圣保罗牌坊的前身圣保罗教堂,是天主教耶稣会士创立的圣保罗书院的附属部分。创建于1594年,结束于1762年,是远东和中国第一所西式大学,设有语法、人文、伦理和神学等系。学院培养了大批传教士,在日、中国大陆、越、泰、柬等地传教。是天主教传教士在远东传教的重要培训基地。在圣保罗牌楼的废墟下,安放着许多为信仰献出生命的烈士的遗体。圣保罗教堂曾是耶稣会士在澳门和远东最宏伟的教堂。1603年基本完工。教堂前墙(现在的圣保罗牌坊)的建造始于1608年,完成于1637年至1640年。前墙上的雕刻和雕像最终于1644年完成。