口袋妖怪终极红宝石·始源蓝宝石的特色系统
群聚对战（群れバトル）
群聚对战是在《口袋妖怪XY》中首次出现并受到好评的一种“一对多”的对战模式。在这种对战模式中，主角需要同时与5只野生神奇宝贝进行战斗。 与二对二对战不同，这种对战中成群出现的神奇宝贝往往是同一物种的，但也有可能出现来自同类设计或拥有相似共同点的神奇宝贝。 在《口袋妖怪终极红宝石·始源蓝宝石》中，群聚对战也可以发生在与NPC的对战中，能够同时和多个NPC对战。这些NPC成群出现，每个NPC只有一只神奇宝贝。 [群聚对战资料来源] 神奇宝贝华丽大赛（ポケモンコンテスト）
华丽大赛的参赛者需要自五个组别中选择一个：帅气、美丽、可爱、聪明、强壮。在旅程中，主人公会邂逅华丽大赛偶像ルチア，她会送给主人公在华丽大赛上穿着的衣装。 CoroCoro月刊9月号还介绍了在游戏中的口袋妖怪华丽大赛。口袋妖怪可以在华丽大赛上超进化，超进化后，观众的兴奋度会达到顶点。 华丽大赛分为四个等级：普通，超级，高级，大师级。若想参加下一等级的比赛，就必须获得上一等级同组别的缎带。 [华丽大赛资料来源] 能量方块组合（ポロックキット）
能量方块组合是玩家自露琪雅处收到的重要道具，借助能量方块组合，玩家可以制作能量方块。 在“可爱”组别的比赛中出场，可以使用“可爱”能量方块。也存在在达到特定条件的美丽度后升级进化的口袋妖怪。 [能量方块资料来源] 秘密基地（ひみつきち）
在拥有广阔的大地和海洋的丰缘地方，秘密基地的建造可谓得天独厚。秘密基地首度在口袋妖怪红蓝宝石版中登场。
超级秘密基地（スーパーひみつきち）
使用通信功能，在丰缘地方的某地，其他玩家的秘密基地便会出现。不断发现秘密，不断有着疯狂邂逅的另一个冒险——“超级秘密基地”。在超级秘密基地中，玩家可以设置迷宫、给访客添加陷阱、设立挑战规则、成为自己的道馆训练家。游戏可以通过3DS瞬间交错通讯机能分享超级秘密基地，也可以把超级秘密基地生成二维码分享给好友。在参观其他训练家的超级秘密基地后，玩家可以邀请其主人来到自己的秘密基地，并成为秘密伙伴。秘密伙伴之间可以分享家具，提升彼此孵蛋速度或提升口袋妖怪的等级。在其他玩家的超级秘密基地中还可以夺走秘密电脑旁的旗子，每日可以抢旗一次。收集越多的旗子就可以提升自己的秘密伙伴能力。 [秘密基地资料来源]
