司马迁遭受宫刑的过程
早在司马迁撰写《史记》时，汉武帝翻阅《孝景本纪第十一》和《今上本纪第十二》后，认为司马迁的叙述有意贬损自己，不禁勃然大怒，命人削去了书简上的字，并把这些书简扔掉了，可见当时汉武帝对司马迁已经甚为不满。
汉武帝天汉二年（公元前99年），名将“飞将军”李广的孙子李陵主动请缨出击匈奴，兵败被俘，汉武帝震怒。满朝文武都认为李陵叛降，全家当诛。而在这时，身为太史令的司马迁却为李陵辩护。
他认为李陵兵败投降是因为“矢尽道穷，救兵不至”，而且李陵是希望“欲得其当而报汉”。李陵虽然兵败，但是他以少胜多，以弱胜强，“其所摧败，功亦足以暴于天下”。
司马迁这番表述却没有得到汉武帝的理解，汉武帝认为他是藉李陵之功，诋毁这场战争的主帅李广利（此人为汉武帝宠姬李夫人的哥哥），进而批评自己用人不当，造成军事失利，再加上司马迁在撰写史记时，内容有意贬损汉武帝的心结，在大怒下将司马迁投入牢狱，以“诬罔”（欺骗皇帝）的罪名判处死刑。
当时的死刑有两种方式可以充抵，第一种是“令死罪入赎钱五十万减死一等”。另一种是按照汉景帝时期所颁布的法律“死罪欲腐者，许之”，处以腐刑（阉割）。
由于没有足够的金钱可以赎身，司马迁只得接受腐刑。对此他曾表示过“祸莫_于欲利，悲莫痛于伤心，行莫丑于辱先，而诟莫大于宫刑。刑余之人无所比数非一世也”。
关于司马迁下狱，另有一说是司马迁举荐李陵所导致的。
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卒殁
对于司马迁的死，历史上没有明确记载，使得卒年无法确定，死因也众说纷纭。
有史料认为司马迁一直到汉昭帝年间善终，有人认为司马迁完成《史记》之后，便隐居山野，不知所终，故无从䅲考。
1916年，王国维第一次将司马迁生卒年作为学术问题进行考证，以为卒年“绝不可考??然视为与武帝相终始，当无大误”。从巫蛊之乱到汉武帝去世这一段时间，司马迁是否仍在世，不可考。
东汉卫宏《汉书·旧仪注》：“司马迁作《景帝本纪》极言其短，及武帝过，武帝怒而削去之，后坐举李陵，陵降匈奴，故下迁蚕室，有怨言，下狱死。”指司马迁最终仍因口出怨言被下狱而死。
