Question

进化树序列的取舍

Answer 1

问：进化树序列的取舍

答：结构进化树随着X-ray、NMR等实验技术的的进步，蛋白质结构数据的数量日益增多，结构精度也越来越高，使得结构比较更为可行。已经发现许多蛋白的一级序列差异很大，难以通过序列比对进行分子进化的研究，但它们的空间拓扑结构仍然很相似，可以进行结构叠合比较、分析它们之间的进化关系，这表明结构比较可以比序列比较获得更多更精确的结构信息。研究发现蛋白质结构比序列的保守性更强，进化过程中蛋白质序列可能发生变化，但它的折叠模式更为保守，即使是70%的序列发生变化，它的折叠模式也不会有很大的改变。蛋白质分子的结构比较与蛋白质一级序列比较法相比，具有更高的优越性。有关蛋白质结构比较的研究方法很多，主要有刚体结构叠合比较、多特征的结构比较等方法。前者用比较后确定的拓扑等价位点的个数或等价位点Cα原子距离的均方根值作为不同结构间差异性的量度(结构进化树);后者用蛋白质结构的多项特征如残基的物理特性、残基的空