最早的99式的参考了T-72,其底盘酷似一辆放大的T-72,T-72主战坦克V字形档弹板换装一座新型焊接炮塔,这是85-IIM以来中国新型坦克惯用的炮塔构型。与先前85/90式坦克相较,99式坦克外观最容易辨认之处,就是车头的V字形档弹板,此种设计先前见于俄罗斯T-72坦克,主要用于防止弹片沿着车头击中炮塔环。
之后的99式改进型与原始设计外型上的差异就是炮塔正面的附加装甲和取消了正面V字形档弹板;99式的主要量产工作都集中在第二次的改良构型,原始设计只是一种过渡型号。
99式改进型车的体正面与炮塔两侧也加装不少方形装甲块(应为反应装甲);炮塔两侧中部到整个炮塔尾部设置一个大型的整体储物架,中间可以加挂水箱等随车物品,而炮塔两侧的储物架外侧则设有装甲板;这个储物架能提前引爆敌方HEAT穿甲弹,在不增加太多重量的情况下,加强了炮塔两侧与后部的防护能力。
在2008年初,媒体上出现了99A2原型车测试的画面以及若干消息。99A2由北方公司与201所共同开发, 无论底盘或炮塔都较先前的99式有所不同,两者的细部差异极大。99A2的发动机尾舱更高,容纳了中国新开发的1500马力发动机,此外也采用与美国M1A2类似的双重空气滤净装置,可强化发动机在沙尘环境工作下的可靠度;驾驶席采用液压动力辅助的方向盘来操纵,传动系统改用较为紧凑的横置配置,现型也具备原地回转能力。99A2车尾发动机舱比原本99式更短一些,加上六对承载轮的间距也比原本99式均匀,车体长度略有缩短。