Question

perl 文件句柄的理解

open REF,"<$reference/xxx.fa" or die "Cann't open reference file chr$chr\n";
<REF>;
$/="...>_<...";
my $ref=<REF>;
$ref=~s/\n//g;
$seq=substr($ref,$start-1,$end-$start+1);
close REF;
$/="\n";
$target_start-=$start-1 if ($target && $start < $target_start);

.fa文件的格式:>xxx 然后换行，ATGC这样的字母串（作为一行），然后又是>这样循环下去，我不明白的是为什么open 之后有一个文件句柄，这样不是把第一行给删除掉了吗，还有换行符$/="...>_<...";又是什么意思，其实我对这块代码都弄不太懂，哪位大神科普一下？

Answer 1

第一行：使用文件句柄REF打开文件；
第二行：去掉文件第一行；
第三行：默认情况下，$/=“\n”，这里重新设定记录分隔符为"...>_<..."；
第四行：读文件，知道遇到记录分隔符"...>_<..."为止，赋给$ref；
第五行：去掉中间所有的换行符；
第六行：取一部分序列赋给$seq；
第七行：关闭句柄；
第八行：恢复记录分隔符为\n”；
第九行：if语句，因为只有一条操作，所有操作写在前面。