主要区别是，性质不同、机构类型和主管机构不同、主要职责不同，具体如下：
一、性质不同
1、中共中央对外联络部
中共中央对外联络部是负责中国共产党对外工作的职能部门。
2、中华人民共和国外交部
中华人民共和国外交部是中华人民共和国政府的外交机关，是中华人民共和国国务院内主管外交事务的组成部门。
二、机构类型和主管机构不同
1、中共中央对外联络部
机构类型：中共中央直属机构。
2、中华人民共和国外交部
主管机构：中华人民共和国政府。
三、主要职责不同
1、中共中央对外联络部
主要职责是：受中共中央委托，负责中国共产党同外国政党、政治组织的交往和联络工作，协调、归口管理中央直属机构和各省、自治区、直辖市党委的有关对外交往工作。
2、中华人民共和国外交部
（1）、贯彻执行国家外交方针政策和有关法律法规，代表国家维护国家主权、安全和利益，代表国家和政府办理外交事务。
（2）、调查研究国际形势和国际关系中全局性、战略性问题，研究分析政治、经济、文化、安全等领域外交工作的重大问题，为党中央、国务院制定外交战略和方针政策提出建议。
（3）、按照外交总体布局，就对外贸易、经济合作、经援、文化、军援、军贸、侨务、教育、科技、外宣等重大问题，负责与有关单位协调，向党中央、国务院报告情况、提出建议。
（4）、负责处理联合国等多边领域中有关全球和地区安全以及政治、经济、人权、社会、难民等外交事务。
（5）、负责办理国家对外缔结双边、多边条约事务，负责国际司法合作有关事项，负责或参与处理涉及国家和政府的重大涉外法律案件，协助审核涉外法律法规草案，组织协调有关我国履行国际公约、协定工作。
（6）、牵头或参与拟订陆地、海洋边界相关政策，指导协调海洋对外工作，组织有关边界划界、勘界和联合检查等管理工作并处理有关涉外案件，承担海洋划界、共同开发等相关外交谈判工作。
（7）、发布重要外交活动信息，阐述对外政策，负责国家重要外事活动新闻工作，组织公共外交活动，主管在华外国记者和外国常驻新闻机构事务。
（8）、负责领事工作。管理外国驻华外交、领事机构；负责海外侨务工作；办理和参与境内涉外案件的对外交涉工作；负责领事保护和协助工作，协调有关部门、地方政府并指导驻外外交机构处理领事保护和协助案件，发布领事保护和协助的预警信息。
（9）、负责协调处置境外涉我突发事件，保护境外中国公民和机构的合法权益，参与处置境内涉外突发事件。
参考资料来源：百度百科-中国共产党中央委员会对外联络部
参考资料来源：百度百科-中华人民共和国外交部
简单讲，一是归属不同，二是负责的事务不同。
