，但至20级后进化为暴鲤龙，攻击力非常强。
来至洞内，一方面战斗，一方面前进，虽有点累但收获不小。途中所得各宝物中有一个名为月之石的道具，能使某些精灵立即进化。在打败这里的考古学家后，他会让你从他身后两块古代物种化石（左面是镰刀盔，右面是菊石兽）中选一块。出了山洞，便是华蓝市（ハナダ）。不出所料，第二位首领小霞在此，上门去好好请教一番吧，打败后得到蓝色徽章（道馆地图如图）。市里开有一间自行车商店，不过绝对是买不起的，自行车得到的方法下文有述。沿着华蓝市一路北上，遇到了久违的小茂，不免又要“大动干戈”一番。这一路上还有许多训练师，打败他们后可以得到不少的经验值。过桥后来到海角的小屋（みさきのこゃ），见到了变成成怪物模样的正辉（マサキ）。交谈中得知他已造好一架机器来使他恢复人形。答应帮助他后（在电脑上按一下A），正辉成功地恢复人形走了出来。为表感谢，他送给你一张船票（很重要的道具），离开后回到华蓝市（ハナダ），发现右面屋门口的警卫让开了路，进去一看，屋内是一片狼籍。询问了主人后得知有一人来捣乱，而且又打破了墙逃走了。穿过那个墙洞，在屋后发现了一个形迹可疑的人，未谈几句就露出了真面目，于是教训了他，并从他身上“搜”出了28号技能机器。 一路往南看到了两间屋子，不过通往黄金市（ャマブキ）的路已被封锁，只能向下走，途经一饲育屋，里面有人帮你照顾精灵，但是不能繁殖……穿过右面的隧道，再经过一大片草地，到达枯叶村（クチバ）。村里某间屋内可得到对换券（ひきかぇけん），若回到华蓝市，向自行车店老板出示的话，会得到一部崭新的自行车，这样走路就省力多了。而村里另一间屋内则会得到钓杆，作用不用多说，使用方法则是现对水域使用道具“钓杆”。村里有一个港口，这下船票可以派上用场了。出示船票后来到一条豪华的游船上。船舱内的旅客有相当数量是精灵训练师，小心应付。如精灵的体力不足，可在入口右边数起第二个房间里恢复体力，另外在厨房的垃圾筒里可以找到三颗果实。在船长室门前的通道内再次碰到小茂，战斗结束后再去找船长。耐心听完他一番话后，很高兴地把他珍藏已久的01号秘传机器（切树）交给我。离开船上岸，船起航了。将此秘传机器给精灵装备上，便拥有了切树的能力。还记得村里有间GYM屋么，现在可以进去了。调查里面的垃圾筒，连续两个不同声音，就能把门的开关打开。这里的首领是用雷电系的精灵，打败他就得到徽章（道馆地图如图）。由于拥有切树能力，可去的地方很多。先去村右的地鼠山洞（ディグダのあな），穿过山洞发现有一小屋，若目前精灵图鉴拥有种类已达10种，便可从屋内人处得到05号密传机器（闪光）。再回到华蓝市，往右走，一路经过9号，10号路来到岩间隧道（イワャマトンネル）。洞内一片漆黑，那就来光吧。使用闪光，果然一片光明，视野也开阔多了，略费周折就可以出洞，到了紫苑镇。村民为悼念亡灵建造了一座ポケモン塔，现在由于无法使阻路的精灵现形，所以建议先不要急着上去。 从西面离开紫苑镇，在8号路发现了另一条地道（ちかつぅろ），并且通往玉虫市（タマムシ）。沿地道到达该市，此处有一间百货公司，可以购得许多重要道具，切记到楼顶去买饮料！三种都买，然后跟顶楼的人讲话，就会给你三不同的种技能机。另外注意一下百货大楼旁边的大厦，这栋大厦有后门，走后门进去到顶层可拿到NO.133伊布，使用水之石，雷之石，炎之石可以分别进化成三种精灵。拿到伊布后，再从前门进去，和里面的一位老奶奶对话，她就会给你一杯茶（非拿不可，否则剧情无法进行）。在PC下方的一间餐店，进去后和一个客人对话可以得到硬币盒，用于存放游戏代币，才可以到游戏中心玩小游戏。进入游戏中心，在柜台旁看到一名正在看墙上的画的精灵训练师。过去和他对话，就会发生战斗，打败他，他会逃跑。调查墙上那幅画，发现是个隐密的机关，开动后出现了一条通往地下的阶梯。