Question

请教生物信息学高手关于MEGA4的模型问题！

比如p-distance,no.of differences,Jukes-Cantor,Maximum Composite Likelihood...它们分别应用于哪类序列分析呢？
多谢！！！！！！

Answer 1

对于蛋白质的序列，一般选择Poisson Correction（泊松修正）这一模型。而对于核酸序列，一般选择Kimura 2-parameter（Kimura-2参数）模型。如果对各种模型的理解并不深入，并不推荐初学者使用其他复杂的模型。
你上面提到的应该都是做nucleotide序列分析时用的模型，想深入了解每种模型得参阅相关文献了，我做蛋白分析比较多，一般用Poisson Correction（默认的）。