神奇宝贝：决战时空之塔帝牙卢卡VS帕路奇犽VS达克莱伊的电影剧情
影片序幕中，一位名叫东尼欧的科学家正在阅读他曾祖父——一位著名建筑家——的日记。日记中说，两只神奇宝贝及其所在次元的碰撞、对抗将会带来混乱。这些写在纸上的预言、扭曲空间的帕路奇犽和掌控时间的帝牙卢卡的战斗同时出现，使得东尼奥实验室里的沙漏掉落并被打碎。
为了参加下一场神奇宝贝华丽大赛，小智、小光和小刚一行人正在前往白杨镇。但他们发现白杨镇在一座湖泊的正中央。这时，艾莉丝和她的小火猴同疲惫的他们打了招呼，并邀请他们一同搭乘热气球。艾莉丝是一名导游兼音乐系学生，会演奏草笛。在前往镇子的路上，两个次元的战斗仍在继续，并造成了大量气流冲击。艾莉丝之后载着他们来到了白杨镇。
艾莉丝带领他们来到了栖息着许多神奇宝贝的镇公园。小智一行人释放了所有神奇宝贝并让其自由活动，但紧接着便造成了混乱。神奇宝贝们一开始争吵，艾莉丝就用草笛吹奏了已故祖母教给她的乐曲，平复了它们的情绪。紧接着，一只艾路雷朵跳入了场景。艾莉丝猜测它感觉到了异常，与此同时，艾路雷朵示意小智一行跟随它。三人组换回了所有神奇宝贝并跟随
艾路雷朵，在一个有数个损毁台柱的小庙前停下。艾伯特男爵自洞穴中出现，并称这是由达克莱伊引起。达克莱伊的名字使得小智和小光感到疑惑，但小刚想起达克莱伊是会引起噩梦的神奇宝贝。就在这时，所有人都听到附近的灌木丛中有响声传出，艾伯特男爵随即命令大舌舔使用破坏死光攻击灌木丛。东尼奥尖叫一声摇晃着甩出了灌木丛。艾莉丝冲上前去为东尼奥疗伤。
东尼奥被介绍给小智三人认识。男爵借机跟艾莉丝接近并暗示两人终将成婚。在场的人均为这一幕所惊讶。艾莉丝严词拒绝并跑向东尼奥，郑重声明她喜欢的是后者。不一会儿，达克莱伊在花园中现身。男爵下令大舌舔对其攻击，被达克莱伊闪避后以黑洞反击。男爵的大舌舔闪避了攻击，但黑洞击中了小智，使其陷入了噩梦。噩梦中，帕路奇犽冲向小智并发动了攻击。小智刚刚意识到这是达克莱伊营造的梦境，达克莱伊便出现在了他面前，小智掏出了神奇宝贝球并扔了出去，但球凭空消失了。达克莱伊也随之不见，但皮卡丘出现在达克莱伊先前所在位置的身后，正要被深渊吞没。小智冲向皮卡丘，并试图救起它。失败后，二者一同落入了无尽深渊。小智随即被皮卡丘的电击唤醒。当夜，东尼欧成功获得了更多信息。他发现达克莱伊在多年前曾对艾莉丝的祖母敞开心扉，自此便留在了花园中。高迪也目睹了其间的部分事情。与此同时，艾伯特男爵与三位火箭队扮演的电视台记者见面，后者声称要拍摄男爵击败达克莱伊的纪录片。
次日凌晨，小智一行来到了时空之塔，与东尼欧见面并了解了更多信息。他们登上塔顶，并被介绍了解了塔的发声原理。在小智一行人刚离开时空之塔后，塔顶的半空中出现了一个空洞，随即消失。大量的冲击波扫过整个镇子。东尼欧决定对突然的能量爆发进行研究。之后，达克莱伊在庭院中再次现身并与小智发生了遭遇战。达克莱伊愤怒地将围攻它许多的神奇宝贝打入噩梦。回到东尼欧的实验室，在进行了更加深入的研究后，他发现这次爆发源自于传说中的神奇宝贝帕路奇犽因为一个未知的原因强行进入了他们的空间。小智和男爵追逐达克莱伊进入了一个幽暗的小巷，达克莱伊借机对男爵的大舌舔发动了正面攻击，并使其失去战斗能力。在此时，男爵突然变成了大舌舔。之后，许多鬼影一样的在先前陷入沉睡的神奇宝贝们在镇子里四处飘荡，使得情形愈发诡异。