顺着阶梯而下，打败多位训练师，最后在地下4层打败一位精灵训练师后再仔细盘问他，会乖乖地交出一把电梯钥匙（ェレベ—タのカギ）。来到电梯内，选择目的地地下4楼，出来后打败门卫，就见到了头目。一番较量之后，他会交出透视眼镜（シルフスコ—プ）。从秘密基地出来后，到GYM去挑战第4位首领吧（道馆地图如图）。这里的训练师用草系精灵，打败首领后得到徽章。之后赶快回紫苑镇，上精灵塔（ポケモン），在塔2楼又遇到了你的对手小茂，他又向你挑战……五楼有个可让精灵恢复体力的地方, 由于有了透视眼镜，楼顶的那个神秘的精灵就无所遁形，原来是嘎拉嘎拉（Lv30）。打败它之后救出一老人，与其交谈后回到他家中，为了答谢，会给你笛子（ポケモンのふえ），可唤醒沉睡的NO.143卡比兽(只有两只)。不过笛子也可以在精灵战斗中被催眠时使用，可唤醒它们。 离开紫苑镇向南走，一只贪睡的卡比兽躺在地上挡住去路，用笛子去吹醒它，这下它醒了，可也生气了，免不了乱斗一阵，顺便也收复它吧。
之后在路上一小屋内又得到一支好钓杆（すごぃっりざわ），比以前那把好用多了。一路来到石竹市（セキチク），第5位首领在此“恭侯多时”了。另外在GYM屋内有一个看不见的结界，只有沿紧靠右墙的路从他背后绕过去才能与之交战（道馆地图如图，已把看不见的墙标出）。如果拥有的ポケモン数量已达50种，则可去市外屋内二楼，会得到一宝物学习装置（かくしゅうそうち）。另外这里有狩猎场，花500块钱买入30个狩猎球（サファリボ－ル）去狩猎吧（600步限制）。这里的怪物都不错，值得一提的是水池里的迷你龙（ミニリェウ）别看现在弱得像“傻瓜”，待两次进化后包管你大吃一惊，绝对值得培养。还有不少其他精灵，是别处绝对没有的，用心捕捉，捕捉时共4项指令，其中エサ是喂饵，ぃし是拿石头砸，对不同怪物必须采取不同手段才能顺利捕到（例如迷你龙就得先喂一次饵再捕捉，包管手到擒来）。在狩猎区内找到一副金假牙（きんのぃれぼ），出来后把他交给PC右侧屋内的老爷爷，他会很感激地把04号秘传机器（かぃりき）交给你（作用：推动巨石），另外还能在狩猎场里拿到03号秘传机器（なみのり：冲浪）。在拿秘传机器04的屋子旁边那个屋子，可得到超级钓竿。
打败这里的道馆首领后回到玉虫市，往左走，唤醒卡比兽，将上方的树斩了，到左上角屋内可得02号密传机器（そらをとぶ），只有飞行系能装备（能去曾经去过的城市）。另外如果有30种PM，在此关卡2楼，可以得到守卫饭（战斗后得到多一些金钱）。往右出市，经过关卡，警卫说口渴想喝茶，于是将茶（从老奶奶手中得到的）交给警卫，这下他放行了，于是来到黄金市。和人们的谈话得知，这个城市已经被火箭队占领……市里有一座高11层的大厦，那里就是火箭队的基地。这幢大厦有很多传送装置，还有紧闭的门。利用那些传送装置，在5楼会找可以打开那些门到钥匙卡（カ－ドキ－）。在9楼左下方有个人会帮精灵恢复体力，这样就不用跑去PC屋了。最后在3楼的一个传送点，传送到7楼，再次与小茂交手，之后和旁边一个人对话，得到乘龙（Lv25）。再经过一个传送点，在楼顶见到火箭队的头目并与之交手，之后与屋内人交谈，可得大师球（マスタボ—ル）。出了大厦，第6个GYM门前已无人阻挡，这个道馆的首领用的是超能系，打败她同样得到徽章(道馆地图如图)。在GYM旁边还有另一间道馆，不过是假冒的，若有兴趣打败里面的首领，可以在两个格斗系的口袋妖怪中任选一个，左边是沙瓦郎，右边是艾比郎。
再次回到石竹市，从市南下水，一直游到双子岛，穿过岛上山洞。洞内机关须用精灵能力推动岩石（装备秘传机器04），使之落到最下层，等到2块都落下并阻住水流，就可以出洞了。另外洞内最深处还有一只急冻鸟，动一番脑筋争取捉到它！从山洞出来，继续往左游至红莲岛，第7位首领就在此。岛内的研究所，可将以前获得的化石（カセキ）或琥珀（コハク）交给一位科学家，他就会通过一系列高科技技术提取细胞培育出已经绝种的精灵，其中化石培育出的可进化。这里的GYM屋被锁上了，还是先去屋左的楼内找钥匙吧。那些雕像是用来控制门的开关的，反复摆弄，终于把钥匙弄到手了，可以进GYM屋了（道馆地图如图）。打败首领卡拉，得到徽章。刚迈出道馆大门，就被一个人叫住，然后被带到一艘船上，来到一个小岛（橘子群岛）。下转支线剧情攻略。
