三体Ⅱ——黑暗森林（梗概）
叶文洁对于三体文明与地球文明接触后果的进一步认识，让她开始思考宇宙生命之间的关系和规律。一次她给女儿杨冬扫墓时，碰到了罗辑——他女儿的高中同学，一个聪明又悠哉的学者。她在与罗辑交谈中，把她对宇宙生命的研究——宇宙社会学告诉给了对方。而三体文明在和伊文斯的交流中对人类的认识加深时，也对自己的思想透明和人类的计谋之间的鸿沟产生恐惧.。之后，在政府对于地球三体组织完成围剿之后，各国也纷纷开始研制航空作战武器和军舰。然而三体文明的强大让包括军人在内的大量民众都生不起抵抗之心，逃跑主义情绪弥漫于世界；而三体文明处于对人类的阴谋和算计的畏惧，更坚定了占领地球并毁灭人类的企划... ...
故事回到主人公身上：罗辑在一次车祸中大难不死，被史强带往联合国参加了第十九次的行星防御理事会会议。 会议上宣布了面壁者计划——由于三体发射的质子计算机的监视，地球上的一切行为都被三体掌握；为了破局，地球人充分利用了三体人思维透明的特点且三体派出的质子计算机不能探知人心中所想的特点，在给予某些人超高的世界资源使用权的同时，让他们独立制订对抗三体的计划 。而罗辑被选中成为了四位面壁者之一。其余三位是泰勒——美国国防部的前任部长，拥有卓越的战略思想；雷迪亚兹——带领委内瑞拉崛起的现任总统；希恩斯——由于对于人脑研究的突出性研究获得物理、生物两项诺奖的杰出科学家。会议结束后，当罗辑离开会场时，出现了对他的又一次刺杀——原来地球三体组织并没有被彻底消灭。三体残部又和被他们视作“主”的三体世界重新取得联系，并针对地球组织的面壁者计划制订了对应的手段——破壁计划。他们为四位面壁者分别安排了四位破壁者。破壁者是研究出面壁者的心中所想，掌握他们的真实计划，从而让面壁计划破产。
在之后的日子里，军方仍然做出了一些努力：发掘已有科研储备的潜力，不断地对太空武器实现更新换代；建立政治部，让章北海，一位继承了父亲的忠诚和无畏并对战争的胜利有无限信心的将军去遏制军队中不断滋蔓的失败主义情绪；研制更先进的望远镜，以图更好的检测太空。同时，面壁者们都在进行着自己的行动。泰勒尝试建立一支航空力量，利用宏原子巨变的能量作为武器来战胜三体军队；雷迪亚兹想要通过研制2亿吨级当量以上的核弹来作为武器，作为抵御三体进攻的手段；希恩斯则是试图利用科技手段加速人脑的进化，使人类的智力突破智子的禁锢。在四位面壁者中，只有罗辑，做着和保卫地球毫无关系的事情——他用面壁者的权利，为他寻找他的梦中家园和假想情人。当他与和他假想情人完全相同的一个真实人类——庄颜相知相爱后，他更是把面壁者的使命抛之脑后，他用他的全部去呵护珍惜着眼前人。他在完成他自己的计划。此时，哈勃望远镜也发现了三体舰队航进的轨迹——三体舰队划过一片星际尘埃所造成的尾迹让人类完全证实了三体世界对地球的进攻行动。
面壁者与破壁者之间的较量还在持续着。而泰勒成为了第一个被看穿的面壁者。原来，他试图建立的是一支“必死队”——在地球上选择那些有奉献精神的人组成一支军队，先自我牺牲后成为灵魂的量子化状态，在使用宏原子武器，在无尽的岁月中与三体世界抗争。但在当他发现所谓的奉献精神早已为人类道德所抛弃时，他有一个更可怕的想法：他要宏原子武器摧毁整个太空舰队，哪怕舰队中有一小部分人有这种精神，他也能实现他的目标。然而，当这一切被解开后，他被人类世界所不容。万念俱灰之时，他选择结束自己的生命实现解脱。
泰勒的死亡对于罗辑的冲击无疑是巨大的，但随后发生的一件事更让他无法接受——庄颜原来是联合国的美人计，而且已经冬眠直到末日才会被苏醒——这一场爱只是一场用来振奋他斗志的计谋，即使庄颜对他的爱是真的。他又得知之所以选择他作为面壁者， 竟是因为三体怕他。 终于，他下定决心努力做一个真正的面壁者——因为他爱她。 他认真思索着叶文洁曾告诉她的宇宙社会学——这是他能想到的三体人会畏惧他的唯一原因。“第一，生存是文明的第一需要；第二，文明需要不断增长和扩张，但宇宙中的物质总量不会改变”、“猜疑链”、“技术爆炸” 这些关键词他反复地思考，突然之间，他明悟了—— 宇宙之中，文明的为了生存而进行的发展势必突破母星的容纳能力，当探寻到另一个生命星球的存在时，入侵一定发生。但是，由于星球之间的文明差距，他们在交流上的时间滞后性会极其明显，并直接导致沟通的失灵。因而出于保证自己生存的目的（当无法断定对方是否怀有好意时，只能做最坏的打算），这种扩张一定是武力扩张。并且由于星球文明的发展会在某一个不确定的时间点发生质的飞跃并且一路高歌猛进，所以无论两个文明之间的差距有多大，高级文明都无法保证在长距离的星际航行之后对方的文明程度不会超越自己 。随后，他也在行星防御理事会面壁者计划听证会上提交了自己的计划——先向宇宙发出一颗星球的位置信息看它会不会遭到毁灭。当逻辑的计划发出后，他在又一次的基因导弹的刺杀致病后，匆匆进入了冬眠。章北海也为了解决军事科技的停滞不前的问题，刺杀了技术骨干中的保守派，从而使星际航行技术实现更新换代。随后也为了未来的政治安全进入了冬眠。
