176集 与黑暗组织再次重逢(灰原篇)
剧情简介：在放学回家的路上，柯南和灰原发现了黑衣组织中金恩的车子，柯南在车上装了发信器和窃听器进行跟踪，但被金恩发现，他也因此察觉到灰原的存在。柯南和灰原根据窃听器听到的地址，来到金恩和匹斯可等人要进行杀人计划的杯户饭店，这里正举行电影导演的追悼会，在放映幻灯片期间，政客吞口重彦被杀。
177集 与黑暗组织再次重逢(柯南篇)
剧情简介：在吞口重彦被杀的瞬间柯南捡到了一条紫色的手帕，之后又发现了一个破碎的美术灯吊环，根据这两条线索柯南展开了调查，可没想到调查期间灰原却被不明人士带走，柯南以眼镜为媒介联系到灰原，得知她被关在了饭店内的一个酒窖里，柯南让灰原喝下老白干，这时，在饭店外面的柯南却看到了金恩，而在酒窖的灰原身体也正在发生变化。
178集 与黑暗组织再次重逢(解决篇)
剧情简介：金恩离开酒窖后，躲在烟囱中的灰原则依靠她变大的身体，爬到屋顶，然而刚给博士报完平安，她的身后就响起了枪声，原来在酒窖里的时候金恩就发现了她。而另一边，柯南也得知了杀害吞口重彦的凶手，也就是代号匹斯可的真实身份，在调查清楚灰原所在的位置后，柯南飞速赶到，就在金恩准备射杀灰原时，柯南向金恩发射了一枚麻醉针...
272集 急忙掩饰的忽略
剧情简介：柯南他们与正在公园找寻东西的高木刑事相遇。原来他在这里调解吵架后，不小心把遗失了警察手册。高木刑事调解的当事人之一是无名的歌手半崎，好象就住在公园附近。柯南他们分头找寻半崎，却不见他人影。正要放弃时半崎在公园里出现。柯南众人发现半崎的疑点，在侦查推理之后众人救下了显遭杀害的杉山。高木也找回了自己的警察手册。
339集 四台保时捷(后篇)
剧情简介：为了送灰原去看病的柯南和阿笠博士，在东都百货商店的地下停车场里遇到了杀人事件。被害者是和另三位拥有保时捷车的朋友打完高尔夫回去途中遇害的。目暮警官对这三个人进行了询问后发现三个人在案发时侯都有不在场证明。但是看到三个人的保时捷车内的照片后的柯南发现了事情的真相。借助园子，柯南向众人揭露了事件的真相。而两名神秘也似乎找到了灰原所在之处？！
340集 厕所里隐藏的秘密(前篇)
剧情简介：发烧的小哀醒过来发现阿笠博士倒在了电脑之前，正当小哀以为教授被黑衣人杀害的时候发现只是误会。之后柯南，小哀和阿笠博士去拜访了哀的父亲宫野博士的朋友出岛。他们认为他可能多少知道一点黑暗组织的以及哀父亲的行踪，但是出岛也已经30多年没和宫野博士碰头了。但是就是最近宫野博士女儿明美曾来拜访过，正当柯南，小哀寻找明美留在这里的物品时出岛却意外死亡！
341集 厕所里隐藏的秘密(后篇)
剧情简介：阿笠博士带着柯南和哀拜访了哀父亲的儿时的玩伴出岛。但就在这时出岛却被毒死！小哀担心可能是暗黑组织发现了姐姐留下的东西而杀人灭口，但柯南予以否定并道出了凶手利用厕所的抽纸而实行的杀人计划，而凶手正是设计所的设计员。案件解决后小哀终于拿到了姐姐留下的妈妈的遗物。另一方面黑衣人一伙似乎也有了新的行动。
345集~349集 与黑暗组织正面对决 满月之夜的双重推理特别篇
剧情简介：小五郎收到了一个署名Vermouth寄来的万圣节宴会邀请函，其中还附有一封奇怪的信件，而另一边，工藤新一也受到了同样的邀请，可其中的信件却是寄给柯南的，这或许与黑暗组织相关，虽然灰原极力阻止，但柯南依旧坚持前往。宴会当晚，各种“鬼怪”齐聚一堂，小五郎，园子以及木乃伊、美杜莎、狼人、钟楼怪人被分为一组...
