Question

基因工程操作中，用的三个限制酶(一个切割质粒，两个切割目的基因)都可以不同吗，也就是可以是三种吗？

Answer 1

标题的理解不对。
限制酶切基因的目的是为了露出相匹配的单链末端，即切割后目的基因的一个末端会和质粒的末端相匹配，就可以连起来，而为了获得相匹配的末端则需要同一种限制酶。
所以，如果用一个限制酶切质粒的话，目的基因的两端都要和质粒末端相匹配，切目的基因的限制酶也是那一个，就是一种限制酶。
如果用两个限制酶切质粒的话，目的片段的两端分别是2种相匹配的，需要用2种限制酶切。就是总共2种限制酶。不存在标题的情况。

追问

如果黏性末端是AATT或TTAA，质粒上一条链的碱基是GAATT,目的基因上的切口分别是CAATT和CTTAA,要保留AATT或TTAA,只需让限制酶的切点为GA,CT,CA，也就是需要三种限制酶