现在只剩下常磐道馆了，就回常磐市吧。现在可以有两个选择，一是从红莲岛出发，往北走水路回真新镇，再到常磐市；二是直接用飞行秘籍回去。至于哪个，随便选择。回到常磐市，进去GYM屋，首领就是火箭队的头目！不过这次他及其属下的实力确有提高，不可掉以轻心（道馆地图如图，未标出首领）。打败后别忘了再次交谈，而后他就……消失了？！
至此，已经打败了全部八位首领，但还不算完。从常磐市出发向西北方的精灵联盟（セカエイ）走，路上会遇上对手小茂，但他现在已不是我的对手了，轻松解决，嘻嘻。
到达宫殿后，向各卫兵依次亮出自己苦心战斗才获得的各枚徽章之后来到迷宫内。机关同样要推动岩石压住才行。出了迷宫，终于到达精灵联盟，在PC屋恢复体力之后，向四天王进军吧！注意，一旦踏进大门，就不能出来恢复体力了，所以建议多带一些恢复药之类的，当然，等级够高的话是不成问题的。不过如果你没有50级以上的实力，就关机重来吧，好好练级，等到实力大增，再去挑战。打败四天王后，就要和小茂进行最后一场冠军争夺战了。经过一阵天昏地暗的拼杀，终于打败了小茂。这时大木博士赶来，宣布我成为了新的冠军，并带我进入口袋殿堂，记录我所使用的精灵，之后就是大结局。
精灵联盟训练家列表：
天王1
lv52 白海狮
lv52 呆河马
lv54 乘龙
lv54 迷唇姐
lv51 铁甲贝
天王2
lv51 大岩蛇
lv53 艾比郎
lv56 怪力
lv53 沙瓦郎
lv54 大岩蛇
天王3
lv54 耿鬼
lv54 大嘴蝠
lv56 阿柏怪
lv58 耿鬼
lv53 鬼斯通
天王4
lv56 暴鲤龙
lv58化石翼龙
lv54 哈克龙
lv54 哈克龙
lv60 快龙
小茂
lv59 比雕
lv59铁甲暴龙
lv57 胡地
lv61 ?
lv59 ?
lv63 ?
后三只精灵会因应我方开始选择的精灵而出现影响
开始选：
a.小火龙 b.杰尼龟 c.妙娃种子 的话，小茂后三只就会分别对应是：
a.风速狗,椰蛋树,水箭龟
b.暴鲤龙,风速犬,妙娃花
c.椰蛋树,暴鲤龙,喷火龙
前三只则不变
支线剧情（新增剧情）：
打败第7个道馆的首领后，出道馆时会有一个人叫住你，要带你去一个岛屿……选定是后，他就会带你上船，然后去一个岛屿（记得带上会冲浪的精灵）。下船后来到PC屋里被告知岛上的电力出现问题，需要两块宝石来修复，所以现在是不能使用电脑的。
1号岛：在北部看见一个山洞，洞内有温泉，泡温泉可以恢复精灵的体力，而且上面的那个老爷爷还会给你6号秘传机器（碎石）。出来后继续往北走，发现一座山。走到山顶，出乎意料，山顶居然有一只火焰鸟（Lv50）！收复它然后回到1号岛的 PC恢复，接着坐船到2号岛。
2号岛：到了2号岛，发现一座特殊的房子（如图），进去之后有事件发生，主人家的小孩去3号岛采集至今未归家所以请求你帮助寻找。在这所特殊的房子左边的那个房子里，可以让精灵学习以前的招式，条件是两个小香菇，一个大香菇（可以从派拉斯身上获得），就和以前心灵鳞片一样。另外这个小岛的山顶上有个人可以教给精灵三种厉害的招式，别错过（只有主角精灵能学）。然后再坐船去3号岛。
3号岛：到了3号岛，看到单车党，单车党与居民发生冲突，后来与单车党交手。解决他们之后，居民为了答谢，送给我礼物！再往西北边走，看见一片树林，在树林里找到了小女孩，突然这时有一只Lv30的素利普跳了出来，打败它之后救出小女孩。把小女孩送回她家。他爸爸为表感谢，送了件礼物给我！再回到1号岛的大型PC里最后被人送回了红莲岛。
