芹菜易发生的病害主要有菌核病、斑枯病、叶斑病、细菌性软腐病、病毒病等病害。应采取综合防治措施：
（1）选用抗病品种，培育壮苗。
（2）实行轮作换茬制度，2～3年内不连作；加强各项栽培管理，做好田园清洁工作，收获后清除残株病叶。
（3）斑枯病、斑点病等病害的防治，除加强种子检疫工作外，还应进行种子消毒。栽培上采用48℃温水浸种30分钟，浸种时不断搅拌，浸后立即投入冷水中降温的方法进行种子消毒。
（4）加强清沟理墒，做好培土工作；雨后及时排水，降低土壤湿度，防止软腐病的发生。培土宜用生土，选晴天无露水时培土；注意避免各种操作引起伤口，减少感染机会。
（5）采用药剂防治：①菌核病发病初期喷洒40%菌核净可湿性粉剂1000倍液，或50%速克灵可湿性粉剂1000～1500倍液，或50%扑海因可湿性粉剂1000～1500倍液，或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液防治。大棚、日光温室等保护地栽培，也可用10%速克灵烟剂或45%百菌清烟剂熏蒸，每亩用药量250克，8～9天一次，连熏2～3次。②斑枯病可用75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液，或65%代森锰锌可湿性粉剂500倍液喷雾防治。大棚内也可用45%百菌清烟剂熏蒸，每亩用药量250克。③叶斑病发病初期喷洒50%多菌灵可湿性粉剂800倍液，或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液，或77%可杀得可湿性粉剂500倍液。大棚等保护地栽培，也可用45%百菌清烟剂熏蒸，每亩用药量250克。④细菌性软腐病发病初期喷洒72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂或新植霉素3000～4000倍液，或14%络氨铜水剂350倍液，或50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500～600倍液，隔7～10天一次，连续防治2～3次。⑤病毒病发病初期可用1.5%植病灵乳剂1000倍液或25%病毒A可湿性粉剂500倍液，隔7～10天一次，连续防治2～3次。
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