Question

中科院的博士和中科大的博士，哪个更好？二者有什么区别？

Answer 1

一楼的说法“中科院更倾向于实践研究，中科大相对更侧重基础理论研究”“中科院到企业和研究院所的较多，中科大到高校当教师和研究院所的比例较高”毫无根据
主要的区别有这几点：
中科大是中科院直属的大学，毕竟是一所学校，因此在科大读博，多少还是有一些学生的身份在其中的。而中科院读博更多的是从事科研工作，形象点说，就是“科研民工”（当然其实科大的博士也在一定程度上是“科研民工”，只是程度有区别罢了）
中科大，地处安徽省合肥市。中科院，就不好说地理位置了。中科院有N个研究所，要看你所选择的研究所在哪里了。相对北京上海等城市来说，合肥并不是一个非常发达的城市；而相对一些二线城市，合肥作为省会又相对较有利于发展，地理位置可考虑的因素之一。
平均水平来说，中科院（尤其是几个重要的研究所）更容易申请到科研项目，但是这不是绝对的。不同的专业，不同的研究所以及不同的老板（导师）的具体情况都不同。个人建议你在考拉中科院和中科大之间的选择之余，也多考虑对老板的选择，一个好的老板不仅有利于你的前途，也能让你读博的几年过得充实而愉快。
无论是科大还是中科院，都是侧重学术研究（包括理论也包括实验）的，而博士本身就是对于有意向想做科研或进入高校的人更合适的，学术型的博士学位更是如此。在读博期间参与的研究工作越多，往往越有可能从事科研工作。相反，一些在读博期间几乎不参与项目的博士更有可能进公司。当然世事无绝对，这只是一种趋势

Answer 2

二者的区别是：
中科院即中国科学院，是一个科研院所；中科大是中国科技大学，是一所高校；除了单位的差异，二者的专业方向和侧重也各有不同，中科院更倾向于实践研究，中科大相对更侧重基础理论研究；另外二者博士毕业生的分配方向也不同，中科院到企业和研究院所的较多，中科大到高校当教师和研究院所的比例较高，到企业的比例较少。
至于哪个更好，没有最好只有更好，好坏在于是否适合自己。知道了以上的差别，你自己就可以判断好坏了。