Question

MATLAB中HMM函数SEQ（观察序列的值）必须是正整数吗

Answer 1

O应该就是观察值的数据，data数据应该只能在1~O内变换，超过就会报错。有199个观察值时混淆矩阵自然是5*199（5为状态数），没啥矛盾的。
不知道你说的矛盾在哪！
如果数据是你最后描述的那样，我觉得可以用混合高斯隐马尔科夫模型来训练，而不是用离散的，因为离散的隐马尔科夫观察值太多，而中间有很多的观察值基本不会出现在数据里，对估算结果肯定会有影响。

Answer 2

需要查看一下这个函数的帮助文档。