对于古代封建王朝下的文成武将，要想获得重要和升迁，必须要获得皇帝的认可和支持。就秦桧来说，陷害岳飞的第一个原因，就是希望获得宋高宗赵构的认可和重要。
由此，对于秦桧来说，在明白宋高宗这位皇帝的心意后，所以才敢于以“莫须有”的罪名来诬陷岳鹏举等抗金名将。《宋史·岳飞传》记载：狱之将上也，韩世忠不平，诣桧诘其实。桧曰：飞子云与张宪书虽不明，其事体莫须有。
就秦桧来说，只要获得了宋高宗赵构的支持，也即赵构想要处死岳飞，那么自己给岳飞按什么罪名并不重要。皇帝赵构前期重用岳飞是为了保护南宋的偏安，但岳飞走得太远，这就不符合宋高宗的意图了。
同时，秦桧之所以要陷害岳飞，也是因为后者触犯了赵构这位皇帝的大忌。岳飞个性刚强，不容易与人合作，并且容易说话得罪人。其中，最明显的是就是岳飞上书赵构，让他选定好储君，以此稳定臣心。
自古以来，武将参与储君的册立可谓皇帝的大忌，万一岳飞和未来的储君联手，这皇帝肯定是不安的。并且，岳飞还有未经赵构批准就将兵权交给张宪等轻率的行为。为了迎合皇帝的意愿，秦桧不仅要和岳飞站到对立面，而且要对岳飞下手。
最后，另一方面，众所周知，对于宋朝这一朝代，重文轻武，对于武将的限制较多，而对于文臣则比较重要。但是，岳飞等抗金武将的重要，显然是不符合秦桧等文臣的利益。在中国古代历史上，文臣和武将之间的矛盾长期存在，比如三国时期的周瑜和张昭，再比如春秋战国时期的蔺相如和廉颇等。
如果岳飞等人真的收复中原，其权力和地位自然大幅提升，此消彼长，这显然是对秦桧等文臣利益的削弱。
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秦桧原是北宋的大臣。徽、钦二帝被金兵抓到北方时，秦桧和他的妻子王氏也一起被俘。秦桧为人阴险，善于见风使舵，金太宗就派他在其弟挞懒部下做官。后来挞懒率领部队南侵，秦桧夫妻和婢女仆人居然“逃离”金军，赶到越州宋高宗的行宫。大臣们多怀疑他为金人的内奸，但宰相范宗尹与他素来有交情，便向高宗极力推荐。
宋高宗正想与金人议和，因此与秦桧一拍即合，立刻任命他为礼部尚书，不久又升任他为宰相兼枢密使。秦桧掌握了南宋王朝军政大权以后，便一心要同金人议和，把坚决抗金的岳飞看成心腹大患。他看到岳飞北伐即将成功，便大耍阴谋，百般破坏，假传圣旨命令岳飞停止追歼金兵。
秦桧将韩世忠、岳飞召回京城后，就让宋高宗封韩世忠为枢密使，岳飞为副枢密使，名义上是升了官，实际上是夺了他们的兵权。完颜兀术见状，便送密信给秦桧，说：“你朝夕向我大金求和，但岳飞却天天想用武力夺我中原。你一定要杀掉岳飞，我们才会同意议和。”秦桧也怕岳飞活着，自己最终没有好下场，于是就下决心要杀害岳飞。
右谏大夫万俟卨原来就忌恨岳飞，曾向秦桧说过岳飞许多坏话。秦桧就任命他做言官。万俟心领神会，立即向朝廷诬告岳飞，罗织了岳飞在金人进攻淮西时，拥兵不救，还要放弃山阳等等许多罪名。他们又唆使何铸、罗汝楫等官员先后上书弹劾。岳飞见群奸联手攻他，便连续上书请求辞职。
不久，岳飞改任两镇节度使。但秦桧还不肯罢休，他知道大将张俊与岳飞不和，就煽动张俊诬告岳飞的部将张宪阴谋兵变，策划归还岳飞兵权。宋高宗一听岳飞有兵变的危险，十分震怒。秦桧乘机将岳飞和他的儿子岳云、部将张宪抓进监狱。岳飞见使者来抓他，很坦然地笑笑说：“皇天后土，可表此心。”这时是公元1141年十月。
