黑暗四天王的主要剧情
被选召的孩子在打败究极吸血魔兽后，浓雾散去，天空却出现了倒转的数码世界，孩子们想起真实世界的时间流逝远比数码宝贝世界慢得多，数码世界肯定又有危机了，于是毅然决定返回数码世界。
抵达数码世界后，被选召的孩子先后遭到钢铁海龙兽、机械邪龙兽、木偶兽和小丑皇攻击，被打至残败。众人不相信这个事情，芝蒙兽为了保护美美牺牲，正当黑暗四天王准备收拾众小朋友时，妖精兽赶到。他告诉被选召孩子们只要他们发现他们缺少了什么，就一定能战胜黑暗四天王。然后他就用自己的生命将众小朋友送走。
逃出生天后，被选召孩子首先面对钢铁海龙兽。被选召孩子先打败了贝壳兽、之后不小心中了钢铁海龙兽的圈套，被亚路加兽关进一间小屋里弄晕了。只有美美和阿助跑得慢，逃脱了。他们进化成祖顿兽和花仙兽，打败阿路加兽并救出众人。然而当他们逃跑时，被钢铁海龙兽追上。眼看无路可逃时，巨鲸兽出现并救走了他们。
钢铁海龙兽唤来得力助手奇蛙兽，在海底搜索，最终发现了调整了一下气压的巨鲸兽。经过千辛万苦，巨鲸兽终于摆脱了钢铁海龙兽的追击，出了海面，但同时钢铁海龙兽也出现了。大家分散开来一边对付奇蛙兽，一边对付钢铁海龙兽。战斗暴龙兽被钢铁海龙兽咬住，眼看撑不住时，巨鲸兽救了他。然而钢铁海龙兽却将巨鲸兽打死了。战斗暴龙兽愤怒的一击将钢铁海龙兽钻开了两半。巨鲸兽和钢铁海龙兽都死了，随着钢铁海龙兽的死，黑暗龙卷山的海洋消失了。 由于目睹众多数码兽的牺牲，美美非常伤心，不愿继续战斗，导致太一与阿和吵架。木偶兽用地图和玩具玩弄众人，而且将阿武带走。他逼阿武玩战争游戏。巴达兽去找阿武，发现了地图和玩具。阿武在利用智慧将木偶兽引走后，与巴达兽破坏了机关逃走。大家在打败了木偶兽的手下奇鸟兽后，阿武回到了大家身边。正当大家夸阿武的时候，阿和突然一反常态地和加布兽走了。
阿和因为觉得阿武不再需要他，开始沮丧起来，而且更离开了大队。同时，小光听到一些声音，但其他人没听到。阿和遇上木偶兽的手下祖利兽，祖利兽更以谗言引诱阿和与太一决战，它告诉阿和如果打败太一他就会变得坚强及振作。此时众人在森林中与垃圾桶兽战斗，危急时刻，阿和出现在大家面前并救了大家，但是，钢铁加鲁鲁兽竟然要亚古兽进化成战斗暴龙兽与它决战。同时，祖利兽因为提醒木偶兽要小心被选召的孩子而被杀死。
经过争吵，最终亚古兽还是进化成战斗暴龙兽与钢铁加鲁鲁兽战斗。太一则与阿和争吵，阿和认为他们并不是同伴。嘉儿突然再次听到声音，有人借助她的身体向小朋友们传达他们被选中的过程。最终所有人明白了他们的确是同伴。然而，尽管阿和明白了他不能和太一战斗，他仍然为追求自我而独自离开队伍。美美也因为厌倦战斗生活而离开，阿助留下来准备说服她。其他人继续上路了。
正当阿助和美美离开了大队后，他们看见天上掉下了一颗陨石，同时奥加兽被陨石击中受伤。美美不忍心丢下它不管，就让阿助为它包扎。突然木偶兽出现，将祖顿兽打败。这时，钢铁悟空兽出现了。趁钢铁悟空兽与木偶兽战斗时，美美和阿助逃脱。正当他们快要被钢铁悟空兽发现时，黄金剑狮兽出现救了他们，
他们来到阿助打工过的餐厅，但那里已经是废墟了。他们在那里遇到怪蛙兽和蝌蚪兽。这时钢铁悟空兽出现。由于它全身都是全宇宙最硬的金属，黄金剑狮兽难以对抗。而且它为了保护美美受了重伤。最后祖顿兽用也是全宇宙最硬的金属的锤子打破了钢铁悟空兽的身体，黄金剑狮兽乘机使用究极粉碎抓攻击钢铁悟空兽，最终消灭了它。同时，太一他们经过艰难的战斗，由突然出现的钢铁加鲁鲁打败了木偶兽。狮子兽死了，美美十分伤心，她想去初生之镇，但奥加兽说那里已经是废墟了。于是阿助和美美决定联合以前帮助过他们的数码兽一起打倒黑暗四天王。当太一他们赶到时，阿和再次在大家面前消失了。森林也随着木偶兽的死而消失了。 太一等五人来到一个城市，嘉儿却感冒了。光子郎和太一出去找感冒药，光子郎因为多次上网被机械邪龙兽捕捉到线路，机械邪龙兽命令机械帝国军团出击。太一找到感冒药，被机械装甲兽和坦克兽前后夹击，机械暴龙兽保护二人逃脱。太一非常激动，原来小时候有一次因为他的疏忽，嘉儿差点死去。最后，由于机械邪龙兽无法捕捉到两人，决定炸掉整个城市，超蛇龙兽和猛龙兽执行轰炸任务，幸好阿武察觉，在他们所处的房屋内及时离开。但是，机械邪龙兽却出现在众人面前，用无限大炮将众人打到了地底。
众人在地底失散。素娜、阿武和嘉儿首先会合，他们见到虐待鼻涕兽的恶霸熊仔兽，被它追击。嘉儿的身体突然发光，使数码兽变强，也使鼻涕兽醒悟，终于打败了恶霸熊仔兽。同一时间，太一和光子郎遇到安杜路兽。但他们也遇到机械邪龙兽。嘉儿他们及时赶到，鼻涕兽被机械邪龙兽全部杀死，使嘉儿极端愤怒。她身体再次发光，使亚古兽恢复能量，进化成战斗暴龙兽，终于打败了机械邪龙兽。城市也消失了。 太一等五人在黑暗龙卷山山顶遇到女恶魔兽。太一知道很快就要面对小丑皇，于是叫素娜和阿武立即去找回阿和、阿助和美美，由天女兽和超比多兽与妖女兽对战。妖女兽非常强大，两兽多次面临下风，但最终天女兽用“天堂紫光”战胜了妖女兽。就在他们胜利的同时，小丑皇出现了。
经过一番激战，战斗暴龙兽被小丑皇打得支离破碎，太一仍不让大家帮忙，他坚信阿和会回来。阿和真的回来了，他们的友情使友情徽章发光，战斗暴龙兽恢复力量。两只究极体准备与小丑皇一决高下。
小丑皇一时打不过两只究极体数码兽，就把他们变成钥匙扣。而且他追击孩子们，一个个地把他们和他们的数码兽变成钥匙扣。最后，当阿武和嘉儿摔下山崖时，阿武永不放弃的心使徽章放光，使天使兽进化成神圣天使兽，救出众人。美美与其他的正义数码兽赶到，一起向小丑皇与大群地狱小鬼兽发起攻击。最后，集战斗暴龙兽、钢铁加鲁鲁兽将小丑皇打进神圣天使兽的天国之门。
