Question

收到责令限期改正通知书，如何处理，是什么问题，注册的个体户已经注销了的，这个只是没申报增值税吗？

Answer 1

如果确实已经注销，可以向当地国税局说明查询，最好找到注销的相关资料。不过从国税局发的通知来看，国税局的软件里你显然没有注销。
尽快去解决吧，可能国税局要罚款。一般情况2000元一下，情节严重的（比如限期满仍不改正）10000元以下。会计入社会征信系统，给你贷款、保险甚至一些商事活动带来麻烦。
另外，可能会涉及到地税局缴纳的税种，如城市建设维护税、教育费附加、地方教育费附加、个人所得税等。既然国税局下通知了，先解决这个通知吧。