Question

如何在ubuntu上装freesurfer

Answer 1

1. 从网上下载软件压缩包

在终端中使用如下命令：

ftp surfer.nmr.mgh.harvard.edu

用户名：anonymous；密码：空，即直接回车

cd pub/dist/freesurfer/4.5.0

dir

get freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v4.5.0-full.tar.gz

大约需要18个小时能下载完。

2. 把文件移到需要安装的目录下，并解压缩，如放到/usr/local

mv freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v4.5.0-full.tar.gz /usr/local

tar zxvf freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v4.5.0-full.tar.gz

3. 安装tcsh

apt-get tcsh

4. 配置环境变量

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer

编辑~/.bashrc文件，在最后添加下面两个语句：

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

5. 基本安装

在终端运行如下命令：
export FREESURFER_HOME=<freesurfer_installation_directory>/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

此时，终端上会打印如下信息：
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
FSFAST_HOME /usr/local/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii
SUBJECTS_DIR /usr/local/freesurfer/subjects
MNI_DIR /usr/local/freesurfer/mni

6. 将 .license文件复制到 $FREESURFER_HOME目录下

将进行注册的时候，收到的邮件中的 #---------------CUT HERE---------------之间的三行复制到一个文件中，并命名为.license文件

将.license文件复制到安装目录下的freesurfer文件中

7. 安装其他库文件

cd bin
ldd tksurfer.bin

此时，会在终端打印如下信息：
linux-gate.so.1 => (0xb7f5a000)
libtix8.1.8.4.so => not found (Tix8.4 ln -s)
libtk8.4.so => not found (TK8.4)
libtcl8.4.so => /usr/lib/libtcl8.4.so (0xb7e95000) 或者是 not found
libGLU.so.1 => /usr/lib/libGLU.so.1 (0xb7e12000)
libXmu.so.6 => /usr/lib/libXmu.so.6 (0xb7dfc000)
libGL.so.1 => /usr/lib/libGL.so.1 (0xb7d58000)
libXext.so.6 => /usr/lib/libXext.so.6 (0xb7d4a000)
libX11.so.6 => /usr/lib/libX11.so.6 (0xb7c63000)
libz.so.1 => /usr/lib/libz.so.1 (0xb7c4d000)
libcrypt.so.1 => /lib/tls/i686/cmov/libcrypt.so.1 (0xb7c1b000)
libdl.so.2 => /lib/tls/i686/cmov/libdl.so.2 (0xb7c17000)
libpthread.so.0 => /lib/tls/i686/cmov/libpthread.so.0 (0xb7bff000)
libstdc++.so.6 => /usr/lib/libstdc++.so.6 (0xb7b0c000)
libm.so.6 => /lib/tls/i686/cmov/libm.so.6 (0xb7ae7000)
libgcc_s.so.1 => /lib/libgcc_s.so.1 (0xb7adb000)
libc.so.6 => /lib/tls/i686/cmov/libc.so.6 (0xb798c000)
libXt.so.6 => /usr/lib/libXt.so.6 (0xb793b000)
libSM.so.6 => /usr/lib/libSM.so.6 (0xb7933000)
libICE.so.6 => /usr/lib/libICE.so.6 (0xb791b000)
libGLcore.so.1 => /usr/lib/libGLcore.so.1 (0xb6e05000)
libnvidia-tls.so.1 => /usr/lib/tls/libnvidia-tls.so.1 (0xb6e03000)
libXau.so.6 => /usr/lib/libXau.so.6 (0xb6e00000)
libxcb-xlib.so.0 => /usr/lib/libxcb-xlib.so.0 (0xb6dfe000)
libxcb.so.1 => /usr/lib/libxcb.so.1 (0xb6de6000)
/lib/ld-linux.so.2 (0xb7f5b000)
libXdmcp.so.6 => /usr/lib/libXdmcp.so.6 (0xb6de0000)

这样就完成了基本的安装，但是由于是Ubuntu环境，所以在测试的时候运行qdec会提示如下错误信息：
qdec.bin: error while loading shared libraries: libtiff.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

8. 解决上面出现的问题

寻找到libtiff.so.4所在路径，然后建立libtiff.o.3和libtiff.so.4之间的软连接即可。
find / -name libtiff.so.4 -print
ln -s /usr/lib/libtiff.so.4 /usr/lib/libtiff.so.3

9. 测试软件是否安装成功

recon-all --help

会打印出一些关于软件的信息

tkmedit bert orig.mgz
tkmedit bert norm.mgz -segmentation aseg.mgz $FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.tx
tksurfer bert rh pial
qdec
逐个运行上面的命令都会打开相应软件的界面

recon-all -s bert -autorecon1
会运行大概半个小时，如果没有什么问题说明软件安装成功了。

Answer 2

ubuntu新手入门-如何下载和安装ubuntu