Question

it was in the morning when he woke up为什么不是主语从句？

Answer 1

翻译：当他醒来时，（时间已经）是在早上/上午了。

主语从句必须是在整个（复合）句中充当主语。根据句意，你这句话的主语很明显是 it（it在句中经常可以指代时间、天气或温度等），又不是后面那个 when 从句。

所以说，该 when 从句只是一个时间状语从句，并不是主语从句。

Answer 2

这里面从句没有作主语，when he woke up只是在句子中状语，这是when引导的状语从句，when这里解释为当……的时候。前面it was in the morning 已经是完整的主系表结构，所以从句只能是状语。
明白了吗？