Question

护照已过期失效，但日本签证还在有效期内怎么办

Answer 1

除了多次签证外，所有的长期单次签证一入境即失效，在留卡才是你的在留证件。
护照过期，可以向驻日使领馆申请换发新护照。不用管上面贴的签证，旧护照剪角会还给你。

Answer 2

换新护照的时候加注释就可以。
签证还有效。