Question

转录组测序基因对比时，对于一段与某个基因很相似的序列，怎样确定是原基因的不同转录本还是另外一个新的基因？

Answer 1

问：转录组测序基因对比时，对于一段与某个基因很相似的序列，怎样确定是原基因的不同转录本还是另外一个新的基因？

答：亲，您好转录组测序基因对比时，对于一段与某个基因很相似的序列，怎样确定是原基因的不同转录本还是另外一个新的基因，转录组学，是一门在整体水平上研究细胞中所有基因转录及转录调控规律的学科。转录组学的研究对象包括mRNA和非编码RNA等。新一代高通量测序技术可以全面快速地获得特定细胞或组织在某一个状态下几乎所有转录本的序列信息和表达信息，从而准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记（SNPs或SSR）等生命科学的重要问题。

答：基因表达谱测序是直接对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序，可以用来研究基因的表达差异情况。该技术结合了转录组测序建库的实验方法，与转录组测序相比，基因表达谱测序要求的读长更短，测序通量更小，但仅可用于基因表达差异的研究。

答：是有参考基因组的还是de novo的结果，如果有参考基因组的，那么可以通过这个基因名称在注释结果中查找是否有这个基因，序列信息需要在参考基因组中查找，如果是没有参考基因组的，那么拼接结果是一个fasta格式的文件,可以用blast软件进行比对。