tcga数据库firebrowse数据怎么分析
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TCGA由NCI牵头,作为美国攻克癌计划的一个大的project,投入巨大的人力和资金,较早的进行深度测序,提供Gene expression, DNA methylation, Copy Number Variant, Mutation还有更深度的exon expression外显子测序结果,其临床数据整理的相对最完整,指标最多。在TCGA中直接下载数据的方法较为繁琐,但是有多个网站提供TCGA数据(包括表达和临床等)完善的整理:GDAC, Cancer Browser和cBioportal是其中整理最为完整和可靠的。GDAC由美国MIT和Harvard共建的Broadinstitute运行,UCSC运行着Cancer Browser 和Xena, cBioportal由MemorialSloan-Kettering Cancer Cente建立,提供较为完善的TCGA数据为基础的各类信息检索服务。
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