Question

如何使用tcga

Answer 1

• 2013-01-11 06:34

• TCGA原始数据下载方法

• 
  

• 1, 安装GeneTorrent-3.3.4-Ubuntu11.x86_64.tar.gz

• 2, 安装cgquery-2.1.3.tar.gz

• 3, 进入https://browser.cghub.ucsc.edu

• 4, 选择生成manifest.xml或者用cgquiry生成xml

• 5, 向NIH购买credential

• 6, cgquery "xml_text=\"LIBRARY_STRATEGY>RNA-Seq\"&disease_abbr=LUAD&state=live -o myquery.xml
  7, gtdownload -c /path/to/mykey.pem -d /path/to/myquery.xml -v -C /path/to/GeneTorrent/ -p /path/to/SaveData/ 
  

• 
  

• Ok,现在你就得到TCGA海量的原始测序文件了. 注意如果你之前add something into the cart, you should remove them.