在所有神奇宝贝均聚集在神奇宝贝中心，白杨镇被大量不可清除的浓雾笼罩。这使得所有尝试离开镇子的人和神奇宝贝都被逆转而再次进入小镇，并让他们无法逃离。男爵仍坚信这是达克莱伊一手造成。所有训练家在男爵的带领下围攻达克莱伊，但小智一行则听取了不相信这个观点东尼欧的建议，没有参加行动。由于达克莱伊救起过从悬崖上跌落的艾莉丝，东尼欧认为它是善良的。东尼欧讲起他们二人在花园中游玩时，艾莉丝被绊倒并从悬崖上摔下。东尼欧跑向艾莉丝，但达克莱伊的身影突然冲出，在救起艾莉丝的一瞬突然消失。听到这里，小智一行终于相信这场大混乱并不是达克莱伊造成。东尼欧解释时空的扭曲和精神化的神奇宝贝影像的出现是由于帕路奇犽侵入了领域而造成了多维度的干扰。当晚，东尼欧发现帕路奇犽正在塔顶休养。正在与男爵战斗的达克莱伊，转而决定攻击帕路奇犽。小智突然意识到达克莱伊曾试图在恶梦中对他透露两只传说中的神奇宝贝正在进行战斗的事实。
随着达克莱伊和帕路奇犽的战斗，帕路奇犽将小镇带入了自己的时空维度。但正当帕路奇犽想要攻击达克莱伊之时，帝牙卢卡出现并同时对二者发动了攻击。随着战斗的持续，小镇在空间中不断化为虚无。达克莱伊一直试图挡开两方，小镇中的人们借机疏散进入了花园。在东尼欧朗读日记中的一篇文章时，艾莉丝听到了“Oración”一词，这正是她先用草笛吹奏的歌曲。东尼欧指出“Oración能够平息最强烈的愤怒”。他们意识到他们必须利用塔上的乐器化解帝牙卢卡和帕路奇犽的世仇。
在发现音盘后，小智、小光、艾莉丝和东尼欧开始乘热气球赶往塔顶。在半空中，帝牙卢卡对站在气球和它之间的帕路奇犽发动了时之咆哮。帕路奇犽闪避了攻击，使得气球暴露在攻击之下。达克莱伊立即上前挡下了大量攻击。但在帝牙卢卡和帕路奇犽掠过气球时，严重破坏了气球，小智和小光二人只得步行登塔。帝牙卢卡和帕路奇犽的战斗仍在持续，双方都在积蓄力量，等待着发动最后一击。帝牙卢卡在积蓄力量发动时之咆哮，与此同时，帕路奇犽也在为释放亚空切裂做准备。两者在释放的同时，达克莱伊强行介入了碰撞并在身周形成了能量球体，试图阻挡攻击并吞噬、暂时固定住帝牙卢卡和帕路奇犽。因大舌舔的苏醒而恢复正常的男爵终于相信达克莱伊不是敌人。小智和小光在攀登高塔的过程中，看到达克莱伊的能量球在不断被削弱、缩小，使得帝牙卢卡和帕路奇犽挣脱了束缚。两只龙受够了达克莱伊的介入，同时从两侧发动了攻击。在失去防御力和能量的状况下，达克莱伊勇敢地挡下了毁灭性的一击，并在飘向上空的途中逐渐瓦解。所有人害怕的看着这一幕，他们深知随着达克莱伊的消亡，他们接下来同样会步前者的后尘。东尼欧随即承认，如果二龙的招牌技能再次发生碰撞，他们所在的纬度将会完全瓦解。
小智和小光最终到达了塔顶的乐器处，却发现电力供应中断了。小智的皮卡丘和小光的帕奇利兹全力释放电击，并成功让机器恢复了运转。歌声在小镇仅存的地方响起。在歌声中，时空之塔发出了耀眼的光芒。六座高塔被高迪隐藏的部分被完全展示了出来。紧接着，时空之塔开始生出巨大的金色羽翼。这些羽翼向下折叠并复原了小镇消逝的部分。歌声成功地平复了二龙的情绪，帕路奇犽的伤口也被治愈。帝牙卢卡飞离，帕路奇犽也使鸟语花香的白杨镇重归原状。
之后，众人哀悼着达克莱伊的消逝，并感谢了它的付出。小智和小光流下了眼泪，并认为他们再也不可能与达克莱伊重逢。随着他们的离开，小智突然停步并看到了断壁上的阴影。他和众人都回头看向悬崖。随后他们发现达克莱伊以英雄似的姿态站在时空之塔的塔顶。艾莉丝仅仅拥抱着东尼欧，不仅仅是他们，每个人都为达克莱伊的安然无恙而感到宽慰。众人看向凝视前方的达克莱伊，故事最终在激昂的歌曲声中结束。
片尾演出了一些后续的故事，例如小光参加的神奇宝贝华丽大赛。之后，帝牙卢卡在飞向它的目的地——下一场即将开始的战斗的发生地。小智、小光和小刚即将迎来他们的下一次冒险。