425集 黑色组织的魔爪伸来的瞬间
剧情简介：在这期间柯南还遇到了茱蒂老师，他将自己窃听到黑衣组织计划在IDP的地方杀一个叫DJ的人的事告诉了她，茱蒂说今天下午水无将采访三个首次参加众议院选举的人，DJ一定就是其中之一，就在柯南焦头烂额的推理IDP在哪里时，茱蒂一句话提醒了他，于是他让博士驱车前往杯户公园，此时，水无已经开始了采访，柯南和茱蒂火速赶往现场，他们能阻止暗杀事件的发生吗？
465集 黑暗组织的影子 珍珠的流星
剧情简介：和叶的风车给了服部提示，同时柯南也知道了房屋血迹和尸体消失的手法，在否定小五郎异想天开的推测后，服部说出了真相并且指出在背后操作的人正是住持传久的师父，然而他这么做的目的到底是什么？了结了升岳寺案件后，小五郎连夜驱车返回住处，次日，服部要去参加日卖电视台在一座无人岛举办的高中生推理大赛，柯南也随他一同前往，没想竟然在这里遇见了白马探！
497集 红与黑的碰撞 觉醒
剧情简介：当晚，这名潜入医院的黑暗组织同伙南田陆道果然展开了行动，但同时FBI也暴露了行动，南田陆道在驱车逃跑的过程中举枪自尽，虽然柯南破坏了他的手机但他还是通过其他手段将搜集来的信息传给了组织。既然事情发展到这种地步，转院无疑就是在向黑暗组织昭示水无怜奈就在这里，所以只能另想对策。另一方面，英祐伺机潜入了水无怜奈的病房，并发现她早已从昏迷中苏醒。
500集 红与黑的碰撞 遗言
剧情简介：今恩将目标锁定，就在他们准备采取行动时，水无怜奈突然苏醒并将FBI驾驶员打晕逃回了黑暗组织。然而，这一切都是柯南和赤井秀一所设下的陷阱，柯南早就察觉到英祐在这家医院，并利用他将水无唤醒，之后柯南又戳破水无是CIA的谍报人员的真实身份...
501集 红与黑的碰撞 嫌疑
剧情简介：柯南在和阿笠博士，步美等人一起去酒店吃自助餐的时候，将事情的来龙去脉全部告诉了灰原，没过一会儿，高木警官赶来办案，柯南询问后得知这家酒店里的一家艺人事务所社长被人枪杀，在他的提醒下，警察抓到了三名有嫌疑作案的人，而其中一名竟然是FBI的搜查官卡梅隆，因为不能暴露身份，所以他接受侦讯时支支吾吾的表现更显可疑...
504集 红与黑的碰撞 殉职
剧情简介：警方仍然将嫌疑犯关在一起进行侦讯，期间秘书和英文补习班的老师暂时离开，就在他们离开后，柯南掌握到了关键线索，他让木暮警官准备四把椅子并对他们说一句“咒语”，到时候，凶手自然会露出马脚，到底是什么样的“咒语”？凶手又是这四名嫌疑人中的哪一个？与此同时，明知会有危险的赤井秀一还是按照水无怜奈所发的地址前去赴约。
177 黑暗组织的再会（柯南篇）
178 黑暗组织的再会（解决篇)（说出自己的组织成员身份）
272 急忙掩饰的忽略（后篇）（结尾处向Gin解释XXX的含意是吻）
279 迷宫的阴暗（前篇）（阿笠博士对柯南说克利斯·宾亚德曾在母亲葬礼出现）
339 4台保时捷（后篇）（找到sherry的下落）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）（窃听柯南与哀和阿笠博士等人的对话）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（到机场接卡尔瓦多斯）
345 与黑暗组织正面对决 满月之夜的双重推理（说出假扮新出医生，知道柯南、哀的真正身份，杀朱蒂、哀未遂，维护柯南和兰，向柯南承诺放弃追杀Sherry）
425 黑色组织的魔爪伸来的瞬间（处处维护毛利小五郎和柯南）
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星（询问目击基尔意外的男孩）
497 红与黑的碰撞 觉醒 （与Gin讨论救出基尔的计划）
500 红与黑的碰撞 遗言 (参与救出基尔的行动)
501 红与黑的碰撞 嫌疑 (与基尔可怕的对视,说她早就怀疑基尔了)
504 红与黑的碰撞 殉职（在最后说：“不需要两发 银色子弹 一发就足够了。”）
漆黑的追踪者 ：