秦桧先命御史中丞何铸审讯。但何铸并未查出岳飞的罪证，让秦桧非常恼怒，就改命万俟负责审问。万俟也找不到岳飞的任何罪证，便捏造事实，谎称岳飞和岳云曾给张宪写信，张宪才用虚报军情的办法，促使朝廷恢复岳飞的兵权。他们又迫使岳飞的部将孙革等作证，诬陷岳飞。
直到年底，秦桧一伙绞尽脑汁，罗织罪名，也无法将岳飞定案。大理寺丞李若朴、何产犹，大理卿薛仁辅都认为岳飞无罪，但他们都被秦桧贬到外地去了。平民刘允生上书为岳飞伸冤，竟被处死。
韩世忠对岳飞案也抱不平，当面责问秦桧。秦桧无法回答，竟说：“岳飞和岳云写给张宪的信这件事，虽弄不清，但莫须有（或许是有的）。”
韩世忠气愤地回答：“莫须有三个字怎能使天下人心服！”
岁末那天，雪花纷飞。秦桧夫妻在东窗下取暖喝酒。秦桧一心要置岳飞于死地，但没有证据，怕引起公愤，因此心事重重。秦妻王氏便冷笑说：“缚虎容易放虎难。”秦桧这才下了决心，马上写了一张小纸条，命人将岳飞秘密杀害于狱中。岳云、张宪同时被害。奸臣夫妻，酿下了这起千古奇冤。
参考资料来源：百度百科-秦桧陷害忠良
参考资料来源：人民网-安立志：岳飞谥号“武穆”是刻意贬低
其实首先我觉得岳飞被害并不是秦桧的主意，而是他背后宋高宗的主意。这并不是为秦桧在洗脱罪名，秦桧是杀害岳飞的凶手之一，但是杀害岳飞的凶手其实还有宋高宗。试想一下，秦桧即便是胆子再大，他敢轻易地去动岳飞吗？后面肯定有人撑腰这是毋庸置疑的。
而至于他们为什么要陷害岳飞而不陷害韩世忠，我觉得主要有三个原因：第一，岳飞拥有私人军队；第二，岳飞想要迎回二帝；第三，岳飞干预立储。这三条都犯了宋高宗的大忌。
第一，岳飞拥有私人军队。其实并不能说是严格意义上的私人军队，但是宋朝的建立是很困难的，宋太祖赵匡胤在建立宋朝的时候害怕自己手底下的武将会像自己一样来一个“陈桥兵变”，所以宋太祖很忌惮武将，甚至让他们亲自交出手中的兵权。岳飞手底下的“岳家军”本来是朝廷的禁卫军，但是最后却被叫成了“岳家军”，宋高宗能不多想吗？
第二，岳飞想要迎回二帝。宋高宗的皇位来得本来就不是很顺利，要不是金人将他的哥哥和父亲抓到金国去囚禁起来了，也轮不到他做帝王了。如果岳飞真的直捣黄龙，迎回二帝，那么此时的宋高宗会怎么办？你是想要他退位吗？
第三，岳飞干预立储。立储在中国历史上是一件非常大的事情，君王一般都会选择自己信得过的大臣来商量，但是立储意味着君王即将离开人世。当岳飞在指手画脚想要立储的时候，宋高宗会不会想我还和年轻，这么早就立储是不是想我早点死！
秦桧的计谋被岳飞识破并迅速将此事告知了韩世忠， 韩世忠抢先一步向宋高宗解释整件事的原由，宋高宗得知实情后并没有怪罪韩世忠，秦桧的诡计没有得逞，心里别提多气了，心有怨念无处释放，就将所有的恨都转嫁到岳飞身上，分分钟想除掉岳飞。
在宋高宗眼里，韩世忠不但是他的左膀右臂，更是心腹之臣。苗刘兵变挟持了宋高宗，是韩世忠亲自出兵，将宋高宗从刀山火海中解救出来，宋高宗甚是欣慰，亲自将“忠勇”二字赐予韩世忠。宋高宗视为心腹，更视为恩人，也正是因这主仆情深，使得秦桧对韩世忠无可奈何。
