全科信息系统中的云his与医院中原使用his系统区别为：使用架构不同、不同、使用成本不同。
一、使用架构不同
1、云his：云his采用B/S架构，通过电脑、手机上网访问网页进行使用。
2、his系统：his系统采用传统C/S架构，通过专门的客户端进行访问使用。
二、范围不同
1、云his：云his适用于中小医院，能管理医联体下属单位，诊所，社区卫生中心，卫生所这一类的医疗单位。
2、his系统：his系统只适合独立单机构的大型医院内部管理，不能管理医联体、连锁医院。
三、使用成本不同
1、云his：云his的使用成本低，软件免费只收维护服务费。
2、his系统：his系统的使用成本高，需要专门购买、维护费用。
全科信息系统是一套面向基层医疗机构（个体诊所、乡镇卫生院、村卫生站和城市社区卫生服务中心/站）和医学院校在校学生的综合应用系统。
系统分为两个版本：学校版和基层医疗机构版。
1.学校版：包含了BMJ最佳临床实践（Best Practice，以下简称BP）和Learning（在线学习）两大功能，以提升医学生的学习能力和临床思维；
2.基层医疗机构版：则在上述两种功能的基础上，特别将BP进行深度结构化，并提供医疗质量评价系统、中国版QOF、云端专家在线指导等功能，并以此来提高基层医生的诊疗质量。
BMJ最佳临床实践
BMJ最佳临床实践是基于循证医学的临床诊疗决策支持工具，旨在为医务工作者在临床诊疗和学习过程中即时提供精准、可信并及时更新的诊疗知识，以帮助他们做出最佳诊断、优化治疗方案、改善患者预后。
能给你带来什么？
帮助医务工作者：
1.优化诊疗流程
2.提高诊疗效率
3.减少临床差错
4.辅助继续医学教育
帮助医疗机构和卫生主管部门：
1.提高医疗质量
2.保障患者安全
3.降低医疗费用
四大特点
让您的临床诊疗决策更有效
1.以循证医学方法为基础
基于BMJ著名的临床证据数据库（BMJ Clinical Evidence），整合了来自全球的系统性和综合性证据、最佳指南及专家意见，由国际专家和编辑团队编写而成，通过严格的同行评审，并根据最新证据不断更新。
2.内容全面、简明、精确
涵盖80%以上人类常见疾病的诊疗知识，包括10000多种诊断方法、1000多个专题、3000项诊断性检测、6800多篇国际指南以及多样图片、语言简明、内容精确，适合临床工作和学习。
3.结构符合诊疗流程
结构按诊疗思维和流程设计，包含基础、预防、诊断、治疗和随访等各个诊疗关键环节和内容。
4.与中华医学会联合推出中文版
联合中华医学会经由1000多名临床专家以及医学译校专家共同努力，推出深度本地化的BP中文版。中文版在涵盖国际版全部内容的基础上，还添加了近200篇中国指南和100余篇专家共识链接，并邀请本地专家为核心专题进行评述。
他们都已经在使用了
●在美国，2009年至今，已经有超过100万医务人员使用美国版BP。
●在挪威，从2009年开始，全国医务工作者可以从国家数字医学图书馆查阅国际版BP。
●巴西卫生部于2013年引入BP，并翻译成葡萄牙语供全国医务人员使用。
●沙特阿拉伯卫生部也于2014年初为全国医疗机构和医务工作者订购了BP国际版。
●在中国，自2010年引进BP国际版以来，已有近20所一流医学院校和百余家教学医院使用。2016年，BMJ与中华医学会强强联手推出的中文版隆重上线后，短期内已有十几万医生使用。
除此之外，全科信息系统特别为基层医疗机构版本发展了以下多项功能：
