种子在萌发过程中，通常是胚根先突破种皮向下生长，形成主根。这一特性具有重要的生物学意义。
种子萌发时需要大量的水。在种子萌发时，首先是通过种皮的渗透作用，从环境中吸取水分，才能开始萌发过程。萌发开始后，靠种皮从环境中吸收的水分不能完全满足萌发需要，所以必须利用胚中的水分使根尽可能快地发育。根发育越早，一是可以及时从土壤中吸收水分和养料，使幼苗能很快独立生长。二是使早期幼苗固定在土壤中，以利胚芽突出种皮向上生长，伸出土面而形成茎和叶，逐渐形成幼苗，尽早依靠子叶的光合作用提供真叶和茎发育所需的养分。
