Question

如何从氨基酸序列去推断mRNA的碱基序列

Answer 1

如何通过蛋白质的氨基酸序列去推断其编码基因的核苷酸序列,目前主要有2 种方法: ①用纯化蛋白的抗血清通过离体或在体的方法,去检测及分离相应的mRNA 或cDNA 序列. ②通过该蛋白质的氨基酸序列信息去推断其相应编码核酸序列,通过化学方法合成的对应寡核苷酸,放射性标记后,作为探针去检测目标编码序列. 由于密码子的简并性,大多数氨基酸都有2～4 种编码的密码子,而亮氨酸、精氨酸及丝氨酸都对应6 种密码子. 这样,同一蛋白质序列在理论上所对应的编码核酸序列的数目是巨大的. 实际上,对于给定蛋白质,机体中只有一种确定的编码mRNA 序列. 这就使得第2 种方法的实施受到了限制. 基因芯片特别是高密度基因芯片的出现有效地解决了这一问题.由于在一张芯片表面可以集成几万条探针序列,因此具有检测信息量大的优点,在检测已知氨基酸序列的蛋白质所对应的mRNA 序列时具有重要的应用. 对于编码mRNA 未知的蛋白质或仅知部分肽段序列而整体蛋白质序列未知的情况,可以根据已知的氨基酸序列,去反推其核酸序列. 将相应寡核苷酸的互补序列作为探针固定于固体基片表面,用于目标mRNA 序列的检测,既为特定蛋白mRNA 检测芯片. 所以特定蛋白mRNA 检测芯片是一种基于检测未知核酸序列蛋白质所对应mRNA 的高密度芯片.特定蛋白mRNA 检测芯片是将给定的肽段分割成特定长度的小片段,然后根据密码子编码表,先确定每一种氨基酸的所有编码密码子,然后,根据各自密码子数目,确定每一小肽段的全部可能的编码序列. 再根据所得的编码序列,确定各自的互补序列,即是用于芯片表面的探针.

Answer 2

目前主要有2 种方法:
①用纯化蛋白的抗血清通过离体或在体的方法,去检测及分离相应的mRNA 或cDNA 序列. ②通过该蛋白质的氨基酸序列信息去推断其相应编码核酸序列,通过化学方法合成的对应寡核苷酸,放射性标记后,作为探针去检测目标编码序列. 由于密码子的简并性,大多数氨基酸都有2～4 种编码的密码子,而亮氨酸、精氨酸及丝氨酸都对应6 种密码子. 这样,同一蛋白质序列在理论上所对应的编码核酸序列的数目是巨大的. 实际上,对于给定蛋白质,机体中只有一种确定的编码mRNA 序列. 这就使得第2 种方法的实施受到了限制. 基因芯片特别是高密度基因芯片的出现有效地解决了这一问题.由于在一张芯片表面可以集成几万条探针序列,因此具有检测信息量大的优点,在检测已知氨基酸序列的蛋白质所对应的mRNA 序列时具有重要的应用. 对于编码mRNA 未知的蛋白质或仅知部分肽段序列而整体蛋白质序列未知的情况,可以根据已知的氨基酸序列,去反推其核酸序列. 将相应寡核苷酸的互补序列作为探针固定于固体基片表面,用于目标mRNA 序列的检测,既为特定蛋白mRNA 检测芯片. 所以特定蛋白mRNA 检测芯片是一种基于检测未知核酸序列蛋白质所对应mRNA 的高密度芯片.特定蛋白mRNA 检测芯片是将给定的肽段分割成特定长度的小片段,然后根据密码子编码表,先确定每一种氨基酸的所有编码密码子,然后,根据各自密码子数目,确定每一小肽段的全部可能的编码序列. 再根据所得的编码序列,确定各自的互补序列,即是用于芯片表面的探针.