为了能让基层医生更好的利用BP进行诊疗活动，全科信息系统将其进行了深度结构化，引导医生从症状出发建立诊断假设，再告诉医生怎么去提供证据（症状和检查）证明自己所选的诊断假设，直至最终确诊，可以有效防止误诊和漏诊，对于不能确诊的病人指引医生转诊到高级别综合医院。对确诊的病人，会按病人组别开出明确的治疗方案提供给医生参考，同时，系统还会引导医生在处方中增加自己的意见（药品或其他处置意见），对于这部分意见，系统会进行统计和大数据分析，然后，再由协会组织专家讨论判断。对于有价值的意见会增加到BP的标准治疗方案中去，这样持续本地化的治疗方案再加上BP每季度的定期更新可确保系统给出的治疗方案具有权威性。另外，如果是错误或无价值的意见，系统会提醒医生，以免医生再犯类似错误，这既可以帮助医生提高诊疗水平，又可以培养医学生的循证医学思维，训练规范的诊疗流程。
第二是基于BP标准治疗方案的医疗质量评价系统。在医生开处方时，系统自动推送BP的治疗方案给医生做参考。在医生开处方后，系统会自动扫描医生处方，识别和提示医生处方和BP标准治疗方案中的不一致的信息。对于不一致的信息，协会会组织专家团队会对此进行研究判断，认为错误或者没价值的内容会自动提醒医生，帮助医生提高诊疗能力。系统还会提示药物配伍禁忌和过敏反应，让医生学习用药方案的同时，保障用药安全。医疗质量评价系统可以帮助医院控制医疗质量，还可以帮助政府评价基层医生的临床能力，做为基层医生职称评审的工具。更重要的是系统可以识别处方中抗生素、辅助用药和营养用药，可以事前控制或事后审核大处方，帮助医保部门控费。
协会还借鉴英国国家初级医疗质量改进和考核激励机制（Quality and Outcomes Framework, 简称QOF），发展适合于中国的全科服务的、以结果为导向的质量控制系统和绩效考核标准：中国版QOF。这将成为能实质推动实施家庭医生签约服务最有效的管理工具，能有效激励基层全科医生开展家庭医生签约式服务激发其自主学习的动力。该系统以主要慢病及其危险因素为重点，通过强化服务，培养医生以预防为主、连续性健康管理的医学模式，通过实施QOF，早期控制疾病发展，减少患者住院，提高医生的整体医疗效果，也检验基层医生的能力。
全科信息系统不仅可以帮助基层医生快速提高临床诊疗水平，还支持各县（区）政府或某个医院构建以县（区）医院为中心的县域医联体。全科信息系统分为终端和云端两个部分。终端是基层医疗机构的医生，系统为其提供了包括BP、learning、医疗质量评价体系、云端专家在线指导应用模块，以提高他们的诊疗能力。
云端专家主要由医联体中心的县（区）医院医生组成。为了提高他们的诊疗能力，系统也在医院安装BP、医疗质量评价和learning等，使其具备充分实力来为终端的基层医生提供在线指导。当基层医生遇到处理不了的问题时，可以即时在系统中通过时间和专业两个维度找到云端的专家请教，在专家的指导下完成诊疗服务。而对于无法确诊、疑难杂症以及急、重症的患者就可以直接通过平台转诊给云端专家或县医院，同时，对需要回社区康复和护理的患者，县医院可通过平台转诊给基层医疗机构。这样一个上下转诊的闭环，将摆脱从前断崖式的疾病诊疗方式，从全周期来维护患者健康，并让患者在家门口也能获得高水平的诊疗服务。
利用全科信息系统构建县域医联体，整合多方资源，协调各方利益，以提高医联体内的医生的诊疗能力和医疗机构的服务能力为导向，构建起一个良性的区域医疗生态系统。这样一个健康的生态系统，不仅是实现90%的病不出县的基础，更是实现“健康中国”的有力保证。
怎么申请
云HIS是全新B/S架构的医院管理系统适应于局域网和互联网，支持移动医疗，实现HIS、LIS、PACS、EMR一体化，既适用于单个医院管理，也适用于医联体、连锁医院等多医院集团化统一管理、数据共享与统计分析，而原传统HIS是C/S局域网架构只适应于实现单个医院的内部管理，通过开发接口与三方LIS、集成，不支持医联体、连锁医院管理。
云HIS软件免费只收后期维护服务费，靠提高服务质量和不断改进产品获利。而原传统HIS主要靠第一次买软件获利，虽然后期服务费并不低于云HIS，但软件购买费一般已超过10年维护费，厂家相对一般不那么重视服务而重视新医院的拓展。
目前主要云HIS厂商：东华、坐标、一联维智、行心、尚医等，为不同规模医院提供云HIS服务。