通关一遍，抓住超过60种精灵，然后去博士那里升级成386版图鉴，之后到港口坐船去第一个小岛的火焰山，右边有两个火箭队队员，打败他们进入山洞，在山洞中要使用秘传机04怪力推石头后才能到达深处，得到红宝石。回去在1号岛的PC把宝石给博士（如图），便得到船票，之后可以坐船去7个岛。
4号岛：在4号岛一下船就会遇见对手小茂，但说了几句就跑了……值得注意的是，在这个小岛可以养精灵（如图）^_^然后到商店旁边的屋子和里面的人对话，再用冲浪过右面的一个小湖，来到一个冰洞。注意，洞内有些地方需要踩冰，踩两次就会掉到下一层。另外还有滑冰，要利用冰块上的石头转换方向。洞里可以拿到秘传机器07（登瀑布），有个地方要使用登瀑布进去，之后可以遇见四天王之一—冰天王，旁边还有火箭队的人，与其谈话后会发生战斗，赢后会告诉你口令。得到冰天王的感谢后回到坐船那里，出发去5号岛。
5号岛：到达5号岛之后到左上方那里使用冲浪，下水后往左走，登陆之后和如图这个阿伯对话，他会给你一颗蛋（孵化出No.175波克比）。继续前进会到达一个小岛，上面有山洞，洞里边墙四面有洞，是个迷宫，迷宫可以拿5样东西!走法如下（每次都要回到门口才行）：
第1个道具：右-下
第2个道具：右-上-下-上
第3个道具：右-上-下-下-右-右
第4个道具：右-上-下-下-右-左-下-左
第5个道具：右-上-下-下-右-左-下-右-上
走到第5个时会遇到一个女孩，然后把你带回家，发生谈话。之后来到如图地方，和这个人说话，别忘记拿走下面的道具。然后回到岛上坐船去6号岛。
6号岛：到了6号岛，进入PC，就看见小茂。和岛上的人谈话得知，在小岛南面有一扇门无法打开，于是就来到门前。调查那扇门，会出现象形文字（如图），经过研究，知道可以用斩树使门打开。进门后，在最深处找到一块蓝宝石，这时候火箭队一研究员冲过来，把它抢走了……
为了追踪蓝宝石，于是返回5号岛。这时候就可以进入火箭队的研究所（如图），打败研究员后就可以夺回蓝宝石。过后带着蓝宝石回到1号岛的PC屋，将之交给博士。博士就会把通讯机器修理好，现在就可以和宝石版以及NGC的竞技场通讯了……剧情进行到这里，就可以进入超梦山洞了，不过先别着急，还是先坐船到7号岛。
7号岛：到达之后往上走，用冲浪，再往上走，上岸之后来到战斗塔。打过4层之后到顶和这个人对话，中途可以回到1层加血。南面的遗迹里可以捉到No.201安侬。
最后回到华蓝市，在左边山洞口挡路的人已经让开了，进入最深处捕捉超梦吧，有Lv70哦^_^
要到8、9号岛，一定需要神秘船票。或者输入金手指代码02031CF0:3a02，9号岛的；02031CF0:0002，8号岛的。两条金手指分别输入，切记，到达后一定要关闭金手指！
8号岛：这个小岛上有个山洞，沿着山洞的路进去，直到看到一分岔口。往左走，上楼梯，就可以看到一只凤凰（Lv70）；往右走，下楼梯，就可以看到一只洛奇亚（Lv70）。
9号岛：这个小岛除了一个谜题之外就没有任何东西了。你需要做的就是调查那个三角形样的东西，直到它变成红色，这个过程需要最短路程完成，否则就要重新开始。只要你走过去，碰最靠近你的那一边，就可以很容易地完成。当它变成红色的时候，小岛就会摇晃，No.386就会出现，收复它吧^_^
主线剧情：
“喂，小孩，小心草丛！”这个声音的主人是大木博士。
正当少年R要独自出村，博士把他叫住了，并告知草丛里栖息着着野生的精灵，除非上边带着自己的精灵，不然会很危险……然后将少年带到了他的研究所。