扮成搜查课人员出席搜查会议，将搜查课内容发给BOSS，并帮助爱尔利修(Irish)变装成为松本警视，潜入搜查会议，隐晦地告知柯南搜查会议中有内奸，最后告诉琴酒爱尔利修被识破，末尾骑着摩托看到琴酒的直升机坠毁，夸赞柯南说“不愧是银色子弹，真有一手。”
以Sharon Vineyard <莎隆·温亚德>身份出场
286.工藤新一纽约事件（事件篇）（对兰说“天使不曾向我微笑”）
287.工藤新一纽约事件（推理篇）（与有希子道别）
288.工藤新一纽约事件（解决篇）（装成银发杀人魔，最尾处说出“我也遇到了天使”）
以新出医生身份出场
190.危命的复活 第三种选择（开始为贝尔摩德假扮）
191.危命的复活 黑衣骑士（发现新一没有死，也没有告诉组织）
230.神秘的乘客（前篇）（在巴士上为柯南挺身而出）
231.神秘的乘客（后篇）（叫柯南先到医院疗伤才录口供）
253.本厅刑事恋爱物语4(前篇)
254.本厅刑事恋爱物语4(后篇)（和柯南合作，帮助高木促成佐藤和白鸟的赌约）
274.幽灵屋的真相(前篇)（为兰治病）
338.4台保时捷（前篇）
339.4台保时捷（后篇）（正面看到哀，发现她就是sherry）
345.与黑暗组织正面对决 满月之夜的双重推理（说出第190集以来新出医生为贝尔摩德假扮）
176 黑暗组织的再会（灰原篇）（首次登场，案件嫌疑人之一）
177 黑暗组织的再会（柯南篇）
178 黑暗组织的再会（解决篇)（说出自己的组织成员身份）
272 急忙掩饰的忽略（后篇）（结尾处向Gin解释XXX的含意是吻）
279 迷宫的阴暗（前篇）（阿笠博士对柯南说克利斯·宾亚德曾在母亲葬礼出现）
339 4台保时捷（后篇）（找到sherry的下落）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）（窃听柯南与哀和阿笠博士等人的对话）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（到机场接卡尔瓦多斯）
345 与黑暗组织正面对决 满月之夜的双重推理（说出假扮新出医生，知道柯南、哀的真正身份，杀朱蒂、哀未遂，维护柯南和兰，向柯南承诺放弃追杀Sherry）
425 黑色组织的魔爪伸来的瞬间（处处维护毛利小五郎和柯南）
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星（询问目击基尔意外的男孩）
497 红与黑的碰撞 觉醒 （与Gin讨论救出基尔的计划）
500 红与黑的碰撞 遗言 (参与救出基尔的行动)
501 红与黑的碰撞 嫌疑 (与基尔可怕的对视,说她早就怀疑基尔了)
504 红与黑的碰撞 殉职（在最后说：“不需要两发 银色子弹 一发就足够了。”）
漆黑的追踪者 ：
扮成搜查课人员出席搜查会议，将搜查课内容发给BOSS，并帮助爱尔利修(Irish)变装成为松本警视，潜入搜查会议，隐晦地告知柯南搜查会议中有内奸，最后告诉琴酒爱尔利修被识破，末尾骑着摩托看到琴酒的直升机坠毁，夸赞柯南说“不愧是银色子弹，真有一手。”
以Sharon Vineyard <莎隆·温亚德>身份出场
286.工藤新一纽约事件（事件篇）（对兰说“天使不曾向我微笑”）
287.工藤新一纽约事件（推理篇）（与有希子道别）
288.工藤新一纽约事件（解决篇）（装成银发杀人魔，最尾处说出“我也遇到了天使”）
以新出医生身份出场
190.危命的复活 第三种选择（开始为贝尔摩德假扮）
191.危命的复活 黑衣骑士（发现新一没有死，也没有告诉组织）
230.神秘的乘客（前篇）（在巴士上为柯南挺身而出）
231.神秘的乘客（后篇）（叫柯南先到医院疗伤才录口供）
253.本厅刑事恋爱物语4(前篇)
254.本厅刑事恋爱物语4(后篇)（和柯南合作，帮助高木促成佐藤和白鸟的赌约）
274.幽灵屋的真相(前篇)（为兰治病）
338.4台保时捷（前篇）
339.4台保时捷（后篇）（正面看到哀，发现她就是sherry）
345.与黑暗组织正面对决 满月之夜的双重推理（说出第190集以来新出医生为贝尔摩德假扮）
