1、性质不同
常染色质为染色质（由DNA、RNA和蛋白质组成）的一种松散聚集的形式，这种聚集方式在基因中大量存在，并且相应的片段通常处于活跃的转录当中（但并非必要，即常染色质部分不一定都是高表达的序列）。常染色质构成了细胞核基因组中表达最活跃的一部分。
异染色质指在细胞周期中具有固缩特性的染色体。
2、功能不同
常染色质区域的基因可以被转录为信使RNA。常染色质区域非折叠的结构允许基因调控蛋白和RNA聚合酶与其上的DNA序列结合，从而开启转录过程。在转录过程中，并非所有的常染色质都会被转录，但基本上非转录的部分会折叠为异染色质以保护暂时其上不用的基因。因此细胞的活性与细胞核中的常染色质数目有直接关系。
常染色质与异染色质之间的转换被认为是一种调控基因表达和复制的机制。这是基于“可访问性假设”，基因的转录与表达在紧密压缩的染色质中更难完成，需要另外的机制，因而聚集较为松散的常染色质区域上的基因更容易进行复制和转录过程，这样的结构对于一些处于高表达量的基因尤为重要。
一类经常处于活动的结构常染色质是编码一些细胞生存必需的蛋白的基因（又称管家基因，housekeeping genes）。
异染色质的功能：
结构型异染色质可以加强着丝点区，使着丝粒稳定，以确保染色体分离。可以隔离和保护重要基因（例如NOR区的18S和28S基因），防止或减少基因突变和交换。
促进物种分化，同源染色体可通过其异染色质区的重复序列在减数分裂时配对，这种配对能帮助染色体全长的联会。重复序列中可以容纳突变，进而形成新的不同重复序列，由此而促进物种的分化和形成。有利于非必要基因在生存竞争中被淘汰。
具有斑点位置效应，能导致常染色质异染色质化，使其中的基因表达受到抑制。异染色质可以从两个方面参与基因调控：通过一种与“异染色质化”有关的过程，使多数大片段的染色质结构关闭;通过稳定更多的已开放的染色质结构来避免其关闭结构状态的存在。
3、碱性染料反应不同
常染色质易被碱性染料染成浅色，或对福尔根反应呈弱阳性。异染色质易被碱性染料染成深色，或对福尔根反应呈阳性。
参考资料来源：百度百科-常染色质
参考资料来源：百度百科-异染色质
（1）两者结构上连续，化学性质上没有差异，只是核酸螺旋化程度(密度)不同。
（2）异染色质在间期的复制晚于常染色质。
（3）异染色质间期仍然高度螺旋化状态，紧密卷缩(异固缩), 而常染色质区处于松散状态，染色质密度较低。
（4）异染色质在遗传功能上是惰性的，一般不编码蛋白质，主要起维持染色体结构完整性的作用常染色质间期活跃表达，带有重要的遗传信息。
