蛋白质分子中的肽键是由一个氨基酸的α-氨基和另一个氨基酸的旷羧基形成的。肽键的化学式是CO-NH，肽键是一分子氨基酸的α-羧基和一分子氨基酸的α-氨基脱水缩合形成的酰胺键，即-CO-NH-中第二个"-"代表的键。
氨基酸借肽键联结成多肽链，是蛋白质分子中的主要
共价键，性质比较稳定。
它虽是单键，但具有部分双键的性质，难以自由旋转而有一定的刚性，因此形成肽键平面，则包括连接肽键两端的C_O、N-H和2个C共6个原子的空间位置处在一个相对接近的平面上，而相邻2个氨基酸的侧链R又形成反式构型，从而形成肽键与肽链复杂的空间结构。