故事就这么拉开了序幕，玩家所扮演的角色就是名叫R的少年(当然你也可以自己取名字),住在真新镇（マサラ）。随着博士到达研究所，同时遇上了博士的孙子，名字叫小茂的少年(当然也可以自己取名字，就起你的仇人的名字吧)。博士让你在他所拥有的三只精灵中任选一只相赠（三只精灵分别为：小火龙、杰尼龟、和妙蛙种子，均能有两次进化），选个你喜欢的吧。挑好后，小茂也选了一只（在属性上克你的），并向我提出挑战。作为开盘战，不是很难，就当先试试战斗系统吧。而后他离开，但这只是开场白，以后他有的烦你了。
辞别了博士，可以离镇了。果然如博士所言，草丛里确实藏有不少精灵，好好练一下级吧。很快便来到了常磐市（トキヮ），在商店里，从店主手里得到邮件。连忙赶回研究所将它交给博士，博士就会给你图鉴，于是菜单中多出一项图鉴，这意味着可以开始着手收集精灵的工作了。顺便再去一趟邻居小茂的家，拿到小镇地图（注意：此时不拿的话，以后就再不能拿了），可以正式出发了。
一路向北行进，一间大屋挡住了去路，只有通过常青森林才能找到出路。在森林里会首次遇上精灵训练师这种身份的人，而与之交战是可以得到经验值和金钱，而且精灵通过获取经验值才能升级和进化，所以千万不要错过。另外，这个森林有皮卡丘，喜欢的朋友就更不能错过哦^_^
走出了森林，发现已来到了日比市（ニビ）。这里建有一座博物馆，只要花50元就可以进去大开眼界一番。另外还有一间屋子标有GYM的记号，这就是道馆（道馆地图如图）。这里是训练家小刚，进去打败他，得到徽章的同时还得到34号技能机以示鼓励。之后和这个人（如图）说话，会给你跑鞋（按B可快跑）。此时市右的道路可以通行了，来到观月山下。洞门口有一间PC内会遇上一个卖鲤鱼王的，虽然以后可以通过其他方法得到，但人养的要比野生的长得快，但要多花500元，这是传说中的鲤鱼王，当前素质极差，攻击力不过10，但至20级后进化为暴鲤龙，攻击力非常强。
来至洞内，一方面战斗，一方面前进，虽有点累但收获不小。途中所得各宝物中有一个名为月之石的道具，能使某些精灵立即进化。在打败这里的考古学家后，他会让你从他身后两块古代物种化石（左面是镰刀盔，右面是菊石兽）中选一块。出了山洞，便是华蓝市（ハナダ）。不出所料，第二位首领小霞在此，上门去好好请教一番吧，打败后得到蓝色徽章（道馆地图如图）。市里开有一间自行车商店，不过绝对是买不起的，自行车得到的方法下文有述。沿着华蓝市一路北上，遇到了久违的小茂，不免又要“大动干戈”一番。这一路上还有许多训练师，打败他们后可以得到不少的经验值。过桥后来到海角的小屋（みさきのこゃ），见到了变成成怪物模样的正辉（マサキ）。交谈中得知他已造好一架机器来使他恢复人形。答应帮助他后（在电脑上按一下A），正辉成功地恢复人形走了出来。为表感谢，他送给你一张船票（很重要的道具），离开后回到华蓝市（ハナダ），发现右面屋门口的警卫让开了路，进去一看，屋内是一片狼籍。询问了主人后得知有一人来捣乱，而且又打破了墙逃走了。穿过那个墙洞，在屋后发现了一个形迹可疑的人，未谈几句就露出了真面目，于是教训了他，并从他身上“搜”出了28号技能机器。 一路往南看到了两间屋子，不过通往黄金市（ャマブキ）的路已被封锁，只能向下走，途经一饲育屋，里面有人帮你照顾精灵，但是不能繁殖……穿过右面的隧道，再经过一大片草地，到达枯叶村（クチバ）。村里某间屋内可得到对换券（ひきかぇけん），若回到华蓝市，向自行车店老板出示的话，会得到一部崭新的自行车，这样走路就省力多了。而村里另一间屋内则会得到钓杆，作用不用多说，使用方法则是现对水域使用道具“钓杆”。村里有一个港口，这下船票可以派上用场了。出示船票后来到一条豪华的游船上。船舱内的旅客有相当数量是精灵训练师，小心应付。如精灵的体力不足，可在入口右边数起第二个房间里恢复体力，另外在厨房的垃圾筒里可以找到三颗果实。在船长室门前的通道内再次碰到小茂，战斗结束后再去找船长。耐心听完他一番话后，很高兴地把他珍藏已久的01号秘传机器（切树）交给我。离开船上岸，船起航了。将此秘传机器给精灵装备上，便拥有了切树的能力。