求教perl大神,如何编写程序把拟南芥数据库中水稻基因组中29个SBP转录因子基因的序列下载下来,谢谢啊 50
2个回答
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首先拿到转录因子的基因ID,你既然说是29个我想你已经拿到这29个SBP基因的名字了吧。
然后上 msu的Rice网站 以及 拟南芥的TAIR网站 的ftp下载全体蛋白的序列。
具体:
ftp://ftp.plantbiology.msu.edu/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_7.0/all.dir/all.pep
和
ftp://ftp.plantbiology.msu.edu/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_7.0/all.dir/all.pep
然后根据名字自己提取,这个随便什么编程语言都可以做的。
然后上 msu的Rice网站 以及 拟南芥的TAIR网站 的ftp下载全体蛋白的序列。
具体:
ftp://ftp.plantbiology.msu.edu/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_7.0/all.dir/all.pep
和
ftp://ftp.plantbiology.msu.edu/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_7.0/all.dir/all.pep
然后根据名字自己提取,这个随便什么编程语言都可以做的。
追问
本人菜鸟一个,还不是太懂,能不能把具体的程序编码告诉我下,万分感激啊
追答
如果只有29个你手工搜索也就20分钟而已,何必编程呢。
记得搞个editplus或者ultraedit方便操作文本。
另外我不会perl语言。
研载生物科技(上海)有限公司_
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