汤姆·布拉迪的大学运动生涯
然而在报考大学时，布拉迪起先并没有收到重视，为此他和他的教练曾经专门把比赛录像寄到大学名校的体育部。这使得加利福尼亚州的诸多大学都开始追逐布雷迪，然而最终他却选择了远在北方的密歇根大学（University of Michigan），因为密歇根大学不仅拥有出众的声誉和强大的球队，还给了他不少的奖学金。
刚到位于安娜堡的密歇根大学校园，布雷迪就投入到了密歇根大学狼獾队（Michigan Wolverines）的训练当中，准备随着学校征战NCAA的赛场。然而1995年的密歇根大学正处于一个低谷期，1992年以后就再也没有得到过冠军。当年的魔鬼赛程加上球迷和学生的压力，让狼獾队在十大联盟（Big 10）分区联赛夺冠的梦想变得迷茫。 更有甚者，主教练加里·摩勒尔（Gary Moeller）因为酗酒被学校解雇，使得密歇根大学狼獾队这支传统劲旅陷入了空前危机。临时教练劳德·卡尔（Lloyd Carr）接管后并没有启用布雷迪，而是让大三学生布莱恩·格里斯（Brian Griese）担任首发四分卫。赛季末，密歇根大学在十大联盟并没有夺冠（冠军被西北大学野猫队夺走），因此继续无缘玫瑰碗（Rose Bowl）的比赛，只拿到了参加阿拉莫碗（Alamo Bowl）的比赛名额。然而在阿拉莫碗的比赛里，密歇根大学狼獾队负于德克萨斯农工大学的农家子弟队（TAMU Aggie）无缘冠军。 1998赛季，密歇根大学的功勋四分卫布莱恩·格里斯毕业离校，布雷迪击败了其余的竞争对手成为了主力四分卫。 赛季开始，密歇根大学开局不利：在客场被死敌之一的圣母大学爱尔兰战士队（Notre Dame Fighting Irish）击败，回到主场又输给了雪城大学橙色队（Syracuse Orange）。然而在教练的支持下，布雷迪仍然获得首发上场。此后，密歇根大学开始反扑，接连战胜了印第安纳大学山地人队（Indiana Hoosiers）、宾夕法尼亚州立大学尼塔尼雄狮队（Penn State Nittany Lions）等劲敌。整个赛季剩下的比赛里，只输给了最大的死敌俄亥俄州立大学七叶树队（Ohio State Buckeyes），然而比赛虽然输了，但是布雷迪在那场比赛的出色表现成为了双方球迷记忆中的经典。
那一年的玫瑰碗资格被威斯康星大学貛队（Wisconsin Budgers）以微弱的优势夺走，而砂糖碗（Sugar Bowl）的名额也以微弱的优势给了俄亥俄州立大学。密歇根大学只获得了次一级的佛罗里达州柑橘碗（Florida Citrus Bowl）的参赛资格。在柑橘碗密歇根大学对阵阿肯色大学红背野猪队（Arkansas Razorbacks）的比赛中，布雷迪带领狼獾队绝地反击，将对手击败。他也入选了十大联盟年度最佳阵容 ，成为了密歇根大学校史上单赛季数据第二高的球员。赛季结束后布雷迪被选为次年的队长。
1998和1999年夏季，布拉迪还在美林证券打工当过实习生。 1999赛季是布雷迪在密歇根大学的最后一年。然而在主力位置的竞争中，已经成为队长的布拉迪受到了大一新人德鲁·亨森（Drew Henson）的冲击。亨森是密歇根本地人，是个大学橄榄球教练的儿子，并且是高中时期全州闻名的体育明星，除了橄榄球外还兼打棒球（曾创下中学一赛季70个本垒打的纪录）和篮球。在橄榄球中，亨森除了四分卫（三个赛季记录成功完成400次传球、5662码和52个达阵）以外还能同时胜任防守后卫（赛季记录47个拦截和5个抄截）和弃踢手的位置，是个被各大院校争抢的热门运动员。因为亨森对棒球的热情也十分高，密歇根橄榄球队为了避免亨森跳槽去打棒球（亨森毕业后被纽约洋基队选中），就承诺让亨森在第一年就有机会首发。结果就是不得不委屈布拉迪，让他和亨森并列首发，由布拉迪首发每场比赛第一节，亨森首发第二节，然后根据场上表现决定下半场的首发人选。 这虽然是为挽留新人而要求老队员做出让步的权宜之计，但是因为给外人眼里造成了“布拉迪的能力水平在密歇根都做不到全职首发”的印象，对布拉迪之后的早期职业生涯造成了很大的负面影响。
教练卡尔让四分卫交替出场，在赛季初期五战五胜，击败了包括死敌圣母大学爱尔兰战士队和威斯康星大学貛队在内的几只强队。然而在第六场对战密歇根州立大学斯巴达人队（Michigan State Spartans）的比赛中，由亨森首发下半场的狼獾队大比分落后17分，卡尔情急之下将布拉迪换上场去挽回局面。临危受命的布拉迪在比赛剩余的最后18分钟内完成了总计241码的传球，带领队伍将比分追成31-34险些翻盘取胜。在之后的第七场比赛中，布拉迪总共完成传球307码率领队伍赢得比赛，这也为狼獾队的四分卫首发之争画上了句号。之后的每场比赛，卡尔教练都安排布拉迪首发，而布拉迪也带领密歇根大学过关斩将，在之后赛季的关键战，包括对阵宾夕法尼亚州立大学和对阵普渡大学锅炉工人队（Purdue Boilermakers）的比赛里，他都有出色的发挥，并因为多次超水平发挥带领队伍反败为胜而赢得了“翻盘小子”（Comeback Kid）的外号。而在赛季末，他带领球队完成了四连胜，杀进了四大碗赛之一的橘子碗（Orange Bowl）。在他的大学生涯谢幕战，即在迈阿密举行的密歇根大学对阵阿拉巴马大学红潮队（Alabama Crimson Tide）的橘子碗决赛里，他传出了一记制胜球，让密歇根大学在加时赛最后时刻逆转获胜夺得冠军。
在得到首发地位的两个赛季内，布拉迪保持了20-5的胜绩，其中包括柑橘碗和橘子碗的决赛胜利，并且名列密歇根大学校队历史上传球完成率第三（442/710）、码数第四（总数5351码）、达阵数第五（35次）。