还记得村里有间GYM屋么，现在可以进去了。调查里面的垃圾筒，连续两个不同声音，就能把门的开关打开。这里的首领是用雷电系的精灵，打败他就得到徽章（道馆地图如图）。由于拥有切树能力，可去的地方很多。先去村右的地鼠山洞（ディグダのあな），穿过山洞发现有一小屋，若目前精灵图鉴拥有种类已达10种，便可从屋内人处得到05号密传机器（闪光）。再回到华蓝市，往右走，一路经过9号，10号路来到岩间隧道（イワャマトンネル）。洞内一片漆黑，那就来光吧。使用闪光，果然一片光明，视野也开阔多了，略费周折就可以出洞，到了紫苑镇。村民为悼念亡灵建造了一座ポケモン塔，现在由于无法使阻路的精灵现形，所以建议先不要急着上去。 从西面离开紫苑镇，在8号路发现了另一条地道（ちかつぅろ），并且通往玉虫市（タマムシ）。沿地道到达该市，此处有一间百货公司，可以购得许多重要道具，切记到楼顶去买饮料！三种都买，然后跟顶楼的人讲话，就会给你三不同的种技能机。另外注意一下百货大楼旁边的大厦，这栋大厦有后门，走后门进去到顶层可拿到NO.133伊布，使用水之石，雷之石，炎之石可以分别进化成三种精灵。拿到伊布后，再从前门进去，和里面的一位老奶奶对话，她就会给你一杯茶（非拿不可，否则剧情无法进行）。在PC下方的一间餐店，进去后和一个客人对话可以得到硬币盒，用于存放游戏代币，才可以到游戏中心玩小游戏。进入游戏中心，在柜台旁看到一名正在看墙上的画的精灵训练师。过去和他对话，就会发生战斗，打败他，他会逃跑。调查墙上那幅画，发现是个隐密的机关，开动后出现了一条通往地下的阶梯。顺着阶梯而下，打败多位训练师，最后在地下4层打败一位精灵训练师后再仔细盘问他，会乖乖地交出一把电梯钥匙（ェレベ—タのカギ）。来到电梯内，选择目的地地下4楼，出来后打败门卫，就见到了头目。一番较量之后，他会交出透视眼镜（シルフスコ—プ）。从秘密基地出来后，到GYM去挑战第4位首领吧（道馆地图如图）。这里的训练师用草系精灵，打败首领后得到徽章。之后赶快回紫苑镇，上精灵塔（ポケモン），在塔2楼又遇到了你的对手小茂，他又向你挑战……五楼有个可让精灵恢复体力的地方, 由于有了透视眼镜，楼顶的那个神秘的精灵就无所遁形，原来是嘎拉嘎拉（Lv30）。打败它之后救出一老人，与其交谈后回到他家中，为了答谢，会给你笛子（ポケモンのふえ），可唤醒沉睡的NO.143卡比兽(只有两只)。不过笛子也可以在精灵战斗中被催眠时使用，可唤醒它们。 离开紫苑镇向南走，一只贪睡的卡比兽躺在地上挡住去路，用笛子去吹醒它，这下它醒了，可也生气了，免不了乱斗一阵，顺便也收复它吧。
之后在路上一小屋内又得到一支好钓杆（すごぃっりざわ），比以前那把好用多了。一路来到石竹市（セキチク），第5位首领在此“恭侯多时”了。另外在GYM屋内有一个看不见的结界，只有沿紧靠右墙的路从他背后绕过去才能与之交战（道馆地图如图，已把看不见的墙标出）。如果拥有的ポケモン数量已达50种，则可去市外屋内二楼，会得到一宝物学习装置（かくしゅうそうち）。另外这里有狩猎场，花500块钱买入30个狩猎球（サファリボ－ル）去狩猎吧（600步限制）。这里的怪物都不错，值得一提的是水池里的迷你龙（ミニリェウ）别看现在弱得像“傻瓜”，待两次进化后包管你大吃一惊，绝对值得培养。还有不少其他精灵，是别处绝对没有的，用心捕捉，捕捉时共4项指令，其中エサ是喂饵，ぃし是拿石头砸，对不同怪物必须采取不同手段才能顺利捕到（例如迷你龙就得先喂一次饵再捕捉，包管手到擒来）。在狩猎区内找到一副金假牙（きんのぃれぼ），出来后把他交给PC右侧屋内的老爷爷，他会很感激地把04号秘传机器（かぃりき）交给你（作用：推动巨石），另外还能在狩猎场里拿到03号秘传机器（なみのり：冲浪）。在拿秘传机器04的屋子旁边那个屋子，可得到超级钓竿。