之后，希恩斯的研究实现了重大突破——他可以通过某种手段给人赋予某种信念，无论这种信念所关的描述真实与否。而他，也自然的想到了解决失败主义的最佳途径——给军队以“地球必胜”的信念。但是同样的为人类道德的限制，只能在很小的范围里尝试。同时，雷迪亚兹也表明了自己的计划——在离太阳更近的水星上建立氢弹发射基地。然而，随后他的破壁者也出现了，带着对他计划的解析。原来雷迪亚兹想要通过氢弹的爆炸使水星减速，坠入太阳，形成螺旋形大气层。进而气流层会令太阳的行星都减速坠入太阳，产生连锁反应。彻底摧毁整个太阳系，用一种玉碎的气节和三体世界的希望同归于尽。这种计划让他和泰勒一样，受到了的全世界的敌视，最后死在了家乡人民的唾弃中。
当罗辑从冬眠中醒来的时候，人类文明早发展到了让人类自信到可以对抗三体入侵的程度。世界格局早已经大变天，国家概念成为历史，三大舰队成为真正的实权者；由于在早期牺牲环境式的发展地面早已经面目全非，人类建立了庞大的地下城；科学技术不断发展，各行各业的信息化高度发达，军用技术突飞猛进，航空舰队强大到人人都相信三体只能选择和谈。人类几乎发掘了现有科学储备的全部潜能，而所谓的面壁者计划，早已被视作历史荒唐。仅剩的两位面壁者罗辑和希恩斯在冬眠醒来后不久的一次舰队联席会议被撤去了面壁者之职，而就在此时，希恩斯的妻子公布了一个令人震惊的秘密——她只希恩斯的破壁人。她揭示了希恩斯的计划——希恩斯是一个彻头彻尾的失败主义者，他通过技术赋予人们的并不是必胜的信念，而是必败的信念。而现在，接受过这些信念的人有很多都加入了军队。一旦这些人在与三体世界的战争中倒戈，那将是一场大灾难。
章北海等一批旧时代政治工作者在苏醒后的第一个任务，就是进入三大舰队中监督舰长的行为，以防止他们就是植入了必败信念的人。而随后的事情让人惊诧不已——原来章北海就是一个始终都坚定如一的失败主义者。他之所以能有必胜的信心，那是因为他在掩饰他的必败的真实想法。而他在管理舰队的第一时间，就控制整个舰队驶离太阳系。他知道地球必败——即是是新时代的科技和军事力量也发让他燃起哪怕一丁点信心—— 所以他做了新时代的逃兵，也成为了新新时代的引航人。
大概在章北海航离太阳系时，地球人发现了三体的探测器在加速飞向地球。而信心满满的三大舰队全体出航，迫不及待的接触外星文明。然而，但接触到后这个被视作探测器的“水滴”时，才发现自己的天真和幼稚。三体世界发出的“水滴”是一个坚不可摧、速度无比的快、能量庞大的武器。它轻而易举的摧毁了整个地球舰队。只有两个发现不妙便早早逃离的战舰——原来，章北海的判断，是对的。水滴毁灭了舰队之后，又完全屏蔽了地球和太阳之间的信号，使失去了太阳这个信号放大器，没有了向外界发出信息的机会。做完这一切后，水滴飞向了地球。
舰队的失败让地球又一次陷入绝望和混乱。而此时，军方又宣布重启面壁者计划——因为被罗辑在旧时代的面壁者计划中公布了位置信息的那颗星球被毁灭的事实，地球终于发现了，罗辑又重新被任命为面壁者。而因为水滴对于太阳的封锁，他只能利用人民对于面壁者重新生出的信任，努力的平复民众的情绪，安定社会的秩序。最后，他只是领导了雪地工程——一项预警水滴逼近和一定程度攻击三体舰队的工程。
在太空中漂流的战舰，成为了真正的游民。但是由于逃离时消耗了大量的能量，使得提早面对到了能源短缺的问题。而罗辑的宇宙社会学中的两大规律和“猜疑链”此时体现了它的强大。舰队中的各个战舰之间都担心被对方消灭，因而，终于有一艘在犹豫和猜疑之后，发动了对对方的进攻。最终，只有一个战舰，带着其他战舰的物资，驶向了未知。
随着水滴离地球越来越近，罗辑也终于向智子表明了自己的真实计划——他利用雪地工程在太阳附近布置了足量的核弹，而引爆的装置和自己的生命联系。只要自己死去，核弹立马引爆，产生遮蔽太阳的星际尘埃，从而使太阳发生闪烁。在精心的安排下， 太阳闪烁中所包含的信息就是三体星球的位置信息。只要核弹引爆，三体世界就会暴露，那么三体世界会面临和地球一样的结果——被进攻，被灭亡。
在罗辑的威胁下，三体世界妥协了。地球建立了与三体世界的一种微妙平衡。而罗辑，也终于等到了庄颜的苏醒。
