Question

目前USB3.0接口在计算机上已普及，那为什么有的新台式机机箱还要去配备2.0端口呢？

Answer 1

USB3.0标准对USB2.0标准是100%向下兼容的。
所有的不兼容，均是由于不标准的USB实现导致的。包括但不限于接口造的奇葩（引脚长度和电阻为了省钱不按照标准来）、接口监测方式原始（比如检测供电上的电阻）、驱动写的奇葩（例如通过硬延迟来配置）、设备造的奇葩（例如供电电流过大后不能正常工作），之类的奇怪原因。
至于启动盘不认这种事情，你换个USB2.0的奇葩家的主控也是一个效果。说白了是安装盘没有内置驱动的结果。这是设备和软件的兼容性问题，并非标准和软件的兼容性问题。

既然不是因为兼容性，那么为什么保留USB2.0？
因为一个USB3.0接口的带宽可以提供十多个USB2.0接口所需的带宽，且需要USB2.0以上带宽的USB设备少之又少。比如键盘、鼠标、游戏摇杆、USB声卡、摄像头等外设，其实USB2.0速度都不见得用得上，如果只提供USB3.0的话它们就都得想方法共用一个接口了，而同样的带宽需求提供USB2.0的话它们全都各自可以用一个接口。