打败这里的道馆首领后回到玉虫市，往左走，唤醒卡比兽，将上方的树斩了，到左上角屋内可得02号密传机器（そらをとぶ），只有飞行系能装备（能去曾经去过的城市）。另外如果有30种PM，在此关卡2楼，可以得到守卫饭（战斗后得到多一些金钱）。往右出市，经过关卡，警卫说口渴想喝茶，于是将茶（从老奶奶手中得到的）交给警卫，这下他放行了，于是来到黄金市。和人们的谈话得知，这个城市已经被火箭队占领……市里有一座高11层的大厦，那里就是火箭队的基地。这幢大厦有很多传送装置，还有紧闭的门。利用那些传送装置，在5楼会找可以打开那些门到钥匙卡（カ－ドキ－）。在9楼左下方有个人会帮精灵恢复体力，这样就不用跑去PC屋了。最后在3楼的一个传送点，传送到7楼，再次与小茂交手，之后和旁边一个人对话，得到乘龙（Lv25）。再经过一个传送点，在楼顶见到火箭队的头目并与之交手，之后与屋内人交谈，可得大师球（マスタボ—ル）。出了大厦，第6个GYM门前已无人阻挡，这个道馆的首领用的是超能系，打败她同样得到徽章(道馆地图如图)。在GYM旁边还有另一间道馆，不过是假冒的，若有兴趣打败里面的首领，可以在两个格斗系的口袋妖怪中任选一个，左边是沙瓦郎，右边是艾比郎。
再次回到石竹市，从市南下水，一直游到双子岛，穿过岛上山洞。洞内机关须用精灵能力推动岩石（装备秘传机器04），使之落到最下层，等到2块都落下并阻住水流，就可以出洞了。另外洞内最深处还有一只急冻鸟，动一番脑筋争取捉到它！从山洞出来，继续往左游至红莲岛，第7位首领就在此。岛内的研究所，可将以前获得的化石（カセキ）或琥珀（コハク）交给一位科学家，他就会通过一系列高科技技术提取细胞培育出已经绝种的精灵，其中化石培育出的可进化。这里的GYM屋被锁上了，还是先去屋左的楼内找钥匙吧。那些雕像是用来控制门的开关的，反复摆弄，终于把钥匙弄到手了，可以进GYM屋了（道馆地图如图）。打败首领卡拉，得到徽章。刚迈出道馆大门，就被一个人叫住，然后被带到一艘船上，来到一个小岛（橘子群岛）。下转支线剧情攻略。
现在只剩下常磐道馆了，就回常磐市吧。现在可以有两个选择，一是从红莲岛出发，往北走水路回真新镇，再到常磐市；二是直接用飞行秘籍回去。至于哪个，随便选择。回到常磐市，进去GYM屋，首领就是火箭队的头目！不过这次他及其属下的实力确有提高，不可掉以轻心（道馆地图如图，未标出首领）。打败后别忘了再次交谈，而后他就……消失了？！
至此，已经打败了全部八位首领，但还不算完。从常磐市出发向西北方的精灵联盟（セカエイ）走，路上会遇上对手小茂，但他现在已不是我的对手了，轻松解决，嘻嘻。
到达宫殿后，向各卫兵依次亮出自己苦心战斗才获得的各枚徽章之后来到迷宫内。机关同样要推动岩石压住才行。出了迷宫，终于到达精灵联盟，在PC屋恢复体力之后，向四天王进军吧！注意，一旦踏进大门，就不能出来恢复体力了，所以建议多带一些恢复药之类的，当然，等级够高的话是不成问题的。不过如果你没有50级以上的实力，就关机重来吧，好好练级，等到实力大增，再去挑战。打败四天王后，就要和小茂进行最后一场冠军争夺战了。经过一阵天昏地暗的拼杀，终于打败了小茂。这时大木博士赶来，宣布我成为了新的冠军，并带我进入口袋殿堂，记录我所使用的精灵，之后就是大结局。
精灵联盟训练家列表：
天王1
lv52 白海狮
lv52 呆河马
lv54 乘龙
lv54 迷唇姐
lv51 铁甲贝
天王2
lv51 大岩蛇
lv53 艾比郎
lv56 怪力
lv53 沙瓦郎
lv54 大岩蛇
天王3
lv54 耿鬼
lv54 大嘴蝠
lv56 阿柏怪
lv58 耿鬼
lv53 鬼斯通
天王4
lv56 暴鲤龙
lv58化石翼龙
lv54 哈克龙
lv54 哈克龙
lv60 快龙
小茂
lv59 比雕
lv59铁甲暴龙
lv57 胡地
lv61 ?
lv59 ?
lv63 ?
后三只精灵会因应我方开始选择的精灵而出现影响
开始选：
a.小火龙 b.杰尼龟 c.妙娃种子 的话，小茂后三只就会分别对应是：
a.风速狗,椰蛋树,水箭龟
b.暴鲤龙,风速犬,妙娃花
c.椰蛋树,暴鲤龙,喷火龙
前三只则不变
支线剧情（新增剧情）：
打败第7个道馆的首领后，出道馆时会有一个人叫住你，要带你去一个岛屿……选定是后，他就会带你上船，然后去一个岛屿（记得带上会冲浪的精灵）。下船后来到PC屋里被告知岛上的电力出现问题，需要两块宝石来修复，所以现在是不能使用电脑的。
1号岛：在北部看见一个山洞，洞内有温泉，泡温泉可以恢复精灵的体力，而且上面的那个老爷爷还会给你6号秘传机器（碎石）。出来后继续往北走，发现一座山。走到山顶，出乎意料，山顶居然有一只火焰鸟（Lv50）！收复它然后回到1号岛的 PC恢复，接着坐船到2号岛。
2号岛：到了2号岛，发现一座特殊的房子（如图），进去之后有事件发生，主人家的小孩去3号岛采集至今未归家所以请求你帮助寻找。在这所特殊的房子左边的那个房子里，可以让精灵学习以前的招式，条件是两个小香菇，一个大香菇（可以从派拉斯身上获得），就和以前心灵鳞片一样。另外这个小岛的山顶上有个人可以教给精灵三种厉害的招式，别错过（只有主角精灵能学）。然后再坐船去3号岛。
3号岛：到了3号岛，看到单车党，单车党与居民发生冲突，后来与单车党交手。解决他们之后，居民为了答谢，送给我礼物！再往西北边走，看见一片树林，在树林里找到了小女孩，突然这时有一只Lv30的素利普跳了出来，打败它之后救出小女孩。把小女孩送回她家。他爸爸为表感谢，送了件礼物给我！再回到1号岛的大型PC里最后被人送回了红莲岛。
通关一遍，抓住超过60种精灵，然后去博士那里升级成386版图鉴，之后到港口坐船去第一个小岛的火焰山，右边有两个火箭队队员，打败他们进入山洞，在山洞中要使用秘传机04怪力推石头后才能到达深处，得到红宝石。回去在1号岛的PC把宝石给博士（如图），便得到船票，之后可以坐船去7个岛。
4号岛：在4号岛一下船就会遇见对手小茂，但说了几句就跑了……值得注意的是，在这个小岛可以养精灵（如图）^_^然后到商店旁边的屋子和里面的人对话，再用冲浪过右面的一个小湖，来到一个冰洞。注意，洞内有些地方需要踩冰，踩两次就会掉到下一层。另外还有滑冰，要利用冰块上的石头转换方向。洞里可以拿到秘传机器07（登瀑布），有个地方要使用登瀑布进去，之后可以遇见四天王之一—冰天王，旁边还有火箭队的人，与其谈话后会发生战斗，赢后会告诉你口令。得到冰天王的感谢后回到坐船那里，出发去5号岛。
5号岛：到达5号岛之后到左上方那里使用冲浪，下水后往左走，登陆之后和如图这个阿伯对话，他会给你一颗蛋（孵化出No.175波克比）。继续前进会到达一个小岛，上面有山洞，洞里边墙四面有洞，是个迷宫，迷宫可以拿5样东西!走法如下（每次都要回到门口才行）：
第1个道具：右-下
第2个道具：右-上-下-上
第3个道具：右-上-下-下-右-右
第4个道具：右-上-下-下-右-左-下-左
第5个道具：右-上-下-下-右-左-下-右-上
走到第5个时会遇到一个女孩，然后把你带回家，发生谈话。之后来到如图地方，和这个人说话，别忘记拿走下面的道具。然后回到岛上坐船去6号岛。
6号岛：到了6号岛，进入PC，就看见小茂。和岛上的人谈话得知，在小岛南面有一扇门无法打开，于是就来到门前。调查那扇门，会出现象形文字（如图），经过研究，知道可以用斩树使门打开。进门后，在最深处找到一块蓝宝石，这时候火箭队一研究员冲过来，把它抢走了……
为了追踪蓝宝石，于是返回5号岛。这时候就可以进入火箭队的研究所（如图），打败研究员后就可以夺回蓝宝石。过后带着蓝宝石回到1号岛的PC屋，将之交给博士。博士就会把通讯机器修理好，现在就可以和宝石版以及NGC的竞技场通讯了……剧情进行到这里，就可以进入超梦山洞了，不过先别着急，还是先坐船到7号岛。
7号岛：到达之后往上走，用冲浪，再往上走，上岸之后来到战斗塔。打过4层之后到顶和这个人对话，中途可以回到1层加血。南面的遗迹里可以捉到No.201安侬。
最后回到华蓝市，在左边山洞口挡路的人已经让开了，进入最深处捕捉超梦吧，有Lv70哦^_^
要到8、9号岛，一定需要神秘船票。或者输入金手指代码02031CF0:3a02，9号岛的；02031CF0:0002，8号岛的。两条金手指分别输入，切记，到达后一定要关闭金手指！
8号岛：这个小岛上有个山洞，沿着山洞的路进去，直到看到一分岔口。往左走，上楼梯，就可以看到一只凤凰（Lv70）；往右走，下楼梯，就可以看到一只洛奇亚（Lv70）。
9号岛：这个小岛除了一个谜题之外就没有任何东西了。你需要做的就是调查那个三角形样的东西，直到它变成红色，这个过程需要最短路程完成，否则就要重新开始。只要你走过去，碰最靠近你的那一边，就可以很容易地完成。当它变成红色的时候，小岛就会摇晃，No.386就会出现，收复它吧^_^
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